Bioinformata Pleno

Cidacs; Salvador; Presencial; BRL 20.000 - 80.000; Tempo integral

Resumo da oferta

Uma instituição de pesquisa em saúde em Salvador, Bahia, busca um bioinformata com mestrado em Bioinformática ou áreas correlatas. O candidato deve ter experiência em bioinformática e genômica, incluindo o desenho de pipelines e habilidades com ferramentas como Nextflow e GATK. O trabalho envolve a construção de pipelines reprodutíveis, definição de métricas de qualidade e documentação robusta. Oportunidade para profissionais que buscam colaborar em projetos de relevância científica.

Qualificações

• Mínimo de 3 anos em bioinformática, com atuação comprovada em genômica.
• Experiência sólida no desenho e otimização de pipelines reprodutíveis.
• Conhecimento de ferramentas de controle de versão e boas práticas de engenharia de software.

Responsabilidades

• Desenhar e implementar pipelines de bioinformática.
• Definir painéis e métricas de QC.
• Automatizar processos de ingestão e curadoria de dados.
• Consolidar catálogos e metadados para variantes.
• Elaborar documentos técnicos e SOPs.
• Documentar robustamente os processos.

Conhecimentos

Nextflow

GATK

BWA

samtools

Docker

Shell Script

Git

HPC

Formação académica

Mestrado em Bioinformática ou áreas correlatas

Descrição da oferta de emprego

📍O Cidacs conduz estudos e pesquisas baseados em projetos interdisciplinares originados na vinculação de grandes volumes de dados para ampliar o entendimento dos determinantes e das políticas sociais e ambientais sobre a saúde da população. 📍

QUALIFICAÇÕES E REQUISITOS OBRIGATÓRIOS :

FORMAÇÃO :

• Mestrado em Bioinformática ou áreas correlatas envolvendo ciências da saúde, biologia computacional, genética, ciência de dados biomédicos ou informática aplicada à genômica humana.

EXPERIÊNCIA :

• Mínimo de 3 anos em bioinformática (acadêmica ou profissional), com atuação comprovada em genômica.
• Experiência sólida no desenho, implementação, operação e otimização de pipelines reprodutíveis (pré-processamento, mapeamento, chamadas de variantes, joint-genotyping etc.).
• Participação prévia como bioinformata em projetos de genômica.

HABILIDADE TÉCNICAS :

• Experiência prática com Nextflow e / ou WDL / Cromwell, incluindo execução em ambientes HPC.
• Domínio de ferramentas essenciais : GATK, BWA, samtools / bcftools, Picard.
• Uso de ontologias biomédicas (HPO, SNOMED, OMOP) ou experiência em mapeamento de metadados clínicos.
• Experiência com containers (Docker, Singularity / Apptainer).
• Vivência em QC e curadoria de dados genômicos.
• Conhecimento de ambientes HPC (SLURM, filas, quotas, logs, storage distribuído).
• Sólida experiência em Linux e Shell Script.
• Experiência com Git, versionamento, CI / CD e boas práticas de engenharia de software.

HABILIDADE INTERPESSOAIS :

• Abordagem analítica e orientada à solução de problemas.
• Capacidade de trabalhar em ambiente colaborativo e de alta responsabilidade científica.

DESEJÁVEIS, MAS NÃO OBRIGATÓRIOS :

OUTRAS QUALIFICAÇÕES :

• Experiência com padrões GA4GH (htsget, refget, DUO, Phenopackets).
• Experiência no uso de ferramentas e estrutura de dados para registro de dados fenotípicos como RedCAP.
• Familiaridade com modelos de dados clínicos, especialmente OMOP-CDM.
• Inglês intermediário

DIFERENCIAIS :

• Doutorado em Bioinformática ou áreas correlatas.
• Publicações científicas relevantes em genômica ou bioinformática.
• Experiência prévia em projetos nacionais ou multicêntricos de grande escala.
• Experiência com pipelines nf-core, HAIL ou Spark genômico.
• Conhecimento de processamento em GPU e Nvidia Parabricks em genômica.

TAREFAS PRINCIPAIS :

• Desenho e implementação de pipelines de bioinformática : Projetar pipelines reprodutíveis (pré-processamento, alinhamento, chamadas de variantes, gVCF, joint-calling) utilizando containers e seguindo melhores práticas internacionais (GATK Best Practices, nf-core).
• Definir painéis / métricas de QC : Estabelecer métricas de qualidade para sequências (FASTQ / BAM / VCF) e metadados clínico-fenotípicos, definindo thresholds, alertas e relatórios.
• Automatização : Desenvolver rotinas automatizadas para ingestão, auditoria e curadoria, garantindo eficiência, padronização e rastreabilidade.
• Consolidar catálogos e metadados : Apoiar a construção de catálogos agregados de variantes (frequências populacionais), indexação e versionamento de metadados conforme ontologias reconhecidas (HPO, SNOMED-CT, OMOP, GA4GH).
• Procedimentos Operacionais Padrão (SOPs) : Elaborar documentos técnicos, guias e templates para garantir governança, auditoria e reprodutibilidade dos processos.
• Documentação robusta : Criar e manter documentação completa e clara, garantindo que pipelines e procedimentos possam ser mantidos, auditados e evoluídos pela equipe no futuro.