Overview
Sous la supervision du coordinateur BRIDGE-COFFEA et chercheur en génomique des caféiers, votre mission principale consistera à concevoir et développer des outils web interactifs de visualisation de données génomiques, intégrant notamment des représentations de pangénomes, de structures génétiques, et de relations phylogénétiques. Ces visualisateurs auront pour objectif de faciliter l’exploration, la comparaison et l’interprétation des jeux de données produits par les équipes scientifiques du projet. Ils seront pensés pour être utilisés à la fois par des chercheurs spécialistes et des partenaires scientifiques du Sud. Ce poste s’inscrit pleinement dans une dynamique de recherche ouverte, interdisciplinaire et partenariale, au service d’une meilleure compréhension de la biodiversité génomique des caféiers et de ses applications en amélioration variétale et conservation. Vous serez amené à réemployer certains visualisateurs et logiciels existants.
Missions
- Concevoir et développer des outils web interactifs de visualisation de données génomiques (pangénomes, structures génétiques, phylogénies), incluant des interfaces frontend ergonomiques et performantes pour l’exploration de jeux de données complexes.
- Développer les composants backend nécessaires à l’accès, au traitement et à la structuration des données (APIs, services applicatifs), ainsi que la mise en place et l’interrogation de bases de données relationnelles et/ou NoSQL.
- Assurer la préparation, la transformation et l’optimisation des données scientifiques en vue de leur visualisation et de leur exploitation.
- Adapter, intégrer et réemployer des outils ou visualisateurs existants en fonction des besoins du projet.
- Documenter les développements, garantir la qualité du code et contribuer à la pérennisation des outils produits.
Compétences techniques
- Solide maîtrise du développement web
- Frontend : JavaScript, HTML5 et CSS3, expérience avec des bibliothèques ou frameworks de visualisation de données (ex. : D3.js, Plotly, Chart.js).
- Backend : Node.js, PHP, Python, connaissance des APIs REST, des protocoles HTTP, et des standards du web.
- Bonnes connaissances des bases de données relationnelles (MySQL, PostgreSQL), et NoSQL (MongoDB).
- Maîtrise des formats d’échange de données : JSON, XML.
- Pratique du développement collaboratif : gestion de versions (Git), documentation, revue de code.
- Capacité à concevoir des interfaces ergonomiques et performantes adaptées aux besoins de la communauté scientifique.
- Anglais technique niveau B1-B2 (lecture de documentation, échanges scientifiques).
Qualités humaines
- Autonomie dans l’organisation du travail, sens de l’initiative.
- Rigueur dans le développement et la documentation du code.
- Esprit d’équipe, capacité à travailler en interaction avec des chercheurs, bioinformaticiens et ingénieurs.
- Curiosité scientifique, goût pour l’apprentissage de nouveaux domaines (génomique, bioinformatique, biodiversité).
- Aisance en communication écrite et orale en français.
Rejoindre l’IRD / Avantages
- L’IRD accompagne le développement des compétences et propose des outils d’intégration et de formation continue.
- L’institut peut offrir des possibilités de télétravail de 1 à 3 jours hebdomadaires, selon les activités.
- 32 jours de congés + 13 RTT (pour un temps plein à 38h30 hebdomadaire).
- Tickets restaurants OU restauration collective (selon le site).
- Souscription annuelle facultative à l’Association des Œuvres Sociales : prestations vacances-loisirs et sportives-culturelles.
- Participation à hauteur de 15€/mois pour la protection sociale.
- Cadre de travail agréable, proche de la nature, desservi par le Tram ligne 5 et accessible à vélo, avec système de covoiturage.
Déployer la recherche - Partager la science - Transformer l’avenir