Ingénieur Bioinformatique – Pipelines Long-Read & Nanopore

Cnrs; Paris; On-site; EUR 45,000 - 60,000; Full time

Job summary

Le CNRS, via la plateforme GenomiqueENS de l’IBENS à Paris, recherche un ingénieur·e en bioinformatique pour un contrat de 12 mois renouvelable. Vous développerez des pipelines pour l’analyse de données de transcriptomique longue lecture nanopore et évaluerez des outils IA pour l’annotation génomique, en collaboration avec les chercheurs.

Vous participerez à l’analyse de projets RNA‑seq, assurerez une veille scientifique et présenterez les avancées lors de réunions et congrès.

Qualifications

• Bioinformaticien(ne) titulaire d’un master et maîtrisant les langages/outils listés.
• Expérience souhaitée en analyse de données de transcriptomique et pipelines.

Responsibilities

• Développer des pipelines pour l’analyse de données de transcriptomique longue lecture nanopore.
• Évaluer des outils IA pour l’annotation de génomes.
• Participer à l’analyse des projets RNA‑seq et collaborations.
• Veiller scientifiquement sur les outils d’analyse de séquençage.
• Présenter les avancées lors de réunions internes et séminaires.

Skills

Python

Java

R (Bioconductor)

Nextflow

Snakemake

Eoulsan

Git

Bash

Linux

Docker

Singularity

Conda

SLURM

HT-Condor

Anglais

Education

Master en bioinformatique

Tools

Nextflow

Snakemake

Eoulsan

Docker

Singularity

Conda

SLURM

HT-Condor

Job description

Le CNRS, via la plateforme GenomiqueENS de l’IBENS à Paris, recherche un ingénieur·e en bioinformatique pour un contrat de 12 mois renouvelable. Vous développerez des pipelines pour l’analyse de données de transcriptomique longue lecture nanopore et évaluerez des outils IA pour l’annotation génomique, en collaboration avec les chercheurs.

Vous participerez à l’analyse de projets RNA‑seq, assurerez une veille scientifique et présenterez les avancées lors de réunions et congrès.