L'épissage des pré-ARNm dans les cellules normales et tumorales : découverte de nouveaux régula[...]

Université Paris-Saclay GS Life Sciences and Health; France; Sur place; EUR 40 000 - 60 000; Plein temps

Résumé du poste

Un institut de recherche en sciences de la vie recherche un étudiant pour un projet de thèse sur l'implication des protéines dans les cancers et le mécanisme d'épissage des ARNs. Les candidats doivent avoir un master en biochimie, biologie moléculaire ou cellulaire et des compétences en travail d'équipe. Le début de la thèse est prévu pour le 01/10/2026. L'anglais est la langue de travail. Ce projet se déroule dans le laboratoire SABNP à l'Université d'Evry / Paris-Saclay.

Qualifications

• Passion et motivation pour la recherche.
• Compétences organisationnelles et travail en équipe interdisciplinaire.
• Anglais courant souhaité.

Responsabilités

• Rechercher l'implication des protéines dans les cancers par data mining.
• Caractériser les interactions biochimiques et fonctionnelles avec U2AF2.
• Analyser les conséquences de knockdown ou d'expression de formes mutées.

Connaissances

Compétences en biochimie

Biologie moléculaire

Travail en équipe

Organisation

Formation

Master (ou équivalent) en biochimie, biologie moléculaire ou biologie cellulaire

Description du poste

Université Paris-Saclay GS Life Sciences and Health

Overview

L'épissage des ARNs est une étape clé de l'expression des génomes, souvent altérée dans les maladies génétiques et les cancers. Cependant, une connaissance détaillée des mécanismes permettant la reconnaissance des sites d'épissage et l'assemblage de la machinerie d'épissage ou spliceosome sur les introns cibles fait encore défaut.

L'assemblage du spliceosome sur les introns met en jeu un réseau complexe d'interactions moléculaires. Dans ce réseau, le facteur d'épissage U2AF2 (U2 Small Nuclear RNA Auxiliary Factor 2 ou U2AF65) joue un rôle central en se liant à une séquence de polypyrimidine en amont du site 3' d'épissage et en permettant le recrutement du facteur U2snRNP sur la séquence de branchement. De façon très intéressante, plusieurs mutations driver dans le cancer ont été identifiées dans les protéines qui interagissent avec U2AF2 au cours de l'assemblage du spliceosome: SF3b1, U2AF1 et SRSF2. Ceci suggère que les partenaires de U2AF2 ont un rôle particulier dans les dérégulations de l'épissage associées aux cancers.

Dans ce cadre nous avons récemment identifié par une approche de marquage par proximité à la biotin (BioID) une liste de protéines interagissant in vivo avec U2AF2 et dont les dérégulations pourraient elles aussi être impliquées dans les cancers.

Sur la base de nos résultats préliminaires, le projet de thèse visera à rechercher l'implications de ces protéines dans les cancers par data mining et à caractériser leur interaction biochimique et fonctionnelle avec U2AF2. Pour cela l'étudiant utilisera des outils de prédiction de structure et mettra en œuvre des techniques biochimiques. Le rôle de ces interactions dans l'épissage sera ensuite recherché en analysant les conséquences de knockdown ou d'expression de formes mutées de ces facteurs sur des évènements d'épissage associés aux cancers et en recherchant l'effet de ces facteurs sur la liaison à l'ARN de U2AF2. L'ensemble des résultats obtenus permettra alors de proposer un modèle d'action de ces nouveaux partenaires sur les fonctions de U2AF2 dans l'épissage et leur implication potentielle dans le cancer. Dans l'ensemble, ce travail de thèse contribuera à la compréhension du processus d'épissage et de son contrôle chez les eucaryotes.

Ce projet se déroulera dans le laboratoire SABNP de l'Université d'Evry / Paris-Saclay. Ce laboratoire concentre ses recherches sur le décryptage des mécanismes d'action des protéines de liaison à l'ARN dans l'expression des gènes chez les eucaryotes.

Project Scope

RNA splicing is a key step in genome expression, often impaired in genetic diseases and cancers. However, detailed knowledge of the mechanisms allowing the recognition of splice sites and the assembly of the splicing machinery, the spliceosome, on target introns is still lacking [1].

The assembly of the spliceosome on introns involves a complex network of molecular interactions and regulations. In this network, the splicing factor U2AF2 (U2 Small Nuclear RNA Auxiliary Factor 2 or U2AF65) plays a central role by binding to a polypyrimidine sequence upstream of the 3' splice site and by allowing the recruitment of the U2snRNP factor on the branchpoint sequence [2–5]. Interestingly, several driver mutations in cancer have been identified in proteins that interact with U2AF2 during spliceosome assembly: SF3b1, U2AF1 and SRSF2. This suggests that U2AF2 partners have a particular role in splicing deregulation associated with cancers.

In this context, we have recently identified by a biotin proximity labeling approach (BioID) a list of proteins interacting in vivo with U2AF2 and whose deregulation could also be involved in cancers.

Based on our preliminary results, the thesis project will aim to research the implication of these proteins in cancers by data mining and to characterize their biochemical and functional interaction with U2AF2. For this, the student will use structure prediction tools and implement biochemical techniques. The role of these interactions in splicing will then be sought by analyzing the consequences of knockdown or expression of mutated forms of these factors on splicing events associated with cancers and by researching the effect of these factors on U2AF2 RNA binding. Overall, this thesis work will contribute to the understanding of the splicing process and its control in eukaryotes.

This project will take place in the SABNP laboratory of the University of Evry / Paris-Saclay. This laboratory focuses its research on deciphering the mechanisms of action of RNA-binding proteins in gene expression in eukaryotes.

Candidate Profile

Nous recherchons des candidats passionnés et motivés, titulaires d'un master (ou équivalent) en biochimie, biologie moléculaire ou biologie cellulaire. Les candidats retenus devront faire preuve d'un bon sens de l'organisation et d'une aptitude à travailler en équipe interdisciplinaire. L'anglais est notre langue de travail. La connaissance du français n'est pas requise. We are looking for highly passionate and motivated candidates expected to hold a master degree (or equivalent) in Biochemistry, Molecular Biology or Cell biology. Successful applicants should demonstrate good organizational skills and ability to work in an interdisciplinary team. English is our working language. Knowledge of French is not required.

Logistics

Début de la thèse : 01/10/2026

Funding category:
Programme CSC - UPSaclay

Information

Number of offers available 1
Company/Institute Université Paris-Saclay GS Life Sciences and Health
Country France
City Evry
Geofield