CDD Ingénieur.e developpement de codes de calcul haute performance (HPC)

France Life Imaging; Gif-sur-Yvette; Sur place; EUR 60 000 - 80 000; Plein temps

Résumé du poste

Une société de recherche en neuroimagerie recherche un ingénieur développement pour travailler sur des codes de calcul haute performance. Le candidat doit avoir un diplôme d'ingénieur en informatique, une maîtrise des langages C++ et Python, et des compétences en computer graphics. Ce poste requiert une collaboration avec des équipes internationales et des connaissances en neuroimagerie seraient un atout.

Qualifications

• Développement logiciel en C++ et Python.
• Compétences en computer graphics et technologies web.
• Expérience avec des outils de versionnage comme git.

Responsabilités

• Développement de codes de calcul à haute performance.
• Collaboration avec des équipes internationales.
• Participation aux réunions techniques et scientifiques.

Connaissances

Développement logiciel en C++

Développement logiciel en Python

Maîtrise d'OpenGL et Web-GL

Développement de web-services

Connaissances en neuroimagerie

Gestion de projets internationaux

Autonomie

Travail en équipe

Formation

Diplôme d'ingénieur ou équivalent

Outils

Docker

Singularity

Git

GitLab

GitHub

Description du poste

Overview

Date de l'annonce : mercredi 12 juillet 2023

Intitulé du poste : CDD Ingénieur.e developpement de codes de calcul haute performance (HPC)

Structure: L’équipe Ginkgo de l’Unité BAOBAB de NeuroSpin (dirigée par Cyril Poupon) travaille au développement de méthodes d’inférence de la connectivité anatomique et de la microstructure du cerveau humain à très haute résolution, en étroite collaboration avec l’équipe Fiber Architecture dirigée par le Pr. Markus Axer de l’Institut de Neurosciences et de Médecine du Forschungszentrum Jülich (INM 1, FZJ, Julich).

Contexte et mission : L'équipe Ginkgo de l'Unité BAOBAB de NeuroSpin, dirigée par Cyril Poupon, recrute un.e ingénieur H/F en CDD en charge du développement de codes de calcul à haute performance (HPC), de visualisation à haute performance et de services web pour l’analyse et la mise à disposition de Big Data individuelles de très haute résolution en IRM de diffusion et en microscopie PLI. Initiée dans le cadre du Human brain Project (HBP), la collaboration entre les deux équipes s’est renforcée par la création de l’Institut franco-allemand AIDAS, visant le déploiement des techniques de calcul à haute performance et d’intelligence artificielle pour cartographier le cerveau humain à des échelles spatiales jamais atteintes. Les équipes Ginkgo et Fiber Architecture s’intéressent plus précisément aux connexions cérébrales et ont développé depuis plus de deux décennies des expertises en IRM de diffusion, en imagerie optique polarisée (ou PLI) et en reconstruction des fibres (ou tractographie) permettant aujourd’hui l’inférence des connexions cérébrales à partir de données d’IRM de diffusion acquises in ou ex vivo, ou à partir de données microscopiques ex vivo de PLI. Récemment, dans le cadre du projet HBP, l’équipe de NeuroSpin a scanné une pièce anatomique et a obtenu des données d’imagerie anatomique et de diffusion de résolution mésoscopique (~100 μm). En parallèle, les équipes française et allemande scannent actuellement une seconde pièce anatomique qui devrait permettre d’obtenir des données de résolution microscopique des connexions sur l’ensemble du cerveau. Les deux équipes développent actuellement de nouvelles méthodes d’inférence de la connectivité anatomique et des modèles locaux des processus biophysiques en IRM de diffusion et en PLI.

Lieu : NeuroSpin, CEA Paris Saclay. Dans le cadre de cette mission, le candidat sera amené à se rendre régulièrement au sein des unités partenaires à Tours et Jülich en Allemagne, afin de participer aux réunions techniques et scientifiques avec les partenaires du projet (iBrain et INM1).

Rémunération : Selon diplômes et expérience

Diplômes requis : Diplôme d’ingénieur (ou équivalent) - Compétences informatiques suivantes: développement logiciel dans les langages C++ et Python, computer graphics avec une maîtrise des technologies OpenGL et Web-GL, développement de web-services (via l’utilisation du web toolkit https://www.webtoolkit.eu/wt), ainsi qu’une maîtrise du design logiciel orienté objet (design patterns, …), des outils de versionnage conventionnels (git) et des dépôts associés (GitLab, GitHub), des outils de conteneurisation (Docker, Singularity).

Compétences requises : Des connaissances en neuroimagerie seraient un plus. Le candidat devra savoir travailler de manière autonome, avoir un goût prononcé pour le travail en équipe, et être familier de la conduite de projets internationaux (maîtrise de l’anglais tant à l’écrit qu’à l’oral).

Contact : veuillez adresser un CV et une lettre de motivation par voie électronique à [e-mail] et [e-mail].