Ingénieur d’études en bioinformatique (H/F)

Cnrs; Paris; On-site; EUR 45,000 - 60,000; Full time

Job summary

Le CNRS, via la plateforme GenomiqueENS de l’IBENS à Paris, recherche un ingénieur·e en bioinformatique pour un contrat de 12 mois renouvelable. Vous développerez des pipelines pour l’analyse de données de transcriptomique longue lecture nanopore et évaluerez des outils IA pour l’annotation génomique, en collaboration avec les chercheurs.

Vous participerez à l’analyse de projets RNA‑seq, assurerez une veille scientifique et présenterez les avancées lors de réunions et congrès.

Qualifications

• Bioinformaticien(ne) titulaire d’un master et maîtrisant les langages/outils listés.
• Expérience souhaitée en analyse de données de transcriptomique et pipelines.

Responsibilities

• Développer des pipelines pour l’analyse de données de transcriptomique longue lecture nanopore.
• Évaluer des outils IA pour l’annotation de génomes.
• Participer à l’analyse des projets RNA‑seq et collaborations.
• Veiller scientifiquement sur les outils d’analyse de séquençage.
• Présenter les avancées lors de réunions internes et séminaires.

Skills

Python

Java

R (Bioconductor)

Nextflow

Snakemake

Eoulsan

Git

Bash

Linux

Docker

Singularity

Conda

SLURM

HT-Condor

Anglais

Education

Master en bioinformatique

Tools

Nextflow

Snakemake

Eoulsan

Docker

Singularity

Conda

SLURM

HT-Condor

Job description

Missions:
Développer de nouveaux pipelines d’analyse de données de transcriptomique longues lectures nanopore et traiter les données de séquençage à haut débit produites par la plateforme GenomiqueENS.
Activités:
En vue de renforcer son activité de recherche et développement en séquençage à haut débit lectures longues et cellule unique, la plateforme GenomiqueENS de l’Institut de Biologie de l’École normale supérieure (IBENS, Paris 5ᵉ) recherche un·e ingénieur·e en bioinformatique pour un contrat de 12 mois renouvelable pour améliorer la qualité de nos prestations et permettre l’analyse des données d’un plus grand nombre de projets. Dans ce cadre:

• Vous aurez en charge le développement de pipelines pour l’analyse de données de transcriptomique longues lectures nanopore adaptés aux prestations de la plateforme de génomique dans le cadre d’un projet financé par l’infrastructure nationale France Génomique ;
• Vous évaluerez des outils IA pour l’annotation structurale et fonctionnelle de génomes mal ou peu annotés ;
• Vous participerez à l’analyse des projets (lectures courtes et longues) qui nous sont confiés dans le cadre de notre activité de prestation (RNA-seq) de recherche en collaboration avec les chercheurs ;
• Vous contribuerez à la veille scientifique dans le domaine des outils d’analyses des résultats de séquençage de lectures longues ;
• Enfin, vous participerez et présenterez les avancements de vos projets lors de réunions mensuelles internes à la plateforme, de séminaires ou de congrès.

Contexte de travail:
L’Institut de biologie de l’ENS (IBENS) est un centre de recherche fondamentale qui mène des recherches originales visant à décrypter les mécanismes fondamentaux au cœur des processus biologiques.
Unité mixte ENS-CNRS-INSERM, l’IBENS accueille plus de 300 personnes regroupées en 30 équipes autonomes conduisant une recherche hautement collaborative et multidisciplinaire qui allie approches expérimentales et théoriques.
L’activité de recherche couvre des champs thématiques variés: Neurosciences, Biologie du développement, Génomique fonctionnelle, Écologie et biologie de l’évolution.
La plateforme GenomiqueENS de l’IBENS (https://genomique.biologie.ens.fr) existe depuis 1999 et a pour but de faciliter l’accès des laboratoires publics à l’utilisation des technologies à haut débit et d’accompagner les utilisateurs dans l’analyse des données en génomique fonctionnelle. Elle fait partie de l’infrastructure nationale France Génomique.
L’équipe est composée de 4 personnes réparties entre biologistes et bioinformaticiens. La plateforme certifiée ISO 9001, labellisée IBiSA et membre du consortium France Génomique, propose des services collaboratifs et développe également des projets de R&D. Elle dispose de séquenceurs à haut débit (Illumina NextSeq 2000, Oxford Nanopore Technologies MinION et PromethION P2) et de l’infrastructure informatique nécessaire à l’analyse des résultats obte

Conditions particulières d'exercice

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde: 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers) , en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Profil recherché

Competences:
Bioinformaticien·ne titulaire d’un master vous maîtrisez les langages/outils:

• Python ou Java et des notions de programmation objet ;
• R (Bioconductor) et l’utilisation des outils statistiques ;
• Un ou plusieurs gestionnaires de workflows (Nextflow, Snakemake, Eoulsan…) ;
• L’utilisation de Git et GitHub/GitLab pour le suivi des versions du code source.

La maîtrise du shell (Bash) et de l’environnement de travail Linux est requise pour ce poste. Une expérience de l’utilisation des outils de conteneurisation (Docker, Singularity, Podman, Conda…) et des outils de soumissions de taches sur les clusters de calcul (SLURM, HT-Condor…) serait un plus.

Une bonne compréhension des problématiques biologiques, plus particulièrement sur l’annotation structurelle et fonctionnelle est essentielle, car le projet principal inclus de fortes interactions avec les biologistes.

La connaissance de l’anglais (lu, écrit, parlé) est nécessaire. Par ailleurs, vous devrez faire preuve de rigueur, de dynamisme et d’esprit d’équipe pour intégrer dans les meilleures conditions notre plateforme.

Contraintes et risques:
Travail sur écran et en présentiel sur site à l’IBENS.

Présentation de Cnrs

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.