Forskare i hybriders epigenetik och genuttryck

Lund University; Lunds kommun; On-site; SEK 520,000 - 680,000; Full time

Job summary

Lund University söker en forskare i tidig karriär för en karriärutvecklingstjänst inom ERC-projektet "Hybridization derived novel patterns of gene expression". Projektet studerar hur metylering och kromatin påverkar genuttryck i hybrider och deras evolutionära betydelse.

Du leder bioinformatisk strategi, analyserar metylering, ATAC-seq och cut-and-run-data samt sammanställer arbetet för publikationer. Positionen utförs vid HybridExpress-teamet ledd av Anna Runemark vid SPeciation, Adaptation and

Qualifications

• Kandidaten måste ha doktorsexamen eller motsvarande bedömning inom biologi/evolutionsbiologi med bioinformatiska metoder.
• Starka erfarenheter av bioinformatik och epigenetik, inklusive metylering och histonmodifieringar, genuttrycksdata och/eller analys av hybridgenom.
• Dokumenterad erfarenhet av att utveckla reproducera arbetsflöden (t.ex. Nextflow) och användning av nf-core-pipelines.
• Meriterande: erfarenhet av EMseq-data och av att arbeta med/utnyttja transgressiva genuttryck.

Responsibilities

• Leda laboratoriestrategin för cut-and-run-extraktioner och analysera genuttryck och metylering.
• Analys av metylering, histonmodifieringar och cut-and-run-data med fokus på effekter på genuttryck.
• Tolka bioinformatiska resultat och förbereda figurer.
• Syntetisera data för publicering och samarbeta nära med teamet.

Skills

Bioinformatics

Epigenetics

Methylation analysis

Histone modification

RNA-seq analysis

Nextflow

nf-core/rnaseq

nf-core/methylseq

nf-core/differentialabundance

nf-core/sarek

Education

Doktorsexamen i biologi eller evolutionsbiologi

Tools

BRAKER

InterProScan

EnTAP

vg-pan-genom

Job description

Ämnesbeskrivning

Vi rekryterar en forskare tidigt i karriären för en karriärsutvecklingsposition inom ERC-projektet "Hybridization derived novel patterns of gene expression”. Projektet undersöker genuttryckets roll i hur ny variation och evolutionära anpassningar kan uppstå genom hybridisering. De specifika forskningsfrågorna som ska besvaras kommer att utvecklas i diskussioner med den utvalda kandidaten och teamet, men den huvudsakliga frågeställningen inom projektet är i vilken utsträckning ändringar i metylering och kromatin uppstår som följd av hybridisering, och hur/i vilken grad dessa ändringar bidrar till förändrat genuttryck i hybrider. Projektet bygger på vårt unika data set bestående av tre oberoende linjer av hybridarten Italiensk sparv samt deras föräldraarter. Vi har provtagit och håller nu på att extrahera genuttrycksdata från olika vävnader för ca 10 individer av varje kön från dessa populationer. Forskaren förväntas leda laboratoriestrategin för cut-and-runextraktioner. Forskaren kommer att samarbeta nära med kollegor som genomför genuttrycksanalyser, och själv leda analys av metylerings- och ATAC-seq data och cut-and-rundata, samt syntetisera arbetet för publikation. Forskaren kommer att arbeta nära HybridExpress-teamet bestående av en labmanager, en doktorand och en post doc. Projektet leds av universitetslektor Anna Runemark vars lab är en del av SPeciation, Adaptation and Co-Evolution gruppen inom divisionenbiologisk mångfald och evolution.

Arbetsuppgifter

De huvudsakliga uppgifterna i en forskartjänst är att bedriva forskning.

Detaljerad Beskrivning Av Arbetsuppgifterna

• Bioinformatisk analys av genuttrycksdata
• Analys av metylering och histonmodifieringar och cut-and-rundata, med fokus på deras effekter på genuttryck
• Tolkning av bioinformatiska resultat, figurberedning
• Syntetisera data för publicering

Kandidaten kan potentiellt bidra till undervisningen på bioinformatikprogrammet.

Krav för anställningen

För anställning till denna karriärutvecklingstjänst krävs att den sökande har en doktorsexamen, eller en internationell examen som bedöms likvärdig med en doktorsexamen, inom biologi eller evolutionär biologi med bioinformatiska metoder eller evolutionära frågeställningar. Även om det inte finns några formella krav på karriärålder, syftar tjänsten till karriärutveckling för en forskarkarriär och meriter kommer att beaktas i ljuset av karriäråldern.

• Starka erfarenheter av bioinformatik och epigenetik, inklusive analys av metylering och histonmodifiering, genuttrycksdata och/eller analys av hybridgenom.
• Dokumenterad erfarenhet av analys av EMseq data
• Dokumenterade förmåga att utveckla repeterbara arbetsflöden såsom nextflow.
• Erfarenhet av användande av nf-core/rnaseq nf-core/methylseq nf-core/differentialabundance nf-core/sarek

Meriterande för anställningen

Detta är en position menad för karriärsutveckling för en framtida akademisk karriär medforskningsfokus. Positionen är tänkt som ett tidigt steg i en karriär och utvärdering av sökande kommer primärt baseras på deras forskningskvalifikationer dvs. styrkan i sökandes publikationshistorik och hens potential som forskare. Särskild tyngd kommer läggas på färdigheter inom forskningsämnet i.e. reglering av genuttryck och hur epigenetiska modifikationer påverkar detta.

• God förmåga att utveckla och genomföra forskning av hög kvalitet, vilket bedöms av publikationshistorik med starka självständiga bidrag och publikationer av hög kvalitet i välrenomerade journaler; samt dokumenterad erfarenhet av att presentera forskningsresultat på internationella konferenser.

Meriterande Bioinformatiska Kunskaper Är

• Genannotering med BRAKER och funktionell annotering med InterProScan och EnTAP
• kartläggning av RNAseq-data till ett pangenom med vg
• erfarenhet av hybridarter och transgressivt genuttryck.

Villkor

Detta är en tillsvidareanställning på heltid, från och med 2027-01-01, provanställning i 6 månader kan komma att tillämpas.

Kontaktperson: Anna Runemark [e-mail]