Détection ultra-précoce de pathogènes bactériens

CEA; Grenoble; Sur place; EUR 20 000 - 40 000; Plein temps

Résumé du poste

Un laboratoire de recherche en sciences cherche un candidat pour un sujet de thèse axé sur le développement d'un instrument d'imagerie par résonance des plasmons de surface (SPRi) pour la détection de pathogènes dans le sang. Le projet inclut des responsabilités telles que la conception, l'optimisation des méthodes d'analyse, et la validation des performances du nouvel outil. Une formation en ingénierie, de préférence en biotechnologie, est recommandée. Disponibilité du poste prévue pour le 1er novembre 2026.

Qualifications

• Compétences en conception instrumentale pour la détection de pathogènes.
• Capacité à développer des méthodes d'analyse de données.
• Expérience souhaitée en biotechnologie.

Responsabilités

• Développer un instrument innovant pour la détection de bactéries.
• Optimiser l'analyse et le traitement des données SPR.
• Valider les performances du nouvel instrument.

Connaissances

Ingénieur/e généraliste

Biotechnologie

Description du poste

Description du sujet de thèse

Domaine

Sciences pour l'ingénieur

Sujets de thèse

Détection ultra-précoce de pathogènes bactériens dans le sang de patient

Contrat

Thèse

Description de l'offre

Ce projet vise à développer un instrument d'imagerie par résonance des plasmons de surface (SPRi) polyvalent et facile à utiliser pour la détection rapide et à large spectre de concentrations faibles de bactéries pathogènes dans des échantillons complexes, dont le sang en particulier. La SPRi est une technique, sans marquage, qui permet de sonder un échantillon (quelle que soit sa transparence optique), en temps réel. En raison de la grande sensibilité du phénomène de plasmon, la plage dynamique de variation d'indice mesurable est limitée par détection SPRi lorsque la lecture est réalisée à un angle fixe, comme c'est le cas dans les dispositifs déployés dans le commerce. Cela réduit l'utilisation de tels instruments optiques à l'étude de milieux dont l'indice reste relativement stable pendant l'expérience et dont les sondes moléculaires ont des poids moléculaires comparables aux cibles (suivi d'interactions bi-moléculaires). Ainsi, cela limite considérablement la détection de bactéries en croissance dans des milieux complexes. Notre laboratoire a développé des solutions originales pour la détection de très faibles taux de contaminations dans des matrices alimentaires (création d'une start-up en 2012), mais la SPRi se révèle inadaptée pour la détection de bactéries dans le sang, en partie en raison de la très forte variabilité intrinsèque de cette matrice.

• La conception d'un instrument optimisé pour l'enregistrement en temps réel d'images SPR sur une plage définie d'angles d'éclairage;
• Le développement d'une analyse et de traitement des données SPR dédiée pour extraire en temps réel l'information la plus pertinente pour chaque sonde à partir des images ;
• La fonctionnalisation des biopuces par une combinaison de sondes appropriées (séries de peptides tels que les peptides antimicrobiens (AMPs), anticorps et même bactériophages) pour optimiser le nombre d'identifications possibles avec un ensemble réduit de sondes ;
• L'apprentissage des 'signatures SPRi 4D' spécifiques de souches modèles dans des matrices sanguines ;
• La validation des performances du nouvel instrument "4D-SPRi" comme outil de détection et de caractérisation des bactéries issues de souches hospitalières par rapport à des techniques de référence.

Université / école doctorale

Chimie et Sciences du Vivant (EDCSV)

Université Grenoble Alpes

Localisation du sujet de thèse

Grenoble

Critères candidat

Formation recommandée

Ingénieur/e généraliste - biotechnologie

Demandeur

Disponibilité du poste

01/11/2026

Personne à contacter par le candidat

LEROY Loïc

[e-mail]

UGA

DRF/IRIG/SyMMES/CREAB

SyMMES

IRIG, CEA-GRENOBLE

38054 Grenoble, cedex 09

0698003170

Tuteur / Responsable de thèse

ROUPIOZ Yoann

[e-mail]

CNRS

DRF/IRIG/SyMMES/CREAB

SyMMES, CREAB

IRIG, CEA-GRENOBLE

17 rue des martyrs

38054 Grenoble cedex 9

04 38 78 98 79

En savoir plus

https://www.symmes.fr/Pages/Yoann-Roupioz/CV.aspx

https://www.symmes.fr/Pages/CREAB/Presentation.aspx

https://www.symmes.fr/