H/F Approches phylodynamiques pour maîtriser la propagation du VIH

CNRS; Paris; Sur place; EUR 40 000 - 60 000; Plein temps

Résumé du poste

Une institution de recherche en sciences de la vie à Paris recherche un(e) ingénieur(e) pour maîtriser la propagation du VIH par des approches phylodynamiques. Le poste requiert une solide formation en programmation et une maîtrise de l'anglais. Les responsabilités incluent la création de jeux de données et le développement de modèles mathématiques. CDD de 7 mois avec une rémunération selon expérience, entre 3 237 € et 4 960 €.

Responsabilités

• Créer un jeu de données de haute qualité sur le VIH à partir des séquences génomiques.
• Reconstruire des arbres ou réseaux phylogénétiques.
• Développer des approches phylogéographiques/phylodynamiques.

Connaissances

Compétences en programmation (Python, Java ou R)

Maîtrise de l’anglais (niveau B2)

Expérience en développement de logiciels

Expérience dans la mise en place de pipelines d’analyse de données

Engagement pour la recherche reproductible

Connaissances des méthodes et modèles phylodynamiques

Connaissance de méthodes d’apprentissage profond

Formation

BAC+5

Description du poste

H/F Approches phylodynamiques pour maîtriser la propagation du VIH

Date Limite Candidature : jeudi 11 décembre 2025 23:59:00 heure de Paris

Assurez-vous que votre profil candidat soit correctement renseigné avant de postuler

Informations générales

Intitulé de l'offre : H/F Approches phylodynamiques pour maîtriser la propagation du VIH
Référence : UMR8197-VALHER-210
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : PARIS 05
Date de publication : jeudi 20 novembre 2025
Type de contrat : IT en contrat CDD
Durée du contrat : 7 mois
Date d'embauche prévue : 1 mars 2026
Quotité de travail : Complet
Rémunération : Selon expérience – Entre 3 237 € et 4 960 €
Niveau d'études souhaité : BAC+5
Expérience souhaitée : Indifférent
BAP : E - Informatique, Statistiques et Calcul scientifique
Emploi type : Ingenieure statisticienne ou ingenieur statisticien

Missions

1. Créer un jeu de données de haute qualité sur le VIH à partir des séquences génomiques disponibles dans les bases de données publiques et des métadonnées associées
2. Reconstruire des arbres ou réseaux phylogénétiques correspondants à ces données (adaptant les méthodes existantes ou développant des méthodes ad-hoc)
3. Développer des approches phylogéographiques/phylodynamiques ciblant ces données

Activités

• Développement de nouveaux modèles mathématiques
• Développement de méthodes computationnelles et leur implémentation sous forme de logiciels libres
• Rédaction scientifique
• Communication scientifique

Compétences

• Solides compétences en programmation (Python, Java ou R)
• Maîtrise de l’anglais à l’oral et à l’écrit (niveau B2)
• Expérience en développement de logiciels
• Expérience dans la mise en place de pipelines d’analyse de données à l’aide d’outils de gestion de workflow (p.ex.Snakemake, Nextflow)
• Engagement pour la recherche reproductible (git, conda, etc.)
• Connaissances des méthodes et modèles phylodynamiques et/ou phylogéographiques
• Connaissance de méthodes d’apprentissage profond

Contexte de travail

Le(a) ingénieur(e) rejoindra l’équipe Modelling of Pathogens de l’Institut de Biologie de l’ENS (IBENS), un institut européen de premier plan en sciences de la vie, dédié à la compréhension des mécanismes et des principes fondamentaux qui régissent les systèmes vivants, tant en santé qu’en maladie. L’IBENS est implanté au cœur de Paris. Il regroupe 30 équipes de recherche et plus de 300personnels spécialisés en génétique et génomique, biologie du développement, neurosciences et écologie & biologie évolutive. Le(a) ingénieur(e) travaillera dans un bureau partagé avec les autres membres de l’équipe et bénéficiera d’un accès complet aux plateformes centrales de l’IBENS, y compris le cluster de calcul. Puisque l’équipe Modelling of Pathogens est une équipe jointe entre l’IBENS et l’Institut Pasteur, le(a) ingénieur(e) sera également co affilié(e) à l’Institut Pasteur et pourra profiter de son environnement scientifique stimulant (par exemple, la possibilité d’assister aux séminaires).

Contraintes et risques

travail sur écran