Senior Software Development Engineer

F. Hoffmann-La Roche Gruppe; Mississauga; On-site; CAD 85,000 - 110,000; Full time

Job summary

Une entreprise pharmaceutique internationale recherche un Ingénieur Logiciel pour développer des outils GPU-accélérés dédiés à l'analyse des données de séquençage ADN. Le candidat idéal possède une expertise en bioinformatique et en programmation GPU avec C++, et est passionné par le développement d'algorithmes avancés. Ce rôle nécessite d'excellentes compétences en communication et un travail collaboratif au sein d'équipes multidisciplinaires.

Qualifications

• 5+ années d'expérience en développement d'algorithmes bioinformatiques.
• Expertise en analyse de séquences et appel de variantes.
• Expérience avancée en programmation pour applications Linux parallèles.

Responsibilities

• Développer des algorithmes GPU-accélérés pour l'analyse de données de séquençage.
• Collaborer avec bioinformaticiens pour traduire des défis computationnels en solutions logicielles.
• Implémenter et optimiser des algorithmes d'apprentissage automatique sur GPU.

Skills

Programmation C++

Programmation GPU avec CUDA

Bioinformatique

Apprentissage automatique

Python

Education

Diplôme en informatique ou domaine connexe

Tools

CUDA

PyTorch

TensorFlow

Job description

Chez Roche, vous pouvez être vous-même et être apprécié pour les qualités uniques que vous apportez. Notre culture encourage l'expression personnelle, le dialogue ouvert et les connexions authentiques, où vous êtes valorisé, accepté et respecté pour ce que vous êtes, vous permettant de prospérer tant personnellement que professionnellement. Voici comment nous visons à prévenir, arrêter et guérir les maladies et à garantir à chacun l'accès aux soins de santé aujourd'hui et pour les générations à venir. Rejoignez Roche, où chaque voix compte.

La position

A healthier future. It’s what drives us to innovate. To continuously advance science and ensure everyone has access to the healthcare they need today and for generations to come. Creating a world where we all have more time with the people we love. That’s what makes us Roche.

We are seeking a Software Engineer with extensive GPU programming experience and a passion for bioinformatics and advanced algorithm development to create GPU-accelerated tools for DNA sequencing data analysis. In this role, you will design and implement high-performance computational algorithms—leveraging both traditional bioinformatics methods and deep learning models—optimized for the throughput and accuracy requirements of next-generation sequencing technologies. You will work closely with a multidisciplinary team of scientists and engineers to transform sequencing data into actionable biological insights.

The Opportunity:

• Develop and optimize GPU-accelerated algorithms for real-time analysis of sequencing data, including basecalling, alignment, variant detection, and other genomic data processing tasks.

• Collaborate with bioinformaticians and molecular biologists to translate computational challenges in genomics into robust, scalable software solutions.

• Implement and optimize neural network and other machine learning algorithms on GPU, adapting them for large-scale, high-throughput sequencing data.

• Contribute to the design and implementation of novel sequence analysis algorithms, including signal processing, error correction, and statistical modeling.

• Author dependable, readable, maintainable, and well-structured code in C++ and CUDA, following best practices for scientific and production software.

• Work with the data scientists to accelerate existing algorithms or pipelines.

• Stay current with advances in computational genomics, GPU computing, and algorithmic techniques; proactively research and integrate new methods as appropriate.

Who you are:

• Bachelor's degree in Computer Science, Computer Engineering, or a related field, with 5+ years of relevant experience (MS/PhD is advantageous).

• Expertise in bioinformatics algorithm development, with a focus on sequence analysis, variant calling, or genomic workflows.

• Proficient in object-oriented programming (C++) and GPU programming using CUDA, including familiarity with GPU-accelerated libraries like cuDNN or Thrust.

• Advanced experience in systems programming for parallel Linux applications involving both CPUs and GPUs, with strong debugging and optimization skills.

• Solid grasp of machine learning and deep learning, particularly in relation to biological data, along with experience using frameworks like PyTorch, TensorFlow, or JAX.

• Skilled in Python for prototyping, analysis, and integrating bioinformatics pipelines, as well as interfacing deep learning models with custom algorithms.

• Excellent analytical, problem-solving, and communication skills, with a proven ability to deliver innovative scientific solutions and work effectively in cross-disciplinary teams.

Relocation benefits are not available for this posting.

Qui nous sommes

Un avenir plus sain nous pousse à innover. Ensemble, plus de 100 000 employés à travers le monde sont dédiés à faire progresser la science et à garantir à chacun l'accès aux soins de santé aujourd'hui et pour les générations à venir. Nos efforts aboutissent à plus de 26 millions de personnes traitées avec nos médicaments et plus de 30 milliards de tests réalisés avec nos produits de Diagnostique. Nous nous encourageons mutuellement à explorer de nouvelles possibilités, à favoriser la créativité et à conserver nos grandes ambitions, afin de fournir des solutions de santé qui changent des vies et ont un impact mondial.

Construisons ensemble un avenir plus sain.

Roche est un employeur offrant l'équité en matière d'emploi.