Postdoktor i multimodala grundmodeller för spatial genomik

Uppsala Universitet; Uppsala kommun; On-site; SEK 40,000 - 60,000; Full time

Job summary

En ledande forskningsinstitution i Uppsala söker en postdoktor för att utveckla beräkningsmetoder inom multimodala grundmodeller för spatial genomik. Den framgångsrika kandidaten kommer att samordna och utveckla dataanalysverktyg för att integrera stora datamängder inom genetik och bioteknik. Tjänsten är tidsbegränsad i 2 år med möjlighet till förlängning. Mer info ges av Sanja Vickovic.

Qualifications

• Doktorsexamen måste vara erhållen vid tiden för anställning.
• Minst två förstaförfattarartiklar publicerade i tidskrifter med IF > 10.
• Stark verbal och skriftlig kommunikationsförmåga krävs.
• Förmåga att hantera flera projekt samtidigt.

Responsibilities

• Utveckla beräkningsmetoder för integration och analys av data.
• Arbeta nära experimentella kollegor.
• Koordinera insatser mellan organisationer.

Skills

Datorseende

Beräkningsmetoder

Dataanalys

Kommunikation

Samarbetsförmåga

Education

Doktorsexamen i datavetenskap eller liknande

Tools

RNA-sekvensering

CRISPR/Cas

Spatial transkriptomik

Job description

Postdoktor i multimodala grundmodeller för spatial genomik

Uppsala universitet, Institutionen för immunologi, genetik och patologi

Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl. a cancer, genetiska och autoimmuna sjukdomar. En av de bärande tankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed främja en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom sex forskningsprogram: cancerprecisionsmedicin, cancerimmunterapi, genomik och neurobiologi, molekylära verktyg och funktionsgenomik, neuroonkologi och neurodegeneration samt vaskulärbiologi. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar, fristående kurser och internationella masterprogram inom den medicinska fakulteten. Institutionen omsätter omkring 550 miljoner kronor, varav ca två tredjedelar är externa forskningsbidrag. Antalet anställda är ca 400, varav ca 100 är doktorander, och det finns totalt över 850 verksamma i arbetsstyrkan.

Vickovic Lab vid Uppsala universitet söker en dynamisk, självgående, teamorienterad postdoktor för att utöka beräkningsinsatserna för att förstå sjukdomsmekanismer genom integration av fluorescensavbildnings- och sekvenseringsdata för att bygga multimodala grafmiljöer. Vi är intresserade av att utveckla integrativa multimodala dataanalysverktyg som innehåller encelliga och rumsligt upplösta omikdata, avbildningsdata, kliniska fenotyper, varianter och genotyper. Den framgångsrika kandidaten kommer att ha en unik möjlighet att arbeta i skärningspunkten mellan matematisk modellering, datorseende, omikdataanalys, arbetsflödesoptimering och resursuppbyggnad. Den postdoktorala forskaren kan också föreslå och driva sina egna idéer som passar laboratoriets allmänna forskningsprogram (se https://www.vickovictechinnovation.com/ ).

Arbetsuppgifter

• Utveckla nya beräkningsmässiga, djupinlärningsmetoder för att integrera och analysera storskaliga, rumsligt upplösta RNA-sekvenserings-, avbildnings- och genotypiska data med hjälp av aktuell toppmodern teknik.
• Arbeta nära experimentella kollegor och kärnor för att förstå den genererade datans natur.
• Samordna insatser över flera organisationer.
• Aktivt delta i förberedelserna av manuskript för publicering och presentera vid vetenskapliga konferenser.
• Bistå med mentorskap för kollegor och studenter.
• Dela expertis och ge utbildning och vägledning till gruppmedlemmar efter behov.

Kvalifikationskrav

• Doktorsexamen i datavetenskap, datorseende, bioteknik, beräkningsneurovetenskap, tillämpad matematik eller en utländsk motsvarande examen. Examen måste vara erhållen vid tidpunkten för anställningsbeslutet. De som har erhållit en doktorsexamen tre år före ansökningsdatumet beaktas i första hand för anställning. Utgångspunkten för den treåriga ramperioden är ansökningsdatumet. På grund av särskilda omständigheter kan examen ha erhållits tidigare. Treårsperioden kan förlängas på grund av omständigheter som sjukfrånvaro, föräldraledighet, fackliga uppdrag etc.
• Minst två förstaförfattarartiklar publicerade i tidskrifter med IF > 10.
• Djupgående konceptuell eller teknisk förståelse av moderna högkapacitetsmolekylära teknologier inom livsvetenskaperna (RNA-sekvensering, spatial transkriptomik, immunohistokemi, CRISPR/Cas, kort- och långläsningssekvensering) krävs.
• Stark muntlig och skriftlig kommunikationsförmåga, datadokumentation och presentationsförmåga krävs.
• Erfarenhet av att skriva vetenskapliga artiklar för publicering krävs.
• Förmåga att hantera flera projekt samtidigt krävs.
• Utmärkta samarbets- och interpersonella färdigheter, samt vilja att arbeta i en snabbfotad teammiljö krävs.

Meriterande

• Tekniska och professionella färdigheter: Demonstrerar konsekvent färdigheter och kunskaper som är relevanta för nuvarande roll; strävar efter att utöka djupet och bredden av tekniska och professionella färdigheter; arbetar med hög integritet; uppvisar fokus och disciplin; prioriterar på lämpligt sätt, hanterar förväntningar och levererar åtaganden.
• Samarbetsvillig och kommunikativ: Modellerar samarbete och lagarbete; får fram det bästa hos andra; arbetar effektivt med alla nivåer, internt och externt; respekterar och omfamnar mångfald av perspektiv; kommunicerar tydligt och lyssnar noggrant; använder gott omdöme när det gäller vad som ska kommuniceras och när det ska göras.
• Anpassningsbar och innovativ: Anpassningsbar och omfamnar förändring; utvecklar nya insikter och strävar efter förbättringar och effektivitet; främjar utbyte av nya idéer och är villig att utmana status quo; tar initiativ och är lösningsorienterad; engagerar sig i arbetet med passion och nyfikenhet.

Om anställningen

Anställningen är tidsbegränsad i 2 år enligt centralt kollektivavtal med möjlighet till 1 års förlängning. Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala.

Upplysningar om anställningen lämnas av: Sanja Vickovic, [e-mail].

Välkommen med din ansökan senast den 20 april 2026, UFV-PA 2026/864.

Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.

Fackliga företrädare: Saco-S - [e-mail], Seko - [e-mail], ST (OFR/S) - [e-mail].