Bioinformatikerin / Bioinformatiker (d/w/m)

Charité; Berlin; Vor Ort; EUR 50.000 - 70.000; Vollzeit

Zusammenfassung

Ein führendes medizinisches Forschungsinstitut in Berlin sucht engagierte Fachkräfte zur Entwicklung und Analyse bioinformatischer Modelle. Die Stelle bietet die Möglichkeit, innovative Datenpipelines zu konzipieren und an interdisziplinären Projekten mitzuarbeiten. Wichtig sind ein Master in Bioinformatik, Kenntnisse in Python und ein gutes Verständnis für semantische Standards im Gesundheitswesen. Die Anstellung ermöglicht eine aktive Mitwirkung an der Gestaltung der Medizin der Zukunft.

Leistungen

Exzellente technische Infrastruktur

Weiterbildungsmöglichkeiten

Unterstützung bei wissenschaftlichen Qualifikationen

Qualifikationen

• Abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium in Bioinformatik oder vergleichbar.
• Erfahrung mit Standards im Gesundheitswesen.
• Erfahrung in der Integration von Daten- und Serviceökosystemen.

Aufgaben

• Entwicklung von bioinformatischen Modellen.
• Aufbau und Pflege von Datenpipelines.
• Unterstützung bei der Implementierung verteilter KI-Modelle.

Kenntnisse

Python

R

SQL

Cloud Computing

Machine Learning

Teamfähigkeit

Kommunikationsfähigkeit in Deutsch und Englisch

Ausbildung

Masterabschluss in Bioinformatik oder vergleichbar

PhD-Bereitschaft

Tools

Docker

Git

AWS

REDCap

Jobbeschreibung

Die Stelle im Überblick

• Mitarbeit an der Entwicklung, Integration und Analyse von bioinformatischen ML und KI-basierten Modellen im Rahmen des Projekts xG‑RIC
• Konzeption, Aufbau und Pflege von Datenpipelines zur Verarbeitung und Analyse klinischer Echtzeit- und Sensordaten
• Entwicklung von Methoden zur Kopplung biomedizinischer Datenströme mit digitalen Zwillingen (z. B. Vitalparameter, Bildgebung, Labordaten)
• Mitwirkung an der Erstellung von Simulationsumgebungen zur Abbildung von Patientenzuständen und Krankenhausprozessen
• Unterstützung bei der Implementierung verteilter KI-Modelle (Edge-/Cloud‑Computing) in Kooperation mit Informatik‑ und Ingenieurteams
• Datenintegration von IoT und Monitoring Systemen auf Intensivstationen
• Unterstützung bei der Entwicklung einer mobilen, datengestützten Nachsorge nach intensivstationärer Therapie
• Sicherstellung von Datenqualität, Reproduzierbarkeit und FAIR‑konformer Dokumentation
  Mitwirkung bei wissenschaftlichen Publikationen und Präsentationen

Danach suchen wir

• Abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium (Bachelor oder Diplom) in Bioinformatik, Informatik mit Schwerpunkt Bioinformatik, Biomathematik, Computational Biology oder vergleichbar – Masterabschluss muss bei Vertragsunterzeichnung vorliegen
• Erfahrung mit international anerkannten semantischen und syntaktischen Standards im Gesundheitswesen (z. B. HL7 FHIR, LOINC, SNOMED CT, ICD, OMOP) sowie Verständnis für deren Anwendung in interoperablen Systemarchitekturen.
• Erfahrung in der Integration von Daten- und Service‑Ökosystemen für Digital‑Twin‑Anwendungen
• Erfahrung in der Entwicklung von Skripten und Pipelines zur Datenintegration und Echtzeitkommunikation‑Dokumentation
• Erfahrung im Bereich Maschinelles Lernen zur Detektion von hochauflösenden Signalen
• Programmierung & Analyse: Python (NumPy, Pandas, Matplotlib, Seaborn, SciPy, scikit‑learn), R (tidyverse, ggplot2), SQL
• Datenanalyse & Tools: Dashboard‑Erstellung (Superset), Datenvisualisierung, statistische Modellierung, REDCap‑Datenbankmanagement
• Cloud & Systeme: Linux, Git, Docker, AWS
• NGS & Bioinformatik: FASTQ, BAM, VCF, Variant Calling, Annotation, Single‑Cell RNA‑seq (Seurat, Scanpy)
• Wünschenswert ist eine PhD‑Bereitschaft
• Ausgeprägte Teamfähigkeit und hohe Flexibilität verbunden mit einem herausragenden Engagement
• Empathie gegenüber Patientinnen / Patienten und Angehörigen
• Sehr gute Kommunikationsfähigkeiten in Deutsch und Englisch

Wünschenswert

• Erfahrungen mit Echtzeitdaten, Sensordaten oder Streaming‑Plattformen
• Kenntnisse in der Modellierung oder Simulation biologischer Systeme (z. B. Systembiologie, physiologische Modelle)
• Vertrautheit mit Cloud‑ oder Edge‑Computing‑Infrastrukturen
• Grundverständnis von Netzwerktechnologien (z. B. 5G/6G-Kommunikation)
• Erste Erfahrung in Forschungsprojekten mit medizinischem oder technologischem Schwerpunkt

Das bringt die Charité mit

• Eine spannende Tätigkeit an der Schnittstelle von Biomedizin, KI und Kommunikationstechnologien – Mitarbeit in einem interdisziplinären und national sichtbaren Innovationscluster
• Möglichkeit, modernste 6G-Technologien aktiv in die Medizin der Zukunft zu überführen
• Exzellente technische Infrastruktur und enge Zusammenarbeit mit führenden Forschungsinstituten (z. B. Fraunhofer HHI)
• Weiterbildungsmöglichkeiten und aktive Unterstützung bei wissenschaftlichen Qualifikationen (Promotion möglich)
• Der Mitarbeiterin / dem Mitarbeiter wird nach §110 BerlHG Zeit für die eigene wissenschaftliche Qualifikation zur Verfügung gestellt