Bio Informaticien H / F

Institut Gustave Roussy; Villejuif; Sur place; EUR 36 000 - 55 000; Plein temps

Résumé du poste

L'Institut Gustave Roussy, premier centre de lutte contre le cancer en Europe, recherche un.e Bioinformaticien.ne pour développer des pipelines bioinformatiques dans un projet innovant lié au cancer. Le candidat retenu travaillera en étroite collaboration avec des chercheurs et pourra évoluer à l'interface de la recherche et de l'industrie, contribuant à l'identification de cibles thérapeutiques.

Qualifications

• Poste à temps plein dans le laboratoire de Ginhoux.
• Expérience souhaitée de 1 an ou doctorat dans un domaine connexe.
• Capacité à interagir avec divers collaborateurs.

Responsabilités

• Développement de pipelines bioinformatiques pour données de transcriptomique et protéomique.
• Analyses standards et personnalisées, formation bioinformatique.
• Contribution au projet de ciblage de cellules myéloïdes dans le cancer.

Connaissances

Programmation en R

Programmation en Python

Traitement de fichiers FASTQ

Immunologie

Compétences en communication

Formation

Master en bioinformatique / biologie computationnelle

Doctorat en bioinformatique ou génomique

Outils

Unix

Snakemake

Nextflow

Description du poste

Gustave Roussy, premier centre de lutte contre le cancer en Europe, recrute un.e Bioinformaticien.ne ou Biologiste computationnel.le pour rejoindre l'Unité de Recherche 1015, dirigée par le Dr L. ZITVOGEL, au sein de l'équipe de Florent GINHOUX travaillant sur le projet "Cibler l'hétérogénéité des cellules myéloïdes dans le cancer". Le poste est proposé sous contrat à durée déterminée de 12 mois, avec possibilité de prolongation de 6 mois. En tant qu'employé.e à temps plein dans le laboratoire de Ginhoux, la personne recrutée développera des pipelines bioinformatiques pour des données de transcriptomique et de protéomique spatiale (ex. : MERSCOPE, Visium HD, Xenium, MACSima), fournira des analyses standards et personnalisées, et assurera des formations bioinformatiques pour les membres du laboratoire. Une expérience dans le traitement de fichiers FASTQ bruts est indispensable. La maîtrise de la programmation en R et / ou Python, ainsi qu'une bonne connaissance d'un autre langage (Perl, Julia, Matlab ou Java), est requise. Une expérience en apprentissage automatique et / ou deep learning serait un plus. Le projet porte sur quatre types de cancers très agressifs, pour lesquels il n'existe à ce jour aucun traitement curatif. Ce projet est mené en collaboration avec un groupe pharmaceutique, offrant au.à la candidat.e l'opportunité d'évoluer à l'interface entre Gustave Roussy et un environnement industriel. Ensemble, l'objectif est de développer des approches innovantes d'analyse pour identifier les cibles thérapeutiques et les traitements de demain.

Qualifications requises Master en bioinformatique / biologie computationnelle ou dans un domaine connexe avec au moins 1 an d'expérience, ou doctorat en bioinformatique, biologie computationnelle, génomique ou domaine connexe. Maîtrise de Unix, R, et bonne connaissance d'un langage de programmation couramment utilisé tel que Python. Bonnes connaissances en immunologie. Compétences et qualifications complémentaires Maîtrise de la programmation shell sous Linux, du calcul haute performance et des systèmes de gestion de workflow comme Snakemake ou Nextflow. Excellentes compétences en communication écrite et orale, capacité à documenter les méthodes et résultats de façon claire, pour des tutoriels ou publications. Capacité à interagir efficacement avec une diversité de collaborateurs : étudiants, post-doctorants, chercheurs et personnel technique.

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Informaticien • Villejuif, Île-de-France, France