Ingénieur d'Études Bio-informatique — NGS & Génomes

École Pratique des Hautes Études; Paris; Sur place; EUR 42 000 - 56 000; Plein temps

Résumé du poste

École Pratique des Hautes Études (EPHE) recrute au sein de l’équipe DIVA de l’ISYEB pour travailler sur des données NGS et des projets de génétique évolutive. Le/la candidat(e) gérera le traitement bio-informatique, développera des pipelines et interprétera les résultats, en cohérence avec les objectifs de recherche.

Le poste exige une solide formation en bio-informatique (Master 2 ou équivalent) et une expérience en analyse de données, avec maîtrise des outils NGS et du langage R/Python.

Qualifications

• Maîtrise l’analyse de données omics et des techniques de séquençage NGS.
• Connaissance d’au moins un langage (R, Python, Perl, Julia).
• Connaissance de GNU/Linux et d’un shell (bash, zsh, fish).
• Connaissance d’au moins un des outils NGS (BWA, SAMtools, GATK, PICARD, ANGSD, Hifiasm).
• Anglais lu et écrit.
• Rédiger en anglais les parties des articles scientifiques liées aux données.

Responsabilités

• Gérer et traiter des données bio-informatiques issues de projets NGS.
• Développer et adapter des pipelines bio-informatiques.
• Traiter des gros jeux de données sur un cluster informatique.
• Analyser et interpréter les résultats dans le contexte scientifique.
• Rédiger en anglais les sections des articles liées aux données.
• Coordonner la sauvegarde des données omics sur les serveurs EPHE-PSL.

Connaissances

Analyse de données omics

Traitement données NGS

GNU/Linux

Programmation (R, Python, Perl, Julia)

Shell scripting

Outils NGS: BWA/SAMtools/GATK

Bonnes pratiques des données FAIR

Anglais (lu/écrit)

Formation

Master 2 ou équivalent en Bio-Informatique / Biologie

Outils

BWA

SAMtools

GATK

PICARD

ANGSD

Hifiasm

Description du poste

École Pratique des Hautes Études (EPHE) recrute au sein de l’équipe DIVA de l’ISYEB pour travailler sur des données NGS et des projets de génétique évolutive. Le/la candidat(e) gérera le traitement bio-informatique, développera des pipelines et interprétera les résultats, en cohérence avec les objectifs de recherche.

Le poste exige une solide formation en bio-informatique (Master 2 ou équivalent) et une expérience en analyse de données, avec maîtrise des outils NGS et du langage R/Python.