Stage Ingénieur H/F

CEA; Fontenay-aux-Roses; Sur place; EUR 40 000 - 60 000; Plein temps

Résumé du poste

Un institut de recherche de premier plan recherche un stagiaire en traitement d'image à Fontenay-aux-Roses. Le stagiaire travaillera sur des protocoles pour analyser des séquences vidéo de cultures cellulaires en utilisant des techniques de deep learning. Ce stage est une opportunité de participer à un projet innovant et de développer des compétences en traitement de l'image et programmation.

Prestations

Restaurant d’entreprise

Transport pris en charge à 75%

Formations professionnelles

Qualifications

• Interagir avec l'équipe de traitement de l'image et les neurobiologistes.
• Bonnes capacités d’adaptation à des environnements multidisciplinaires.
• Compétences en coordination et travail en équipe.

Responsabilités

• Mettre en place un protocole de traitement d'image pour des vidéos de microscopie.
• Tester plusieurs logiciels de traitement d’image.
• Développer des outils pour évaluer l’efficacité de nouvelles thérapies.

Connaissances

Connaissance des environnements Linux et Windows

Maîtrise de la programmation dans les langages C, C++ et Python

Connaissances dans le domaine de la parallélisation et du calcul haute performance (CPU/GPU)

Connaissances générales des techniques de traitement de l’image

Savoir utiliser les suites bureautiques standards

Formation

École d’ingénieur

Outils

Icy

GitHub

Description du poste

Durée du contrat (en mois)

Description de l'offre

Analyse de séquences vidéo de co-cultures cellulaires acquises par microscopie optique dans le cadre de l'étude de modèles de la neurofibromatose.

L'objectif de ce stage ingénieur sera de mettre en place un protocole complet de traitement d’image afin d’étudier des séquences vidéo de microscopie optique de fluorescence acquises dans le cadre de l’étude in vitro de cultures cellulaires modèles de tumeurs (fibroblastomes, tumeurs NF1). La finalité de cette étude serait de mieux comprendre comment interagissent les différents types cellulaires mis en présence, que ce soit dans une configuration saine ou pathologique.

Pour cela, plusieurs logiciels de référence dans ce domaine seront testés pour mettre en place un protocole complet de traitement allant de la gestion des formats vidéo (entrées / sorties -import vidéo, export d’images), le prétraitement de séquences (corrections de mouvements, stabilisation, correction de biais, etc.) jusqu’à l’analyse cellulaire par des méthodes de segmentation par apprentissage profond -deep learning- (segmentation cellulaire, suivi temporel, etc.).

• Icy (Institut Pasteur) : https://icy.bioimageanalysis.org/

Une étude des méthodes de l'état de l'art utilisées pour traiter des séquences vidéo, réaliser des segmentations sémantique et d'instance cellulaire sera réalisée en se concentrant sur les techniques de Deep Learning (Cellpose [1], architectures U-Net [2], etc.).

Les données du projet seront mises à disposition par le partenaire de l’Institut Mondor de Recherche Biomédicale expert dans ce domaine. Une base de données vidéo de référence sera constituée et les solutions logicielles identifiées seront testées afin d’évaluer leur performance sur les données du projet. Le développement de tels outils ouvrira des perspectives d'application dans un cadre de développement et de test d’efficacité de nouvelles thérapies.

Vous aurez accès à des ressources computationnelles adaptées au projet (station de travail, moyens de calcul intensif CPU/GPU voire cluster de calcul).

Profil du candidat

Votre profil

Vous êtes actuellement en école d’ingénieur.

Compétences techniques et comportementales

Au cours de ce stage, vous serez amené.e à interagir principalement avec l'équipe de traitement de l'image de MIRCen (informaticiens, méthodologistes en traitement de l’image, etc.) et les neurobiologistes de la plateforme d’histologie.

