Chercheur.se pour l'étude de l'effet des pesticides sur les communautés microbiennes des sols

CIRAD; Montferrier-sur-Lez; Sur place; EUR 40 000 - 60 000; Plein temps

Résumé du poste

Un centre de recherche agronomique recherche un(e) chercheur.se pour étudier l'effet des pesticides sur les communautés microbiennes des sols. Basé(e) à Montferrier-sur-Lez, vous valoriserez des données et participerez à la rédaction d'articles scientifiques. Le poste requiert un doctorat en épidémiologie/écologie microbienne et des compétences en modélisation, bioinformatique, et analyse de données. Une mission à La Réunion est prévue.

Qualifications

• Expérience dans l'utilisation de jeux de données importants et variés.
• Connaissance du fonctionnement du sol en contexte tropical et/ou insulaire serait un plus.

Responsabilités

• Valoriser des données sur l'impact des pesticides sur les communautés microbiennes.
• Effectuer des analyses multivariées pour étudier la dysbiose du sol.
• Participer à la rédaction d'articles scientifiques et d'un rapport d'étude.

Connaissances

Modélisation et calibration de modèles

Bioinformatiques appliquée au traitement de données de métabarcoding

Traitement et analyse de données

SIG

Formation

Docteur.e en épidémiologie/écologie microbienne

Outils

Langage de programmation R

Forge logicielle (GitHub, GitLab)

Description du poste

Chercheur.se pour l'étude de l'effet des pesticides sur les communautés microbiennes des sols

Science - Sciences de l'environnement

Description du poste / de la mission

Le présent poste s'inscrit dans le cadre du projet SEMSOP : "SEnsibilité du Microbiome du SOl aux Produits phytopharmaceutiques : Implications pour la santé humaine et les écosystèmes à La Réunion". La mission de la personne recrutée visera à valoriser des données déjà acquises sur un dispositif d'envergure récemment mis en place à La Réunion sur plus de 640 sites, dont la base de données englobant des variables biologiques (métabarcoding des communautés microbiennes en short et long reads, ratio bactéries/champignons, biomasse microbienne totale), des données épidémiologiques (occurrence de gènes d'antibiorésistances et de pathogènes analysés par qPCR), des données physico-chimiques (contaminants trace organiques, caractéristiques agronomiques) et des données environnementales de description des parcelles.

Ce jeu de données, conséquent, sera pris en main par la personne recrutée qui aura pour mission d'étudier par le biais d'analyses multivariées diverses les phénomènes de dysbiose des communautés du sol associées aux pesticides, et de comprendre l'impact des modifications induites en termes de fonctionnement du sol (projections fonctionnelles) et de santé humaines (AMR et pathogènes). Les résultats de ces analyses devront être valorisés par des articles scientifiques dans des revues à comité de lecture à fort impact, et par un rapport d'étude à destination des acteurs de la gestion des sols et de la santé du territoire réunionnais.

La personne recrutée sera basée dans l'unité HortSys, sur le site de Baillarguet (Montferrier-sur-Lez, à proximité de Montpellier). Elle sera appuyée par une équipe de 5 chercheurs (en agronomie, épidémiologie, écologie), une ingénieure de recherche, une ingénieure projet, et une technicienne basés à La Réunion. Le/la personne recruté.e pourra s'appuyer sur un ou plusieurs stagiaires de niveau M2. Le/la personne recruté.e devra effectuer au moins une mission à La Réunion pour restituer ses résultats auprès des partenaires et participer, avec l'équipe sur place, à des ateliers de concertation / co-construction portant sur la réflexion autour de pratiques limitant l'impact des pesticides sur la santé globale.

Profil souhaité

Formation recommandée : Docteur.e en épidémiologie/écologie microbienne.

• Modélisation et calibration de modèles.
• Bioinformatiques appliquée au traitement de données de métabarcoding.
• Traitement et analyse de données.
• SIG.

Expériences appréciées :

• Maîtrise du langage de programmation R et de la manipulation de jeux de données importants et variés.
• Une expérience d'utilisation d'une forge logicielle (GitHub, GitLab, etc.) serait appréciée.
• Une expérience / connaissance du fonctionnement du sol en contexte tropical et/ou insulaire serait un plus.

Aptitudes recherchées :

• Rigueur et sens de l'organisation.
• Autonomie et capacité d'initiative.
• Capacités rédactionnelles.
• Goût pour le travail en équipe.

Contraintes du poste

Travail sur écran supérieur à 4 h

Salaire de base France

à partir de 31k€ selon expérience

Localisation du poste

Site de Baillarguet (Montferrier-sur-Lez). Une mission à La Réunion est prévue.

Entité de rattachement

Le Cirad (Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement) produit et transmet de nouvelles connaissances pour accompagner l'innovation et le développement agricole dans les pays du Sud avec ses partenaires. Il a pour objectif prioritaire de bâtir une agriculture durable des régions tropicales et méditerranéennes, adaptée aux changements climatiques, capable de nourrir 10 milliards d'êtres humains en 2050, tout en préservant l'environnement. En savoir plus sur le Cirad : www.cirad.fr

• Réf. : HP-PERSYST-HORTSYS-2025-11-CDD-12717
• Réf. : P-PERSYST-QUALISUD-2025-09-CDI-12543
• Réf. : PERSYST-RECYCLAGE ET RISQUE-2025-06-VSC-12314