Ingénieur Bio-informatique — NGS & Omics

École Pratique des Hautes Études

Paris

Sur place

EUR 42 000 - 52 000

Plein temps

Il y a 3 jours

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Résumé du poste

École Pratique des Hautes Études (EPHE) recherche un ingénieur d’études en Bio-informatique pour piloter le traitement et l’analyse de données NGS au sein de l’équipe DIVA (ISYEB) au Muséum National d’Histoire Naturelle, Paris. Vous développerez des pipelines et contribuerez aux projets de recherche.

Le poste nécessite une expertise en analyse de données omics, pipelines NGS et expérience en programmation (R/Python).

Qualifications

Maîtrise de l’analyse de données omics.
Connaissances au moins superficielles des différences techniques de séquençage NGS.
Connaissance GNU/Linux ou Unix-like.
Connaissance d’au moins un langage de programmation (R, Python, Perl, Julia).
Connaissance du shell (bash/zsh) et outils GNU (sed/awk).
Connaissance de logiciels NGS (BWA, SAMtools, GATK, PICARD, ANGSD, Hifiasm).
Faible connaissance des outils pour analyses filtrées (fastsimcoal, Beast, LEA, ADMIXTURE).
Connaissance des bonnes pratiques du cycle de la donnée et principes FAIR.
Anglais lu et écrit.

Responsabilités

Gérer et traiter les données NGS et soutenir les projets de l’équipe.
Développer et adapter des pipelines bio-informatiques.
Traiter de gros jeux de données sur un cluster informatique.
Interpréter les résultats dans leur cadre scientifique et rédiger des parties des articles en anglais.
Contribuer à la co-signature d’articles scientifiques de l’équipe.