Bioinformaticien(ne) — Pipelines Transcriptomiques Nanopore

Cnrs Inc; Paris; Hybrid; EUR 29,000 - 43,000; Full time

Benefits offered by this job

Pratique et indemnisation du TT

Forfait mobilité durable jusqu’à 300€

44 jours de congés RTT

Job summary

L’Institut de biologie de l’École normale supérieure (IBENS) recrute un ingénieur bioinformaticien pour développer des pipelines d’analyse de données transcriptomiques longues lectures nanopore et traiter les données de séquençage haute débit.

Vous renforcerez l’équipe GenomiqueENS et travaillerez sur des projets collaboratifs, avec une forte interaction avec les biologistes et une veille scientifique constante dans le domaine des outils d’analyse.

Qualifications

• Master en bioinformatique exigé.
• Bonne maîtrise de Python/Java et R (Bioconductor).
• Maîtrise des workflows (Nextflow, Snakemake, Eoulsan).
• Git/GitHub/GitLab et Linux (Bash) indispensables.
• Anglais lisible et écrit requis.

Responsibilities

• Développer des pipelines d’analyse pour transcriptomique longue lecture nanopore.
• Évaluer des outils IA pour annotation de génomes peu ou mal annotés.
• Analyser des projets RNA-seq et prestations en collaboration.
• Veiller à l’innovation et partager les avancées lors de réunions.
• Participer à la diffusion des résultats lors conférences.

Skills

Python

Java

R/Bioconductor

Workflow tools

Nextflow

Snakemake

Git

GitHub/GitLab

Linux/Bash

Docker/Singularity/Conda

SLURM

HT-Condor

Anglais (lu/écrit/parlé)

Education

Master en bioinformatique

Tools

Nextflow

Snakemake

Eoulsan

Docker

Singularity

Conda

GitHub

GitLab

Job description

L’Institut de biologie de l’École normale supérieure (IBENS) recrute un ingénieur bioinformaticien pour développer des pipelines d’analyse de données transcriptomiques longues lectures nanopore et traiter les données de séquençage haute débit.

Vous renforcerez l’équipe GenomiqueENS et travaillerez sur des projets collaboratifs, avec une forte interaction avec les biologistes et une veille scientifique constante dans le domaine des outils d’analyse.