Rôle des éléments transposables dans l’évolution des génomes du genre Coffea

SFBI; Montpellier; Sur place; EUR 20 000 - 40 000; Plein temps

Résumé du poste

Un institut de recherche en biologie recherche un stagiaire pour un projet de 6 mois en génomique, basé à Montpellier. Le candidat devra analyser la diversité des éléments transposables dans des espèces de Coffea. Des compétences en bioinformatique, R/Python et une formation Bac+5 sont requises. Un PDF comprenant CV et lettre de motivation doit être envoyé avant le 21 janvier 2026.

Qualifications

• Compétences en bioinformatique, analyse de données génomiques.
• Capacité à travailler avec de grands volumes de données.

Responsabilités

• Analyser la diversité et l’abondance des éléments transposables dans différentes espèces de Coffea.
• Identifier et annoter les éléments transposables.
• Étudier l’âge d’insertion des rétrotransposons.

Connaissances

Maîtrise de la ligne de commande (bash/shell)

Bonne connaissance en R/Python

Intérêt pour la génomique et l’évolution des génomes

Formation

Bac+5 / Master

Description du poste

Rôle des éléments transposables dans l’évolution des génomes du genre Coffea

Stage·Stage M2·6 moisBac+5 / MasterIRD, DIADE - Diversité, adaptation, développement des plantes·Montpellier (France)Indemnité légale (~639 €/mois)

• Contexte. Les éléments transposables (ETs) sont des séquences d’ADN mobiles qui jouent un rôle majeur dans l’évolution et la plasticité des génomes. Ils influencent la régulation des gènes, les réponses adaptatives aux contraintes environnementales et la divergence entre espèces. Le genre Coffea, comprenant 141 espèces, présente une grande diversité phénotypique et un fort intérêt agronomique, en particulier vis-à-vis de la résistance aux maladies et de l’adaptation aux changements climatiques. Bien que les premiers génomes de Coffea aient révélé une forte proportion d’ETs, leur diversité et leurs dynamiques évolutives restent encore peu étudiées, en particulier chez les espèces sauvages. Ce projet de Master propose d’explorer le rôle des ETs dans l’évolution des génomes du genre Coffea, en s’appuyant sur des données génomiques nouvellement générées dans le cadre du projet ANR Bridges_Coffea.
• Objectifs. Le stage aura pour but d’analyser la diversité et l’abondance des ETs dans 10 espèces de Coffea, et d’évaluer leur implication dans les variations de taille de génome et l’organisation chromosomique. Les objectifs spécifiques sont : (i) Identifier et annoter les éléments transposables dans un sous-ensemble d’espèces sauvages de Coffea. Quantifier l’abondance des principales familles d’ETs et comparer leur distribution dans les génomes. Étudier l’âge d’insertion des rétrotransposons à LTR pour détecter des épisodes d’expansion récente et leur conséquence.
• Methodologie. Analyse de grand volume de données génomiques par des approches de bioinformatiques, genomiques comparées et phylogenomiques; Utilisation d’outils d’annotation d’ETs dont certains développés au sein de l’équipe (Inpactor2 https://github.com/simonorozcoarias/Inpactor2 ).
• Compétences: Maîtrise de la ligne de commande (bash/shell), bonne connaissance en R/Python. Intérêt pour la génomique et l’évolution des génomes.

Procédure : Envoyer un seul PDF (CV + lettre + relevé M1)

Date limite : 21 janvier 2026

Offre publiée le 27 novembre 2025, affichage jusqu'au 21 janvier 2026