Ingénieur.e bioinformaticien.ne en Oncobiologie, Génétique et Microbiologie

SFBI; Besançon; Hybride; EUR 35 000 - 50 000; Plein temps

Résumé du poste

Un établissement de santé à Besançon recherche un Ingénieur.e bioinformaticien.ne pour développer et maintenir les outils informatiques en oncobiologie. Le candidaté devra former les utilisateurs aux logiciels et gérer un serveur dédié. Un Master en bio-informatique ainsi que des compétences en programmation (Python, R, bash) sont requis. Ce poste offre la possibilité de télétravail avec de nombreux avantages tels qu'un restaurant collectif et une salle de sport.

Prestations

Accès en TRAM et bus

Restaurant collectif

Salle de sport

Bibliothèque

Crèche pour les enfants du personnel

CGOS (prestations sociales et loisirs)

Qualifications

• Connaissances des matériels informatiques et bureautiques.
• Maîtrise des mises à jour des versions des outils.
• Expérience en bio-informatique appréciée.

Responsabilités

• Mettre en place et maintenir des outils informatiques.
• Former à l’utilisation des logiciels de bio-informatique.
• Gérer un serveur dédié et soutenir les utilisateurs.

Connaissances

Connaissance en Python

Connaissance en R

Maîtrise de bash

Gestionnaire de workflow (snakemake, nextflow)

Environnements Linux

Bonnes pratiques de développement logiciel

Connaissances de base en biostatistiques

Compréhension de la biologie moléculaire

Capacité de synthèse

Qualités didactiques

Formation

Master 2 de bio-informatique ou équivalent

Description du poste

Ingénieur.e bioinformaticien.ne en Oncobiologie, Génétique et Microbiologie

Date de prise de poste : 1 février 2026

Oncologie microbiologie génétique médecine

Missions

• Mettre en place et maintenir les outils informatiques nécessaires au traitement et à la gestion des données générées par la technologie de NGS en biologie médicale.
• Communiquer les résultats (présentations orales internes, rapports).
• Former internes, biologistes et ingénieurs de la plateforme NGS à l’utilisation des logiciels permettant de mieux comprendre et interpréter les résultats.
• Gérer le serveur dédié du CHU (mise à jour des outils, gestion des droits, suivi du stockage).
• Être le support technique de première ligne sur les séquenceurs.
• Valoriser les outils développés sous forme de communications ou article selon le profil du/de la candidat(e).

Compétences acquises et/ou à développer

• Connaissance approfondie en bureautique ; connaissance des matériels informatiques et bureautiques Maîtrise des langages de programmation courants en bio-informatique (Python, R, bash…).
• Maitrise d’un gestionnaire de workflow (snakemake, nextflow…).
• Maîtrise des environnements Linux.
• Maîtrise des mises à jour des versions des outils.
• Maîtrise des bonnes pratiques de développement logicielles : versioning, documentation, intégrations continue.
• Connaissances de base en biostatistiques.
• Bonne compréhension des bases de biologie moléculaire.
• Capacité de synthèse et qualités didactiques.

Positionnement et communication attendus

• Communication, travail en équipe, adaptation au changement.
• Développements en partenariat avec :
  • Les biologistes du pôle
  • Les ingénieurs de la plateforme de génétique moléculaire des cancers, du plateau de biologie moléculaire, de microbiologie
  • Les informaticiens du CHU
  • La cellule qualité du pôle
  • Les stagiaires Master 1 et 2

Moyens mis à disposition

• Bureau équipé : ordinateur, téléphone, fax, copieur, scanner
• Serveurs informatiques.
• Télétravail possible.

Profil

Diplôme : Master 2 de bio-informatique ou équivalent
Expérience : appréciée

Les + du CHU de Besançon

• Accès en TRAM et bus
• Restaurant collectif
• Salle de sport - Bibliothèque
• Crèche pour les enfants du personnel
• CGOS (prestations sociales et loisirs)
• Amicale des hospitaliers

Procédure : Adressez votre candidature à [e-mail]

Date limite : 8 janvier 2026

Offre publiée le 17 décembre 2025, affichage jusqu'au 8 janvier 2026