Ingénieur·e d’études en Bio-informatique — NGS & Omics

PSL Research University; Paris; Sur place; EUR 42 000 - 58 000; Plein temps

Résumé du poste

L’École Pratique des Hautes Études (EPHE), établissement du PSL, recrute un/une bio-informaticien(ne) pour gérer et traiter des données omics (NGS, WGS, Hi-C). Vous développerez et adapterez des pipelines en ligne de commande et travaillerez sur cluster, en collaboration avec l’équipe DIVA.

Vous interpréterez les résultats dans un cadre scientifique et rédigerez des parties d’articles en anglais. Master 2 ou équivalent requis, contrat A ou CDD d’un an renouvelable.

Qualifications

• Maîtrise de l’analyse de données omics.
• Connaissances des différences techniques de séquençage NGS et des données associées.
• Connaissance du système GNU/Linux ou Unix-like.
• Maîtrise d’au moins un langage de programmation pour l’analyse (R/Python/Perl/Julia).
• Connaissance de la syntaxe d’un shell (bash/zsh/fish) et outils GNU.
• Connaissance d’au moins BWA, SAMtools, GATK, PICARD, ANGSD, Hifiasm.
• Bonnes pratiques du cycle de la donnée et principes FAIR.
• Anglais lu et écrit.

Responsabilités

• Utiliser et adapter des pipelines existants en ligne de commande pour les données NGS.
• Traiter de gros jeux de données sur un cluster informatique.
• Organiser le traitement des jeux de données en équipe de recherche.
• Interpréter les résultats et les présenter dans le contexte scientifique.
• Rédiger en anglais les parties des articles liées aux données analysées.

Connaissances

Analyse de données omics

GNU/Linux/Unix-like

Programmation (R/Python)

Shell scripting (bash, zsh)

NGS data analysis tools

FAIR data practices

Formation

Master 2 ou équivalent

Outils

BWA

SAMtools

GATK

PICARD

ANGSD

Hifiasm

Description du poste

L’École Pratique des Hautes Études (EPHE), établissement du PSL, recrute un/une bio-informaticien(ne) pour gérer et traiter des données omics (NGS, WGS, Hi-C). Vous développerez et adapterez des pipelines en ligne de commande et travaillerez sur cluster, en collaboration avec l’équipe DIVA.

Vous interpréterez les résultats dans un cadre scientifique et rédigerez des parties d’articles en anglais. Master 2 ou équivalent requis, contrat A ou CDD d’un an renouvelable.