Forskare i hybrider: Epigenetik & genuttryck (tidig karriär)

Lund University; Lunds kommun; On-site; SEK 520,000 - 680,000; Full time

Job summary

Lund University söker en forskare i tidig karriär för en karriärutvecklingstjänst inom ERC-projektet "Hybridization derived novel patterns of gene expression". Projektet studerar hur metylering och kromatin påverkar genuttryck i hybrider och deras evolutionära betydelse.

Du leder bioinformatisk strategi, analyserar metylering, ATAC-seq och cut-and-run-data samt sammanställer arbetet för publikationer. Positionen utförs vid HybridExpress-teamet ledd av Anna Runemark vid SPeciation, Adaptation and

Qualifications

• Kandidaten måste ha doktorsexamen eller motsvarande bedömning inom biologi/evolutionsbiologi med bioinformatiska metoder.
• Starka erfarenheter av bioinformatik och epigenetik, inklusive metylering och histonmodifieringar, genuttrycksdata och/eller analys av hybridgenom.
• Dokumenterad erfarenhet av att utveckla reproducera arbetsflöden (t.ex. Nextflow) och användning av nf-core-pipelines.
• Meriterande: erfarenhet av EMseq-data och av att arbeta med/utnyttja transgressiva genuttryck.

Responsibilities

• Leda laboratoriestrategin för cut-and-run-extraktioner och analysera genuttryck och metylering.
• Analys av metylering, histonmodifieringar och cut-and-run-data med fokus på effekter på genuttryck.
• Tolka bioinformatiska resultat och förbereda figurer.
• Syntetisera data för publicering och samarbeta nära med teamet.

Skills

Bioinformatics

Epigenetics

Methylation analysis

Histone modification

RNA-seq analysis

Nextflow

nf-core/rnaseq

nf-core/methylseq

nf-core/differentialabundance

nf-core/sarek

Education

Doktorsexamen i biologi eller evolutionsbiologi

Tools

BRAKER

InterProScan

EnTAP

vg-pan-genom

Job description

Lund University söker en forskare i tidig karriär för en karriärutvecklingstjänst inom ERC-projektet "Hybridization derived novel patterns of gene expression". Projektet studerar hur metylering och kromatin påverkar genuttryck i hybrider och deras evolutionära betydelse.

Du leder bioinformatisk strategi, analyserar metylering, ATAC-seq och cut-and-run-data samt sammanställer arbetet för publikationer. Positionen utförs vid HybridExpress-teamet ledd av Anna Runemark vid SPeciation, Adaptation and