Doktorand i epigenetik och kromatindynamik

Lund University; Lunds kommun; On-site; SEK 312,000 - 402,000; Full time

Benefits offered by this job

Generös semester

Tjänstepension

Job summary

Lunds universitet söker en doktorand till Laboratoriet för epigenetik och kromatindynamik som integrerar wet lab och bioinformatiska analyser. Projektet fokuserar på klustrade protocadherin-gener, retrotransposoner och CGG-mikrosatelliter i mänsklig hjärna.

Du kommer att vara anställd och fortsätta din forskarutbildning under fyra år. Du bör ha avancerad examen och starka kunskaper i molekylärbiologi/epigenomik samt erfarenhet av stamcellsodling och långläsesekvensering.

Qualifications

• Avancerad examen med minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 på avancerad nivå, eller motsvarande kunskaper
• Förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildningen
• Goda kunskaper i engelska i tal och skrift
• Erfarenhet av funktionell (epi)genomik och/eller kromatinbiokemi (meriterande)
• Förtrogenhet med stamcellsodling och differentiationsmodeller (meriterande)

Responsibilities

• Delta i doktorandens forskarutbildning och vara antagen som student och anställd vid Lunds universitet
• Handledning av kandidat- eller masterstudenter
• Bidra till kombinationen av wet lab och dry lab i projektet

Skills

Epigenomik

Kromatinbiokemi

RNA-seq

Bioinformatik

Engelska (flytande)

Education

Avancerad examen i biologi/biomedicin

Tools

CUT&RUN

Oxford Nanopore

DiMeLo-seq

Job description

Beskrivning av arbetsplatsen

Laboratoriet för epigenetik och kromatindynamik vid Institutionen för experimentell medicinsk vetenskap (Medicinska fakulteten) bedriver forskning om den epigenetiska regleringen av repetitiva och transposabla genetiska element – så kallad ”genomisk mörk materia” – vid mänsklig hjärnutveckling och sjukdom. Gruppen består av åtta forskningsaktiva medlemmar och leds av Dr. Christopher Douse. Vi fascinerar av hur dessa bristfälligt utforskade delar av det mänskliga genomet bidrar funktionellt till mänsklig neurobiologi och neurologiska sjukdomar. Vårt arbete integrerar avancerade metoder inom både experimentell forskning (”wet lab”) och bioinformatisk analys (”dry lab”). Mer information finns Här. Som arbetsplats värnar vi om en god arbetsmiljö, präglad av respekt och hänsyn i våra relationer till varandra. Vi arbetar utifrån följande kärnvärderingar: Equity – alla i gruppen är värdefulla och bidrar, och det finns inga dumma frågor. People-centric – vårt arbete bygger på samarbete, och vi kommunicerar öppet med varandra, det vetenskapliga samfundet och omvärlden. Integrity – vi tar inga genvägar och lägger stor vikt vid reproducerbarhet och noggrannhet i våra data. Curiosity – vi är ödmjuka inför det vi ännu inte vet, söker aktivt återkoppling och är öppna för nya idéer. Diversity – vi bedriver bättre forskning när vi har en mångfald av bakgrunder och vetenskaplig expertis.

Projektbeskrivning

För närvarande fokuserar vi särskilt på tre typer av element som är repetitiva på olika sätt, men som förenas av sin betydelse för den mänskliga hjärnans funktion och sjukdomar: klustrade protocadherin-gener, virusliknande sekvenser som kallas retrotransposoner, samt CGG-mikrosatelliter (tandemupprepningar). I samtliga fall finns betydande kunskapsluckor gällande den epigenetiska kontrollen och påverkan av dessa element. Vilka faktorer binder till och reglerar dessa repetitiva element i neurala cellinjer? Hur påverkar de funktionellt epigenomet, den lokala transkriptionsdynamiken och sjukdomsrelaterade egenskaper? För att besvara dessa frågor kommer vi att kombinera kromatinbiokemi och banbrytande funktionell epigenomik med avancerade neurala cellmodeller och skräddarsydda bioinformatiska analyser. På så sätt kommer vi att upptäcka ny, grundläggande mänsklig neurobiologi och få välbehövliga insikter om de mekanismer som ligger till grund för neurologiska sjukdomar kopplade till repetitiva element. Detta doktorandprojekt kommer att kombinera kromatinbiokemi med funktionell (epi)genomik i stamcellsmodeller av den mänskliga hjärnan. Projektet kräver en balans mellan experimentellt laboratoriearbete (”wet lab”) och bioinformatiska analyser (”dry lab”).

Doktoranden Kommer Specifikt Att Använda Följande Metoder

• Stamcellsodling (iPSC:er, 2D- och 3D-kulturer av neurala progenitorceller)
• RNA-seq, CUT&RUN/Tag, Oxford Nanopore-sekvensering (cDNA, DiMeLo-seq) samt tillhörande bioinformatiska analyser
• Co-immunoprecipitation och/eller proteomik baserad på närhetsmärkning (proximity labelling)

Vi erbjuder

Lunds universitet är en statlig myndighet vilket innebär att du får särskilda förmåner, generös semester och en förmånlig tjänstepension. Läs mer på universitetets webbplats om att vara anställd hos oss Jobba hos oss

Arbetsuppgifter och ansvarsområden

Huvudarbetsuppgifterna för en doktorand är att ägna sig åt sin forskarutbildning och därför kommer du både vara antagen som student och anställd vid Lunds universitet. Utöver dina heltidsstudier på forskarnivå kan du komma att delta i handledning av kandidat- eller masterstudenter.

KvalifikationerKrav För Antagning Är

• avlagd examen på avancerad nivå, fullgjorda kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper
• förmåga att tillgodogöra sig utbildningen på forskarnivå

Krav för anställningen är:

• erfarenhet av funktionell (epi)genomik och/eller kromatinbiokemi
• erfarenhet av stamcellsodling och differentieringsmodeller
• ett tydligt visat intresse för repetitiva delar av genomet, hos människa eller modellorganismer, genom tidigare erfarenhet eller såsom beskrivet i personligt brev eller vid intervju
• mycket goda kunskaper i molekylärbiologi och molekylärgenetik
• mycket goda kunskaper i engelska i tal och skrift
• god analytisk förmåga samt ett självständigt och problemlösningsorienterat arbetssätt
• ett öppet och samarbetsinriktat förhållningssätt till forskning, i linje med forskargruppens värderingar som beskrivs ovan

Meriterande För Anställningen Är

• ett välorganiserat och självgående arbetssätt
• erfarenhet av long-read-sekvensering
• erfarenhet av proteinbiokemi
• erfarenhet av att arbeta tillsammans med andra i ambitiösa forskningsprojekt
• förmåga att ta emot konstruktiv återkoppling samt en vilja att utvecklas och lära under forskarutbildningen

Övrigt

Tidsbegränsad anställning fyra år enligt HF 5 kap 7