Ingénieur d’études en biologie moléculaire H/F

IRD; Montpellier; Sur place; EUR 30 000 - 50 000; Plein temps

Résumé du poste

L'IRD recherche un chercheur en microbiologie et bio-informatique pour rejoindre une équipe multidisciplinaire, impliqué dans des recherches innovantes sur les microbiotes alimentaires. Le poste requiert une expertise en analyse de données et en biologie moléculaire afin d'améliorer la qualité nutritionnelle des aliments. Vous aurez l'opportunité de contribuer à des projets enrichissants, tout en interagissant avec des partenaires internationaux.

Qualifications

• Autonomie dans les techniques de biologie moléculaire (extraction ADN, ARN).
• Expérience avec des outils de bio-informatique et en R/Python.
• Niveau d'anglais B1-B2 pour encadrer des non-francophones.

Responsabilités

• Assurer la veille méthodologique et développer des méthodes en métagénomique.
• Réaliser des analyses de routine en biologie moléculaire.
• Conduire des analyses de données avec des outils de bio-informatique.

Connaissances

Biologie moléculaire

Bio-informatique

Techniques de microbiologie

Rédaction de protocoles

Programmation (R, Python)

Analyse de données

Formation

Master en biologie moléculaire

Diplôme d'ingénieur en bio-informatique

Outils

Qiime 2

Bash

Description du poste

Développement d’une démarche intégrée pour la production maitrisée et durable d’aliments de qualités organoleptique, sanitaire et nutritionnelle optimales) œuvre dans le domaine de la transformation de l’aliment, de son processus d’élaboration après récolte ou abattage jusqu’à l’appréciation de sa qualité sensorielle en bouche, de sa qualité nutritionnelle, de son bénéfice santé, de son innocuité et de ses propriétés technologiques. Les mécanismes dynamiques de construction de cette qualité nécessitent une bonne connaissance de la matrice alimentaire et de son interaction avec le milieu.

Les compétences pluridisciplinaires requises pour traiter ces questions sont réunies au sein de l’unité. L’équipe « Alimentation, Nutrition, Santé des populations aux Suds » s'intéresse aux voies d'amélioration de la qualité nutritionnelle des aliments consommés par les groupes vulnérables dans les pays du Sud. Elle développe des recherches sur les relations entre matrices alimentaires et procédés de transformation, agrobiodiversité, microbiotes et hôte. La formulation d’aliments fermentés de haute qualité nutritionnelle nécessite la mise en œuvre de différentes méthodes de microbiologie et biochimie, permettant la caractérisation des acteurs des fermentations et de leurs fonctions, aussi bien que de leur application pour fabriquer des aliments de bonne qualité nutritionnelle.

Vous rejoindrez un collectif travaillant sur un domaine innovant et actuel, l’étude des microbiotes alimentaires et intestinaux. Vous intégrerez une équipe dynamique en participant à des projets de différentes ampleurs ayant pour objectif de contribuer à la résolution des problèmes nutritionnels dans les pays du Sud. Les approches développées par l’équipe se positionnent de manière originale dans le paysage scientifique en s’intéressant aux questions de sous-nutrition et d’utilisation des microorganismes pour lutter contre les carences alimentaires. Des collaborations impliquant des structures privées en Afrique, en Asie et en France vous permettront de participer à la mise en place de solutions concrètes pour lutter contre les malnutritions.

Sous la responsabilité de Christèle Humblot, chercheure à l’IRD et spécialiste de la microbiologie, votre mission consistera à choisir, adapter et mettre en œuvre les méthodes nécessaires à la réalisation des activités de recherche de l’UMR dans le domaine de l’écologie microbienne moléculaire (analyse de microbiotes / métagénomes alimentaires et intestinaux). Vous réaliserez également les analyses de données issues du séquençage à haut débit, du traitement des données à la visualisation (metabarcoding, RNA-seq, métabolomique). Enfin, vous assurerez une veille technologique dans le domaine de l’écologie synthétique (cultures microbiennes, approches « méta-omiques », préparation, suivi et contrôle des opérations de fermentation).

Vos activités seront les suivantes :

• Assurer la veille méthodologique et la mise au point de méthodes en métagénomique (écologie synthétique).
• Réaliser des analyses de routine en biologie moléculaire (extraction ADN, ARN, PCR en temps réel, séquençage à haut débit).
• Conduire les analyses de données en utilisant des outils de bio-informatique (Qiime 2, R, Python, Bash) y compris sur des clusters de calcul.
• Favoriser l’articulation avec les structures opérationnelles et décisionnelles (plateformes de séquençage à haut débit, interactions avec les centres de ressources microbiennes).
• Rédiger des protocoles détaillés d’analyse et former les stagiaires et partenaires.
• Respecter et faire respecter les règles d'éthique, d'hygiène et sécurité.
• Participer à la gestion du laboratoire (commandes, suivi des stocks, maintenance).

Votre future équipe

Vous intègrerez une équipe multidisciplinaire composée de 9 agents, chercheurs, ingénieurs et technicien. La multidisciplinarité des approches développées (épidémiologie, science des aliments) vous permettra d’interagir avec des collègues de différents domaines, tout en renforçant les aspects microbiologiques portés principalement par un chercheur de l’équipe.

Vous travaillerez en interactions fortes avec les membres de cette équipe ayant un effectif de taille restreinte ainsi qu’avec des membres d’autres équipes de l’UMR (par exemple en bioinformatique). Vous partagerez un espace commun pour mener à bien les activités qui vous seront confiées, dans un collectif engagé et volontaire. Vous interagirez avec des partenaires et étudiants du Sud dans un environnement multiculturel.

Le profil que nous recherchons

Vous avez développé les compétences suivantes :

• Être autonome dans la mise en œuvre des principales techniques de base de biologie moléculaire (extraction ADN, ARN, PCR en temps réel ou digitale, séquençage à haut débit).
• Avoir une expérience d’utilisation des outils de bio-informatique ainsi qu’en langages de programmation utilisés en analyses de données (R, Python).
• Mener les techniques de microbiologie classique.
• Rédiger des comptes rendus et des protocoles.
• Avoir un niveau de connaissance en anglais suffisant pour l’encadrement d’étudiants non francophones,niveau B1-B2.

Vous faites preuves des qualités humaines suivantes :

• Vous êtes consciencieux, rigoureux et patient.
• Vous avez un goût prononcé pour le travail en équipe.
• Vous avez des capacités d’adaptation fortes à un nouveau collectif et un environnement multiculturel.

Vous possédez un diplôme de niveau 7, Master ou diplôme d' ingénieur en biologie moléculaire ou parcours bio-informatique.

Une expérience en bio-informatique appliquée est essentielle.

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