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Date Limite Candidature : mercredi 10 décembre 2025 23:59:00 heure de Paris

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Intitulé de l'offre : Doctorant en bio-informatique (H/F)
Référence : UMR5308-CARLAZ-010
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : LYON 07
Date de publication : mercredi 19 novembre 2025
Type de contrat : CDD Doctorant
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 février 2026
Quotité de travail : Complet
Rémunération : La rémunération est d'un minimum de 2300,00 € brut mensuel
Section(s) CN : 27 - Relation hôte-pathogène, immunologie, inflammation

De même que les autres organismes vivants, les bactéries sont elles aussi exposées aux infections virales. Les virus bactériens, appelés phages, sont les entités biologiques les plus abondantes sur notre planète. Afin de résister aux phages, les bactéries ont développé un arsenal de systèmes de défenses qui forment des barrières naturelles contre l’infection, définissant ainsi l’immunité bactérienne. Des dizaines de systèmes de défense ont récemment été découverts chez les bactéries, mettant en lumière une immense diversité de mécanismes moléculaires, dont certains sont conservés dans l’immunité eucaryote. A leur tour, les phages ont évolué des protéines dites d’anti-défense afin de contrer l’immunité bactérienne et de restaurer l’infection. La connaissance de ces protéines d’anti-défense et de leurs mécanismes permettrait de mieux prédire les interactions entre phages et bactéries, et plus généralement d’améliorer notre compréhension des interactions virus-hôte à travers l’arbre du vivant. Cependant, peu de protéines d’anti-défense sont encore connues à ce jour, ce qui contraste avec les 250 familles de systèmes de défense bactériens désormais mises en évidence.
L’équipe Génomique Moléculaire des Micro-organismes dirigée par François Rousset au CIRI étudie les mécanismes moléculaires des interactions phages-bactéries et leur évolution dans le domaine eucaryote. Ce projet de thèse vise à développer des approches computationnelles de génomique comparative et de bioinformatique structurale afin d’améliorer notre compréhension des stratégies d'anti-défense chez les phages et de leur mode d’action. Ce projet bioinformatique sera réalisé en collaboration avec la partie expérimentale du laboratoire.

• Conceptualiser et réaliser un projet de recherche en génomique des phages
• Utiliser et développer de nouveaux outils d’IA pour l’étude des phages

• Développement de codes en Bash et Python
• Analyse de données de génomique
• Veille scientifique
• Rédaction d'articles scientifiques
• Présentation orale des travaux

• Connaissances approfondies en biologie des phages, en biologie évolutive et en bioinformatique structurale.
• Maîtrise de Bash, de Python et des clusters de calculs
• Excellente capacité de communication écrite et orale en anglais

La thèse sera supervisée par François Rousset et réalisée au CIRI au bâtiment Rosalind Franklin sur le campus de Gerland. La/le candidat(e) aura accès au cluster de calcul de l’ENS de Lyon.

Rattachement à l’école doctorale EM2