Researcher in hybrid epigenetics and gene expression

Lunds Universitet; Lunds kommun; On-site; SEK 536,000 - 692,000; Full time

Job summary

Lunds universitet söker en forskare i hybriders epigenetik och genuttryck som leder labsstrategin för cut-and-run-extraktioner och analyserar metylering samt ATAC-seq data. Du kommer att samarbeta nära kollegor och leda publiceringsarbete inom ERC-projektet.

Tjänsten är en tillsvidareanställning på heltid i Lund. Den sökande förväntas ha doktorsexamen inom biologi eller evolutionär biologi med bioinformatiska metoder och erfarenhet av reproducibla arbetsflöden samt nf-core-pipelines.

Qualifications

• Doktorsexamen eller internationell examen bedömd likvärdig med doktorsexamen inom biologi eller evolutionär biologi med bioinformatiska metoder eller evolutionära frågeställningar.
• Starka erfarenheter av bioinformatik och epigenetik, inklusive analys av metylering och histonmodifieringar, genuttrycksdata och/eller analys av hybridgenom.
• Dokumenterad erfarenhet av analys av EMseq data.
• Dokumenterad förmåga att utveckla reproducibla arbetsflöden såsom Nextflow.
• Erfarenhet av att använda nf-core pipelines (rnaseq, methylseq, differentialabundance, sarek).

Responsibilities

• Bioinformatisk analys av genuttrycksdata.
• Analys av metylering och histonmodifieringar och cut-and-rundata, med fokus på deras effekter på genuttryck.
• Tolknings av bioinformatiska resultat och figurberedning.
• Syntetisera data för publicering.

Education

Doktorsexamen

Tools

nf-core/rnaseq

nf-core/methylseq

nf-core/differentialabundance

nf-core/sarek

Nextflow

Job description

Forskare i hybriders epigenetik och genuttryck

Lunds universitet grundades 1666 och rankas återkommande som ett av världens främsta lärosäten. Här finns omkring 46 000 studenter och 8 500 medarbetare i Lund, Helsingborg och Malmö. Vi förenas i vår strävan att förstå, förklara och förbättra vår värld och människors villkor.

Lunds universitet välkomnar sökande med olika bakgrund och erfarenheter. Jämställdhet, lika villkor och mångfald är grundläggande principer för alla delar av vår verksamhet.

Vi rekryterar en forskare tidigt i karriären för en karriärsutvecklingsposition inom ERC-projektet "Hybridization derived novel patterns of gene expression".

Projektet undersöker genuttryckets roll i hur ny variation och evolutionära anpassningar kan uppstå genom hybridisering. De specifika forskningsfrågorna som ska besvaras kommer att utvecklas i diskussioner med den utvalda kandidaten och teamet, men den huvudsakliga frågeställningen inom projektet är i vilken utsträckning ändringar i metylering och kromatin uppstår som följd av hybridisering, och hur/i vilken grad dessa ändringar bidrar till förändrat genuttryck i hybrider.

Projektet bygger på vårt unika data set bestående av tre oberoende linjer av hybridarten Italiensk sparv samt deras föräldraarter. Vi har provtagit och håller nu på att extrahera genuttrycksdata från olika vävnader för ca 10 individer av varje kön från dessa populationer. Forskaren förväntas leda laboratoriestrategin för cut-and-runextraktioner.

Forskaren kommer att samarbeta nära med kollegor som genomför genuttrycksanalyser, och själv leda analys av metylerings- och ATAC-seq data och cut-and-rundata, samt syntetisera arbetet för publikation.

Forskaren kommer att arbeta nära HybridExpress-teamet bestående av en labmanager, en doktorand och en post doc.

Projektet leds av universitetslektor Anna Runemark vars lab är en del av SPeciation, Adaptation and Co-Evolution gruppen inom divisionenbiologisk mångfald och evolution.

De huvudsakliga uppgifterna i en forskartjänst är att bedriva forskning.

Detaljerad beskrivning av arbetsuppgifterna:

• Bioinformatisk analys av genuttrycksdata
• Analys av metylering och histonmodifieringar och cut-and-rundata, med fokus på deras effekter på genuttryck
• Tolkning av bioinformatiska resultat, figurberedning
• Syntetisera data för publicering

Krav för anställningen

För anställning till denna karriärutvecklingstjänst krävs att den sökande har en doktorsexamen, eller en internationell examen som bedöms likvärdig med en doktorsexamen, inom biologi eller evolutionär biologi med bioinformatiska metoder eller evolutionära frågeställningar. Även om det inte finns några formella krav på karriärålder, syftar tjänsten till karriärutveckling för en forskarkarriär och meriter kommer att beaktas i ljuset av karriäråldern.

• Starka erfarenheter av bioinformatik och epigenetik, inklusive analys av metylering och histonmodifiering, genuttrycksdata och/eller analys av hybridgenom.
• Dokumenterad erfarenhet av analys av EMseq data
• Dokumenterade förmåga att utveckla repeterbara arbetsflöden såsom nextflow.
• Erfarenhet av användande av nf-core/rnaseq nf-core/methylseq nf-core/differentialabundance nf-core/sarek

Meriterande för anställningen

Detta är en position menad för karriärsutveckling för en framtida akademisk karriär medforskningsfokus. Positionen är tänkt som ett tidigt steg i en karriär och utvärdering av sökande kommer primärt baseras på deras forskningskvalifikationer dvs. styrkan i sökandes publikationshistorik och hens potential som forskare. Särskild tyngd kommer läggas på färdigheter inom forskningsämnet i.e. reglering av genuttryck och hur epigenetiska modifikationer påverkar detta.

• God förmåga att utveckla och genomföra forskning av hög kvalitet, vilket bedöms av publikationshistorik med starka självständiga bidrag och publikationer av hög kvalitet i välrenomerade journaler; samt dokumenterad erfarenhet av att presentera forskningsresultat på internationella konferenser.

Meriterande bioinformatiska kunskaper är:

• Genannotering med BRAKER och funktionell annotering med InterProScan och EnTAP
• kartläggning av RNAseq-data till ett pangenom med vg
• erfarenhet av hybridarter och transgressivt genuttryck.

Övriga egenskaper som kommer tas i beaktande är goda samarbetsegenskaper, handlingskraftighet och självständighet. Särskild vikt kommer att läggas vid hur den sökande passar in i gruppen samt hur sökandens erfarenhet och färdigheter kompletterar den pågående forskningen inom institutionen och dess utveckling.

Detta är en tillsvidareanställning på heltid, från och med 2027-01-01, provanställning i 6 månader kan komma att tillämpas.

Kontaktperson: Anna Runemark [e-mail]

Vid Naturvetenskapliga fakulteten bedrivs forskning och utbildning inom astronomi, biologi fysik, geovetenskap, kemi, matematik, medicinsk strålningsfysik, miljövetenskap och naturgeografi. Verksamheten bedrivs inom norra universitetsområdet. Fakulteten har ca 1 900 studenter, 330 forskarstuderande och 730 anställda.

Vi undanber oss alla kontakter från annonsförsäljare, rekryterings- och bemanningsföretag på grund av statliga upphandlingsregler.

Anställningsform Tillsvidareanställning

Anställningens omfattning

Tillträde

Tillträde Preliminärt 2027-01-01 eller enligt överenskommelse

Löneform Månadslön

Antal lediga befattningar

Sysselsättningsgrad

Län Skåne län

Referensnummer

Facklig företrädare

• OFR/ST:Fackförbundet ST:s kansli, 046-2229362, [e-mail]
• SACO:Saco-s-rådet vid Lunds universitet, 046-2220000, [e-mail]