Ingénieur / ingénieure d’études en Bio-informatique

PSL Université Paris; Paris; Sur place; EUR 50 000 - 65 000; Plein temps

Résumé du poste

PSL Université Paris recrute un ingénieur d’études en bio-informatique pour travailler au sein de l’équipe DIVA de l’ISYEB, Muséum National d’Histoire Naturelle, à Paris. Vous analyserez des données omiques et développerez des pipelines NGS (Illumina, PacBio, ONT) et présenterez les résultats dans des publications.

Le poste implique une gestion de données, le travail sur cluster et la rédaction en anglais des sections liées aux données analysées.

Qualifications

• Niveau Master 2 ou équivalent en Bio-Informatique, Mathématiques appliquées ou sciences du vivant.
• Maîtrise des analyses de données omics et des méthodes de NGS.
• Connaissance d’au moins un langage de programmation (R, Python, Julia, etc.).
• Connaissance du shell et des commandes GNU (bash, zsh, sed/awk).
• Maîtrise des pipelines CLI et traitement de gros jeux de données sur cluster.

Responsabilités

• Participer aux projets de l’équipe DIVA et répondre au correspondant EPHE-PSL.
• Mettre en place et faire évoluer des pipelines bio-informatiques pour NGS (Illumina, PacBio, ONT).
• Analyser les données et présenter les résultats dans un contexte scientifique.
• Co-signer des articles scientifiques et coordonner la sauvegarde des données omiques sur les serveurs EPHE-PSL.

Connaissances

Analyse de données omics

Analyse NGS

Linux/Unix

Langages de programmation (R, Python,…

Shell scripting (bash, zsh, fish)

Outils NGS (BWA, SAMtools, GATK, PICAR

Esprit d’équipe et communication

Anglais lu et écrit

Formation

Master 2 Bio-Informatique ou équivalent

Outils

BWA

SAMtools

GATK

PICARD

ANGSD

Hifiasm

Description du poste

Ingénieur / ingénieure d’études en Bio-informatique (F/H)

Notre établissement fait partie de l'Université PSL.Située au cœur de Paris, celle-ci fait dialoguer tous les domaines du savoir, de l'innovation et de la création. Classée parmi les 50 premières universités mondiales, elle forme au plus près de la recherche des chercheurs, artistes, ingénieurs, entrepreneurs ou dirigeants conscients de leur responsabilité sociale, individuelle et collective.

Structure d'accueil

L’École Pratique des Hautes Études (EPHE) est un grand établissement d’enseignement supérieur et de recherche, établissement-composante de l’Université Paris Sciences et Lettres (PSL), et membre fondateur du Campus Condorcet. L’EPHE-PSL est implantée sur plusieurs sites en France métropolitaine et en Polynésie française.

La candidate ou le candidat retenu travaillera au sein de l'équipe DIVA (« Diversification et adaptation aux échelles micro et macro-évolutives ») de l’Institut de Systématique, Évolution, Biodiversité (ISYEB, UMR 7205) située au Muséum National d’Histoire Naturelle à Paris. L’équipe DIVA est composée de 11 enseignants-chercheurs permanents, deux techniciennes, un ingénieur de recherche, et plusieurs doctorants / doctorantes et stagiaires. L’équipe mène des recherches portant sur les processus évolutifs à travers diverses disciplines comme la génétique des populations, l’écologie comportementale, la génétique quantitative, l’écologie évolutive, en partenariat avec plusieurs équipes en France et à l’étranger.

Activités principales

La personne recrutée participera aux projets scientifiques des différentes membres de l’équipe DIVA et sera sous la responsabilité du correspondant EPHE de l’unité, actuellement Stefano Mona.

La candidate ou le candidat retenu sera responsable de la gestion et du traitement bio-informatique des données, notamment du type «Next Generation Sequencing» (NGS), issues de plusieurs projets de l’équipe et ponctuellement venir en appui aux projets des autres équipes de l'UMR. Elle ou il devra utiliser et développer des pipelines bio-informatiques pour le traitement des librairies produites par des méthodes de type Whole Genome Sequencing (Illumina sort-reads), long read sequencing (PacBio et ONT), Hi-C sequencing, ou transcriptomique (long et short reads). Outre le traitement bio-informatique, elle ou il devra également analyser les données produites et présenter et interpréter les résultats dans leur contexte scientifique. Ces investissements se traduiront notamment par la co-signature des articles scientifiques de l’équipe. En termes de gestion des données, la personne recrutée devra coordonner la sauvegarde des données «omics» sur les serveurs de l’EPHE-PSL en accord avec la direction des systèmes d’information de l’EPHE-PSL.

Profil du candidat

Savoirs et compétences attendus

Savoirs

• Maîtrise de l’analyses de données «omics»,
• Connaissances au moins superficielles des différences techniques de séquençage NGS, et surtout des données produites par ces méthodes,
• Connaissance du système d’exploitation GNU/Linux ou autre Unix-like,
• Connaissance d’au moins un langage de programmation utilisé en analyse de données (R, Python, Perl, Julia, …).
• Connaissance de la syntaxe d’un shell en ligne de commande (notamment bash, zsh ou fish, et les programmes GNU comme sed ou awk)
• Connaissance de plusieurs logiciels dédiés à l’analyses des données NGS: BWA, SAMtools, GATK, PICARD, ANGSD, Hifiasm….
• Facultatif: connaissance de logiciels pour l’analyse des données précédemment filtrés(fastsimcoal, Beast, LEA, ADMIXTURE entre autres)
• Connaissance des bonnes pratiques du cycle de la donnée et des principes FAIR.
• Anglais, lu et écrit.

Savoirs-faire

• Utiliser des pipelines déjà existant en ligne de commande et les modifier si nécessaire pour le traitement de données de type NGS dans le cadre des projets menés par l’équipe.
• Traiter des gros jeux de données en travaillant sur un cluster informatique.
• Organiser le traitement des jeux de données selon les bonnes pratiques au sein d’une équipe de recherche.
• Interpréter les résultats des analyses dans leur contexte scientifique.
• Rédiger en anglais les parties des articles scientifiques en lien avec les données analysées.
• Facultatif: analyser statistiquement les données obtenues à l’aide d’un langage de programmation (R, Python, Julia…) et/ou à partir de programmes existants pour des analyses plus spécialisées de génétique des populations ou phylogénie.

Savoirs-être

• Excellente capacité relationnelle. La candidate ou le candidat retenu sera amené à travailler en groupe et à communiquer ses avancements sur une base régulière.
• Esprit d’initiative et autonomie.
• Rigueur et sens de l’organisation.

FORMATIONS ET EXPÉRIENCE PROFESSIONNELLE SOUHAITABLES

• Niveau master 2 ou équivalent pour les mentions suivantes: Bio-Informatique, Mathématique appliquée et statistiques, Sciences du vivant, Biodiversité Écologie et Évolution. Des expériences antérieures dans un laboratoire de recherche sur des projets d’analyse de données, spécifiquement de bio-informatique, seront considérées favorables.

Fonctionnaire de catégorie A ou CDD d’un an, renouvelable

Non discrimination, ouverture et transparence

Notre établissement, comme l'ensemble de l'Université PSL, s’engage à soutenir et promouvoir l’égalité, la diversité et l’inclusion au sein de ses communautés. Nous encourageons les candidatures issues de profils variés, que nous veillerons à sélectionner via un processus de recrutement ouvert et transparent.

Ils permettent la visualisation des vidéos sur notre site. (Youtube)