Assistant ingénieur (H/F) de la plateforme d'imagerie de l'Unité d'appui et de recherches

CNRS; Saint-Aubin; Sur place; EUR 30 000 - 45 000; Plein temps

Résumé du poste

Un institut de recherche recherche un(e) Assistant(e) ingénieur (H/F) pour assurer le bon fonctionnement de ses microscopes et accompagner les utilisateurs dans l'acquisition et l'analyse d'images biologiques. Le candidat devra posséder des compétences en imagerie microscopique, traitement d'images et programmation. Ce poste exige également de bonnes capacités de formation et un bon niveau d'anglais. Un environnement collaboratif est proposé, avec un travail parfois en milieu obscur et exposition aux laser.

Prestations

Formation continue

Travail au sein d'une équipe collaborative

Qualifications

• Savoir réaliser et analyser par imagerie photonique des préparations d'échantillons biologiques.
• Maîtriser les techniques d'imagerie et des instruments associés.
• Gestion de données volumineuses et stockage sur serveurs.

Responsabilités

• Assurer le bon fonctionnement des microscopes et équipements.
• Former les utilisateurs à l'acquisition d'images biologiques.
• Participer à l'organisation des sessions de formation.

Connaissances

Imagerie microscopique

Traitement d'images biologiques

Programmation (Python, Java, MATLAB)

Capacité à former des utilisateurs

Anglais (niveau A2 à B1)

Formation

Diplôme en biologie ou domaine similaire

Outils

ImageJ

Fiji

Imaris

Description du poste

Assistant ingénieur (H/F) de la plateforme d'imagerie de l'Unité d'appui et de recherches

Date Limite Candidature : jeudi 15 janvier 2026 17:00:00 heure de Paris

Informations générales

Réservé aux agents CNRS (fonctionnaires et CDI) et aux fonctionnaires et CDI de droit public

Intitulé de l'offre : Assistant ingénieur (H/F) de la plateforme d'imagerie de l'Unité d'appui et de recherches

Référence : UAR2009-MOBINT-P53027

Lieu de travail : PARIS CEDEX 06

Institut : INSB - Institut des sciences biologiques

Date de publication : mercredi 3 décembre 2025

Session : Campagne Hiver 2026

Groupe de Fonction : AIG2

BAP : A - Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement

Emploi type : Assistante ingenieure ou assistant ingenieur en experimentation et instrumentation biologiques

Missions

L'agent assure le bon fonctionnement des microscopes et équipements de la plateforme d'imagerie cellulaire et tissulaire. Il/elle accompagne les utilisateurs (chercheurs, doctorants, équipes externes) à l'acquisition d'images biologiques, au traitement et à l'analyse des données via des logiciels spécialisés, et à la formation des utilisateurs aux techniques et outils de la plateforme. Il/elle veille au respect des consignes de sécurité et à la qualité des données produites.

Activités

a) Gestion et maintenance des Microscopes de la Plateforme

• Réaliser les opérations courantes d'entretien et de calibration des équipements de microscopie (à épifluorescence, confocaux, light‑sheet, scanner de lames etc.)
• Assurer la disponibilité des équipements : planification, suivi des réservations et assistance technique.
• Diagnostiquer et résoudre les pannes techniques, en lien avec les fournisseurs et le service informatique, suivre les interventions de maintenance.
• Assurer le respect des normes d'hygiène, sécurité et éthique liées à l'utilisation des équipements.
• Contribuer à l'amélioration continue du fonctionnement de la plateforme.

b) Acquisition et traitement d'Images

• Former et assister les utilisateurs sur des outils standards (ImageJ, Fiji, Imaris, ou QuPath pour la segmentation, la quantification, le tracking et la visualisation 3D).
• S'intéresser et se former à l'utilisation de l'IA (Intelligence artificielle) pour la détection d'objets et la segmentation d'images microscopiques. Créer éventuellement des scripts personnalisés pour l'automatisation de l'analyse.
• Conseiller sur l'interprétation des résultats, identifier les limites des méthodes et proposer des alternatives innovantes.
• Participer au traitement de données en garantissant la traçabilité et la reproductibilité des résultats.

c) Formation et veille

• Participer à l'organisation des sessions de formation sur les équipements et logiciels de la plateforme (ateliers sur ImageJ, deep learning appliqué à la microscopie...).
• Assurer une veille technique sur les équipements et les logiciels d'analyse d'images.
• Rédiger des rapports techniques, contribuer aux publications et présenter des résultats lors de séminaires.

Compétences

Savoirs :

• Principes de bases en fluorescence, imagerie microscopique, imagerie quantitative.
• Méthodes conventionnelles de traitement et d'analyse d'images biologiques.
• Connaissances en informatique, programmation et intelligence artificielle.
• Connaissances en alignement, métrologie et calibration des systèmes optiques serait un plus.
• Connaissance des règles d'hygiène et sécurité en laboratoire.
• Anglais (niveau A2 à B1).

Savoirs faire :

• Savoir réaliser et analyser par imagerie photonique des préparations d'échantillons biologiques.
• Maîtriser les techniques d'imagerie (confocale, light-sheet, super-résolution) et des instruments associés.
• Maîtriser les logiciels d'analyse d'image open‑source (ImageJ, Fiji…) et commerciaux (Zen, Imaris, Arivis, Nis element…) et être capable de réaliser des analyses quantitatives (segmentation, débruitage et analyse statistique).
• Des compétences ou un intérêt pour la programmation (Python, Java, MATLAB, etc.) seraient un plus pour le poste.
• Gestion de données volumineuses et stockage sur serveurs.

Savoirs‑être :

• Excellentes qualités pédagogiques et relationnelles pour former et conseiller des utilisateurs variés.
• Rigueur, autonomie et sens de l'organisation pour gérer des projets multiples.
• Curiosité scientifique et volonté d'apprentissage.
• Esprit d'équipe et goût pour le travail collaboratif.
• Aimer partager ses connaissances pour accompagner les chercheurs selon une notion de services.
• Autonomie dans l'exécution des tâches confiées.
• Travail en mode projet.

Contexte de travail

L'agent intègrera une plateforme d'imagerie cellulaire et tissulaire dédiée à la recherche en biologie (ex. : cancérologie, infectiologie ou neurosciences). La plateforme dispose d'un parc d'instruments diversifié (microscopes confocaux, light‑sheet et un système d'imagerie à haut débit), dans un environnement de recherche collaborative. Le poste vise à assister l'ingénieur d'études en place dans la gestion opérationnelle des équipements de microscopie et à soutenir les utilisateurs dans le traitement avancé des images. L'agent sera placé sous la hiérarchie de la directrice de UAR BioMedTech Facilities. Il exercera ces fonctions sous la responsabilité fonctionnelle de l'ingénieur et du réfèrent scientifique de la plateforme.

Contraintes liées au poste :

• Travail fréquent en environnement obscur.
• Exposition aux rayonnements laser.