Ingénieur Études Bio-informatique — Pipelines et Données Omics

PSL Université Paris; Paris; Sur place; EUR 50 000 - 65 000; Plein temps

Résumé du poste

PSL Université Paris recrute un ingénieur d’études en bio-informatique pour travailler au sein de l’équipe DIVA de l’ISYEB, Muséum National d’Histoire Naturelle, à Paris. Vous analyserez des données omiques et développerez des pipelines NGS (Illumina, PacBio, ONT) et présenterez les résultats dans des publications.

Le poste implique une gestion de données, le travail sur cluster et la rédaction en anglais des sections liées aux données analysées.

Qualifications

• Niveau Master 2 ou équivalent en Bio-Informatique, Mathématiques appliquées ou sciences du vivant.
• Maîtrise des analyses de données omics et des méthodes de NGS.
• Connaissance d’au moins un langage de programmation (R, Python, Julia, etc.).
• Connaissance du shell et des commandes GNU (bash, zsh, sed/awk).
• Maîtrise des pipelines CLI et traitement de gros jeux de données sur cluster.

Responsabilités

• Participer aux projets de l’équipe DIVA et répondre au correspondant EPHE-PSL.
• Mettre en place et faire évoluer des pipelines bio-informatiques pour NGS (Illumina, PacBio, ONT).
• Analyser les données et présenter les résultats dans un contexte scientifique.
• Co-signer des articles scientifiques et coordonner la sauvegarde des données omiques sur les serveurs EPHE-PSL.

Connaissances

Analyse de données omics

Analyse NGS

Linux/Unix

Langages de programmation (R, Python,…

Shell scripting (bash, zsh, fish)

Outils NGS (BWA, SAMtools, GATK, PICAR

Esprit d’équipe et communication

Anglais lu et écrit

Formation

Master 2 Bio-Informatique ou équivalent

Outils

BWA

SAMtools

GATK

PICARD

ANGSD

Hifiasm

Description du poste

PSL Université Paris recrute un ingénieur d’études en bio-informatique pour travailler au sein de l’équipe DIVA de l’ISYEB, Muséum National d’Histoire Naturelle, à Paris. Vous analyserez des données omiques et développerez des pipelines NGS (Illumina, PacBio, ONT) et présenterez les résultats dans des publications.

Le poste implique une gestion de données, le travail sur cluster et la rédaction en anglais des sections liées aux données analysées.