Connaissances et compétences souhaitées:

• Connaissance des environnements Linux et Windows,
• Maîtrise de la programmation dans les langages C, C++ et Python;
• Connaissances dans le domaine de la parallélisation et du calcul haute performance (CPU/GPU).
• Connaissances générales des techniques de traitement de l’image (segmentation, machine learning – deep learning), de traitement de vidéo et d'un outil de gestion de sources (github)
• Savoir utiliser les suites bureautiques standards (Open Office, Office).

Vous bénéficierez pour réaliser ces développements des savoirs faire, de l’encadrement des équipes du CEA et de l'infrastructure informatique existante (serveurs de calculs internes, plateforme logicielle).

De bonnes capacités d’adaptation à des environnements multidisciplinaires, de coordination et de travail en équipe sont également requises pour ce projet.

En rejoignant l'Institut JACOB, vous intégrez un environnement de recherche dynamique et innovant où vous avez l’opportunité d’apprendre, de grandir et de jouer un rôle clé au sein d’une entité/unité d’excellence.

Les à-côtés de votre mission principale

• Un écosystème de recherche à la pointe, dédié à des thématiques à fort enjeu sociétal.
• Des formations pour renforcer vos compétences et booster votre carrière.
• Un équilibre vie privée/vie professionnelle reconnu
• Un CE riche en avantages sociaux, culturels et sportifs.
• Des avantages pratiques : restaurant d’entreprise, transport pris en charge à 75%, et bien plus encore.
• Un cadre de travail verdoyant au cœur de la ville de Fontenay aux Roses, à quelques minutes de Paris en transports

Vous souhaitez faire partie de l’aventure ? Postulez dès maintenant et mettez votre énergie au service de la recherche et de l’innovation ! Envoyé votre CV et lettre de motivation à [e-mail]

Conformément aux engagements pris par le CEA en faveur de l'intégration des personnes handicapées, cet emploi est ouvert à toutes et à tous. Le CEA propose des aménagements et/ou des possibilités d'organisation pour l'inclusion des travailleurs handicapés.

Localisation du poste

Fontenay-aux-Roses

Entité de rattachement

Le CEA est un acteur majeur de la recherche, au service des citoyens, de l'économie et de l'Etat.

Il apporte des solutions concrètes à leurs besoins dans quatre domaines principaux : transition énergétique, transition numérique, technologies pour la médecine du futur, défense et sécurité sur un socle de recherche fondamentale.

Le CEA s'engage depuis plus de 75 ans au service de la souveraineté scientifique, technologique et industrielle de la France et de l'Europe pour un présent et un avenir mieux maîtrisés et plus sûrs.

Implanté au cœur des territoires équipés de très grandes infrastructures de recherche, le CEA dispose d'un large éventail de partenaires académiques et industriels en France, en Europe et à l'international.

Les 20 000 collaboratrices et collaborateurs du CEA partagent trois valeurs fondamentales :

• La conscience des responsabilités
• La coopération
• La curiosité

Description de l'unité

L'Institut de Biologie François-Jacob a pour mission de conduire des recherches en radiobiologie et radiotoxicologie, en génomique humaine, en génomique environnementale et en recherche translationnelle dans le domaine des affections neurodégénératives, infectieuses et hématologiques, en s'appuyant sur les plateformes de haute technologie et l'expertise des unités de la DRF situées sur les sites de Fontenay aux Roses et d'Evry.

MIRCen - Molecular Imaging Research Center - est une installation de recherche préclinique développée par le CEA et l'INSERM. Cette installation, basée sur le site CEA de Fontenay-aux-Roses, est constituée d'un ensemble de plateformes dédiées au développement et à la validation de modèles animaux pertinents de pathologies humaines. Ces modèles sont utilisés pour le développement et la validation de nouvelles techniques permettant de détecter des déficits à un stade précoce de la maladie. Ils sont également utilisés pour évaluer des thérapies innovantes dans le domaine des maladies neurodégénératives.

Référence

2025-38316