Offre de Post Doctorat en écologie et biotechnologie microbienne

Société Française de Microbiologie; Reims; Sur place; EUR 35 000 - 45 000; Plein temps

Résumé du poste

Une institution de recherche en microbiologie recherche un(e) post-doctorant(e) pour travailler sur la valorisation des lignines et la création de communautés bactériennes. Les candidats doivent avoir un doctorat et une expérience en microbiologie, ainsi que des compétences en analyses cytométriques et protéomiques. Ce poste est basé à Reims avec un contrat de 12 mois.

Qualifications

• Expérience en microbiologie et écologie microbienne.
• Expertise en méthodes analytiques et omiques.
• Capacité à travailler de manière autonome et en équipe.

Responsabilités

• Construire une communauté bactérienne synthétique.
• Analyser les population microbiennes par cytométrie et qPCR.
• Étudier la dynamique de production d’enzymes.

Connaissances

Microbiologie (culturale et moléculaire)

Analyse de population par cytométrie

Machine Learning

Rigueur

Curiosité scientifique

Formation

Doctorat

Outils

HPLC

Spectroscopie fluorescence

FTIR

RMN

Description du poste

Contexte de travail et missions

La personne recrutée travaillera à l’UMR FARE (Fractionnement des AgroRessources et Environnement) URCA/INRAE (https://www6.nancy.inra.fr/fare/). L’UMR FARE développe une partie de ses activités de recherches dans le domaine de la transformation biologique des biomasses végétales et des lignines en mettant en œuvre de microorganismes et des enzymes. Le/la post-doctorant(e) travaillera sur la mise en place de communauté bactérienne pour la valorisation des lignines. Il ou elle 1) mettra en place les approches permettant le suivi des différentes populations microbiennes par analyses cytometriques et par qPCR ; 2) étudiera la dynamique de production d’enzymes des populations les plus intéressantes par analyses protéomiques et métabolomiques ; 3) mettra en œuvre les enzymes produites en présence de lignines et analysera la transformation des substrats et la libération de molécules d’intérêts.

Activités

• Construction de communauté bactérienne synthétique
• Analyse de population par cytométrie
• Criblage des populations d’intérêts (microfermentation et quantification d’activité enzymatique moyen et haut débit, analyse substrat par spectroscopie, composition chimique ,…)
• Analyse protéomiques et métabolomiques
• Veille bibliographique dans le domaine d’activité
• Analyse des résultats et communications avec les différents partenaires

Compétences principales

Microbiologie (culturale et moléculaire) et écologie microbienne, fermentations,
Etudes et suivis de populations microbiennes (cytométrie en flux, FISH, qPCR…),
Omiques (protéomiques et métabolomiques) analyses des données méta-omiques (analyses statistiques; utilisation de bases de données…)
Rigueur, Curiosité scientifique, Autonomie
Communication, Esprit d’équipe
Capacités rédactionnelle et de synthèse

Compétences annexes

Enzymologie et mise en œuvre d’enzymes,
Techniques analytiques (HPLC, spectroscopie fluorescence, FTIR, RMN,…)
Omiques mise en œuvre (protéomiques et métabolomiques GC-MS, UHPLC-EST-HRMS)
Intérêt pour la valorisation biotechnologique des biomasses végétales et ses constituants dans le cadre de bioéconomie

Contraintes et risques

Pas de risque particulier
Déplacements chez les différents partenaires

Adresse du laboratoire d’accueil

UMR FARE, 2 esplanade Roland Garros, 51100 Reims

Type de contrat

Chercheur en contrat CDD

Durée du contrat

12 mois

Date d’embauche prévue

1 novembre 2025

Niveau de diplôme

Doctorat

Expérience souhaitée

1 à 4 années

Pour candidater

Les candidat(e)s intéressé(e)s sont invité(e)s à envoyer un CV, une lettre de motivation, ainsi que les coordonnées de deux références académiques à [e-mail]
Les candidat(e)s préselectionné(e)s seront convié(e)s à une entrevue courant septembre 2025

Date limite de candidature

1er sept 2025 Prolongation jusqu’au 31 octobre 2025