INGENIEUR BIO-INFORMATIQUE EN RECHERCHE

CHU DE MONTPELLIER; Montpellier; Sur place; EUR 40 000 - 60 000; Plein temps

Résumé du poste

CHU de Montpellier recrute un ingénieur en bio-informatique et informatique pour soutenir la plateforme BIO2M. Vous déployez les logiciels d’analyse pour le traitement des données de séquençage haut débit, assurez les mises à jour et développez des procédures automatisées avec Snakemake et les outils OMICS.

Vous codifiez, gérez les données et participez aux formations. Vous serez en contact avec les demandeurs pour concevoir l’étude et rendre les résultats, en créant des index et en maintenant

Qualifications

• Maîtrise de l’analyse NGS et bio-informatique appliquée.
• Expérience en indexation et en programmation de pipelines.
• Compétences en développement web et en gestion de projets informatiques.

Responsabilités

• Gérer les données et former les utilisateurs.
• Collaborer avec les demandeurs pour concevoir les études et rendre les résultats.
• Créer des index à partir de cohorts RNAseq/Omics.
• Utiliser et concevoir des gestionnaires de workflow.
• Maintenir et améliorer le site TranSipedia.

Connaissances

Bioinformatique NGS

Indexation de données

Programmation Python

Web développement

Communication avec demandeurs

Formation

Master 2 bio-informatique

Outils

Reindeer

Gestionnaire de workflow

Description du poste

Ingénieur en Bio-informatique et en informatique

L’ingénieur(e) participera à l’organisation de la plateforme BIO2M. Il mettra en place les logiciels d’analyse pour le traitement des données de séquençage haut débit, assurera leur mise à jour et les développements informatiques pour automatiser les procédures avec le logiciel de gestion Snakemake et les logiciels de conception d'INDEX de données à grande échelle. Nous recrutons un ingénieur informaticien/bio-informaticien expérimenté pour les taches désignées.

• La personne sera également en charge de la gestion des données et participera aux formations qui seront développées pour les utilisateurs
• La personne sera en contact avec les demandeurs de prestations pour la conception de l'étude et le rendu de résultats

Les activités spécifiques liées au poste sont :

• la création d'index à partir de cohortes (données RNAseq ou Omics) fournies par les demandeurs d’un projet.
• L'utilisation et la conception de gestionnaire de workflow
• Le maintien et l'amélioration du site Web (TranSipedia)

Profil recherché

SAVOIR FAIRE REQUIS: Bioinformatique des traitements des données NGS

Compétences techniques

• Indexation de données et programmation
• Web développement

Compétences relationnelles

• Bonne relation pour communiquer avec demandeurs
• Contribution à l'organisation…
• Gestion des logiciels
• Compétences spécifiques liées au poste
• Bioinformatique : analyse NGS de RNAseq
• Indexation de données de séquençage haut-débit et Bonne compréhension des procédures et des outils d'analyse de données OMICS. Utilisation de l’outil Reindeer
• Bon relationnel pour communiquer avec les demandeurs de projets
• Savoir mettre en forme les résultats, gérer l'archivage, communiquer et partager les informations avec les personnes de l'équipe et les extérieurs CONNAISSANCES ASSOCIEES
• Connaissances biologiques de base (Biologie Moléculaire) (N1)

Master 2 bio-informatique, expérience professionnelle en bio-informatique

Bonnes connaissances en informatique (web, programmation python)

Double compétence en bio-informatique et informatique

Description de l'établissement

180 métiers, 1 sens commun.

Rejoignez une communauté de 12 000 professionnels qui, au quotidien, font battre le cœur du CHU de Montpellier ! Classé parmi les premiers hôpitaux français, le CHU de Montpellier est un acteur leader du soin, de la recherche, de l’enseignement et de la formation sur son territoire.

Intégrer nos équipes, c’est évoluer dans un environnement de pointe, et trouver du sens dans les valeurs du service public pour offrir à chacun, quelle que soit sa situation, les meilleurs soins.

191 Av. du Doyen Gaston Giraud, 34295 Montpellier, France