Ingénieur d’étude en bioinformatique (H/F)

CNRS; Paris; Sur place; EUR 60 000 - 80 000; Plein temps

Résumé du poste

Un institut de recherche en France cherche un(e) Ingénieur(e) d’étude en bioinformatique pour rejoindre un projet sur l'origine évolutive des maladies génétiques. Le poste implique la gestion de données génomiques, le développement de pipelines bioinformatiques, et le soutien à l'analyse statistique. Diplôme BAC+5 requis avec une expérience en bioinformatique, maîtrise des outils Unix/Linux et des langages de programmation tels que Python est préférable. Une rémunération compétitive est offerte avec des opportunités de recherche indépendante.

Qualifications

• Formation en bioinformatique, génomique ou discipline similaire.
• Maîtrise des environnements Unix/Linux et du Shell.
• Connaissance des langages de programmation comme Python ou R.

Responsabilités

• Mise en place et maintenance de pipelines bioinformatiques.
• Contrôle qualité et harmonisation des jeux de données.
• Gestion des demandes d'accès aux biobanques.

Connaissances

Bioinformatique

Génomique

Programmation en Python

Unix/Linux

Traitement de données GWAS

Formation

Master en bioinformatique, biologie ou discipline apparentée

Outils

Snakemake

Nextflow

Description du poste

Ingénieur d’étude en bioinformatique (H/F)

Date Limite Candidature : vendredi 9 janvier 2026 23:59:00 heure de Paris

Assurez-vous que votre profil candidat soit correctement renseigné avant de postuler

Informations générales

Intitulé de l'offre : Ingénieur d’étude en bioinformatique (H/F)
Référence : UMR7592-ZOUZAD-009
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : PARIS 13
Date de publication : vendredi 19 décembre 2025
Type de contrat : IT en contrat CDD
Durée du contrat : 18 mois
Date d'embauche prévue : 1 mai 2026
Quotité de travail : Complet
Rémunération : à partir de 2571,89 euros bruts
Niveau d'études souhaité : BAC+5
Expérience souhaitée : Indifférent
BAP : A - Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement
Emploi type : Ingenieure ou ingenieur biologiste en analyse de donnees

Missions

Le/la candidat·e sera recruté.e dans le cadre d’un projet financé par la Fondation pour la Recherche Médicale visant à caractériser l’origine évolutive des maladies génétiques complexes humaines à partir de données génomiques anciennes et modernes. Il ou elle sera chargé·e de l’acquisition, du traitement, de l’organisation et de la préparation des données génomiques humaines anciennes et modernes. Cela inclut la mise en place et la maintenance de pipelines reproductibles pour le traitement et le contrôle qualité des données d’ADN ancien, la curation de génomes humains anciens et modernes disponibles publiquement, ainsi que la préparation de ces jeux de données pour les analyses.

Le ou la candidat.e contribuera également à la collecte et à l’harmonisation des données génétiques modernes et des statistiques issues des associations pangénomiques (GWAS). Il ou elle soutiendra le responsable de l’équipe dans les demandes d’accès aux données de biobanques, veillera au respect des procédures associées, et assurera la standardisation et la documentation des jeux de données afin qu’ils soient prêts pour les analyses.

Par ailleurs, si le ou la candidat·e le souhaite, il ou elle pourra développer un projet de recherche indépendant s’inscrivant directement dans les objectifs scientifiques et le développement à long terme de l’équipe.

Activités

• Mise en place et maintenance de pipelines bioinformatiques pour le traitement de données de séquençage
• Sélection, traitement et compilation de génomes humains anciens et modernes
• Contrôle qualité, harmonisation et documentation des jeux de données
• Sélection, agrégation et harmonisation de résultats d’associations pangénomiques (GWAS)
• Gestion des demandes d’accès à des données issues de biobanques
• Organisation et gestion des données du laboratoire selon les bonnes pratiques (FAIR)

Compétences techniques

• Formation en bioinformatique, génomique, biologie ou discipline apparentée
• Maitrise des environnements Unix/Linux et du Shell (bash)
• Maîtrise d’un ou plusieurs langages de programmation (e.g. Python, R ; C/C++ apprécié)
• Expérience avec des gestionnaires de workflows (Snakemake, Nextflow)
• Une expérience avec des données issues de biobanques ou d’associations pangénomiques est un plus

Compétences transversales

• Aisance dans l’expression orale et écrite
• Maîtrise de l’anglais technique du domaine, capacité à conduire des réunions et rédiger des documents dans cette langue
• Autonomie, sens de l’organisation et capacité d’initiative
• Aptitude au travail en équipe et bonnes qualités relationnelles

Contexte de travail

Le projet se déroulera au sein de l’équipe de Stéphane Peyrégne à l’Institut Jacques Monod. Cette équipe récemment créée étudie les génomes anciens afin de mieux comprendre l’évolution humaine et ses implications pour la biologie et la santé. Le ou la candidat·e bénéficiera d’un environnement de travail favorisant les analyses génomiques à grande échelle et le développement d’outils informatiques.

Contraintes et risques

Aucun