Ingénieur biologiste en analyse de données

INSERM EST; Strasbourg; Hybride; EUR 40 000 - 60 000; Plein temps

Résumé du poste

Un institut de recherche renommé à Strasbourg recherche un·e bioinformaticien·ne pour travailler sur le projet Delta-DECODE, axé sur les interactions entre le virus de l’hépatite Delta et le microenvironnement hépatique. Le candidat idéal aura une expertise en bioinformatique, spécialement en RNA-seq et sera capable de développer des pipelines d'analyse. Ce poste offre l'opportunité de contribuer à des projets de première ligne dans un environnement dynamique et collaboratif.

Prestations

Accès à des technologies de pointe

Possibilité de formation continue

Environnement de recherche collaboratif

Qualifications

• Maîtrise des approches RNA-seq et différentes techniques d'analyse.
• Expérience en analyse de données omiques variées.
• Bonne capacité d'adaptation dans un environnement de recherche.

Responsabilités

• Développer des pipelines bioinformatiques pour des données complexes.
• Collaborer avec des cliniciens et des biologistes dans un projet multicentrique.
• Contribuer à l’analyse et à la publication des résultats scientifiques.

Connaissances

Bioinformatique appliquée

Statistiques appliquées

Gestion des données

Visualisation et présentation des données

Anglais scientifique

Formation

Master 2 ou Doctorat en bioinformatique

Outils

R

Python

DESeq2

Seurat/Scanpy

Description du poste

L’Institut de recherche en médecine translationnelle et maladies hépatiques (Institute for Translational Medicine and Liver Disease, ITM), basé à Strasbourg, est une unité mixte placée sous la co‑tutelle de l’Université de Strasbourg et de l’Inserm.

Dédié aux maladies hépatiques et au cancer du foie, l’ITM est un laboratoire de référence dans la compréhension des mécanismes biologiques de ces pathologies et le développement de nouvelles stratégies thérapeutiques, allant de la recherche fondamentale à l’application clinique.

L’institut se distingue par ses plateformes technologiques avancées, son riche réseau de collaborateurs, tant cliniques qu’internationaux, et son fort potentiel d’innovation (publications scientifiques, brevets, etc.).

Inserm UMR_S1110

Institut de Médecine Translationnelle et maladies hépatiques

Directeur: Pr. Thomas Baumert

Adresse: 3 rue de Koeberlé, Strasbourg

Mission principale

Le/la bioinformaticien·ne recruté·e travaillera au sein du projet Delta-DECODE, financé par l’ANRS, qui vise à déchiffrer les interactions entre le virus de l’hépatite Delta (HDV) et le microenvironnement hépatique. Ce projet repose sur une large cohorte de biopsies hépatiques de patients, et utilise des approches de pointe : RNA‑seq bulk, single‑cell transcriptomics et transcriptomique spatiale à haute résolution.

La mission consistera à développer et mettre en œuvre des pipelines bioinformatiques pour le traitement et l’intégration de ces données, à identifier des signatures moléculaires liées à la progression de la maladie et au pronostic, et à contribuer à leur valorisation scientifique au sein d’un consortium multidisciplinaire associant cliniciens, biologistes, biostatisticiens et partenaires nationaux et internationaux.

Activités principales

• Traitement et analyse de données RNA‑seq (bulk, single‑cell et spatiale).
• Développement/adaptation de workflows bioinformatiques (QC, alignement, clustering, analyse différentielle, pathway analysis).
• Intégration des données omiques avec les données cliniques.
• Gestion et organisation des données.
• Collaboration avec les équipes de Strasbourg, Henri Mondor et partenaires internationaux.
• Contribution aux publications scientifiques.

Spécificités et environnement de poste

Participation à un projet ANRS multicentrique d’envergure nationale et internationale, en collaboration avec Strasbourg, Henri Mondor et des partenaires académiques/industriels.

Intégration dans un environnement translationnel unique, à l’interface de la recherche fondamentale, de la clinique et de la bioinformatique.

Accès à des plateformes technologiques de pointe (RNA‑seq, single‑cell, transcriptomique spatiale, imagerie), avec possibilité de formation aux nouvelles approches.

Connaissances

• Bioinformatique appliquée à la génomique et transcriptomique.
• Statistiques appliquées à la biologie.
• Connaissance des environnements HPC et de la gestion de données sensibles.

Savoir-faire

• Maîtrise de R et/ou Python, packages usuels (DESeq2, edgeR, ggplot2, Seurat/Scanpy apprécié).
• Développement de scripts et automatisation de pipelines.
• Bonne capacité de visualisation et présentation des données.
• Anglais scientifique.

Aptitudes

• Capacité d’apprentissage et d’adaptation.
• Esprit collaboratif, goût pour l’interdisciplinarité.
• Rigueur et autonomie.

Expériences souhaités

• Expérience en analyse RNA‑seq indispensable.
• Expérience en single‑cell ou spatial omics : un atout, mais formation possible au sein du projet.

Niveau de diplôme et formations

Master 2 ou Doctorat en bioinformatique, biostatistiques, mathématiques appliquées, sciences des données ou disciplines proches.

Date de prise de fonction

01/05/2026

Durée

12 mois renouvelable

Temps plein

38h30: 32 congés et 13 ARTT

Télétravail

oui à discuter avec superviseur

Rémunération

A partir de 2927.84€ jusqu’à 4295.15€ brut mensuel en fonction de l'expérience professionnelle sur des postes de niveau équivalent.