Ingénieur·e en génomique sur la plateforme GenomiqueENS

SFBI; Paris; On-site; EUR 29,000 - 43,000; Full time

Job summary

GenomiqueENS recrute un(e) Ingénieur·e en génomique pour développer des pipelines d’analyse de transcriptomique longue lecture sur la plateforme GenomiqueENS à Paris. CDD de 12 mois renouvelable, prise de poste au 1 février 2027.

Maîtrise Python/Java, R (Bioconductor), gestionnaires de workflows (Nextflow, Snakemake, Eoulsan) et Git. Expérience Docker/Singularity et Linux est un plus; anglais apprécié, travail en équipe dans un cadre de recherche.

Qualifications

• Master GenomiqueENS ou équivalent requis.
• Maîtrise Python/Java et R (Bioconductor).
• Expérience avec des gestionnaires de workflows et outils de conteneurisation souhaitée.

Responsibilities

• Développer des pipelines pour l’analyse de transcriptomique longue lecture (Nanopore).
• Évaluer outils IA pour l’annotation structurelle et fonctionnelle des génomes.
• Participer à l’analyse de projets RNA-seq et présenter les avancements en réunions.

Skills

Python

Java

R

Shell

Git

Anglais

Education

Master GenomiqueENS ou équivalent

Tools

Nextflow

Snakemake

Eoulsan

Docker

Singularity

Podman

Conda

Job description

Ingénieur·e en génomique sur la plateforme GenomiqueENS

CDD·IE·12 mois(renouvelable)Bac+5 / Master GenomiqueENS ·Paris (France)2 571 € à 3 817 €

Date de prise de poste : 1 février 2027

Génomique Séquencage à haut débit Transcriptomique RNA-seq Nanopore Illumina

Développer de nouveaux pipelines d’analyse de données de transcriptomique longues lectures nanopore et traiter les données de séquençage à haut débit produites par la plateforme GenomiqueENS.

Activités

Dans ce cadre:

• Vous aurez en charge le développement de pipelines pour l’analyse de données de transcriptomique longues lectures nanopore adaptés aux prestations de la plateforme de génomique dans le cadre d’un projet financé par l’infrastructure nationale France Génomique;
• Vous évaluerez des outils IA pour l’annotation structurale et fonctionnelle de génomes mal ou peu annotés;
• Vous participerez à l’analyse des projets (lectures courtes et longues) qui nous sont confiés dans le cadre de notre activité de prestation (RNA-seq) de recherche en collaboration avec les chercheurs;
• Vous contribuerez à la veille scientifique dans le domaine des outils d’analyses des résultats de séquençage de lectures longues;
• Enfin, vous participerez et présenterez les avancements de vos projets lors de réunions mensuelles internes à la plateforme, de séminaires ou de congrès.

Compétences attendues

Bioinformaticien·ne titulaire d’un master vous maîtrisez les langages/outils:

• Python ou Java et des notions de programmation objet;
• R (Bioconductor) et l’utilisation des outils statistiques;
• Un ou plusieurs gestionnaires de workflows (Nextflow, Snakemake, Eoulsan…);
• L’utilisation de Git et GitHub/GitLab pour le suivi des versions du code source.

La maîtrise du shell (Bash) et de l’environnement de travail Linux est requise pour ce poste. Une expérience de l’utilisation des outils de conteneurisation (Docker, Singularity, Podman, Conda…) et des outils de soumissions de taches sur les clusters de calcul (SLURM, HT-Condor…) serait un plus.

Une bonne compréhension des problématiques biologiques, plus particulièrement sur l’annotation structurelle et fonctionnelle est essentielle, car le projet principal inclus de fortes interactions avec les biologistes.

La connaissance de l’anglais (lu, écrit, parlé) est nécessaire. Par ailleurs, vous devrez faire preuve de rigueur, de dynamisme et d’esprit d’équipe pour intégrer dans les meilleures conditions notre plateforme.

Contexte de travail

L’Institut de biologie de l’ENS (IBENS) est un centre de recherche fondamentale qui mène des recherches originales visant à décrypter les mécanismes fondamentaux au cœur des processus biologiques.
Unité mixte ENS-CNRS-INSERM, l’IBENS accueille plus de 300 personnes regroupées en 30 équipes autonomes conduisant une recherche hautement collaborative et multidisciplinaire qui allie approches expérimentales et théoriques.
L’activité de recherche couvre des champs thématiques variés: Neurosciences,Biologie du développement, Génomique fonctionnelle, Écologie et biologie de l’évolution.
La plateforme GenomiqueENS de l’IBENS ( https://genomique.biologie.ens.fr ) existe depuis 1999 et a pour but de faciliter l’accès des laboratoires publics à l’utilisation des technologies à haut débit et d’accompagner les utilisateurs dans l’analyse des données en génomique fonctionnelle. Elle fait partie de l’infrastructure nationale France Génomique.
L’équipe est composée de 4 personnes réparties entre biologistes et bioinformaticiens. La plateforme certifiée ISO 9001, labellisée IBiSA et membre du consortium France Génomique, propose des services collaboratifs et développe également des projets de R&D. Elle dispose de séquenceurs à haut débit (Illumina NextSeq 2000, Oxford Nanopore Technologies MinION et PromethION P2) et de l’infrastructure informatique nécessaire à l’analyse des résultats obtenus.
Notre plateforme est reconnue au niveau national et international pour ses développements technologiques dédiés au RNA-seq utilisant des séquenceurs nanopores. Nous avons par exemple développé un outil de contrôle qualité des runs nanopore (ToulligQC https://github.com/GenomicParisCentre/toulligQC ) très utilisé par la communauté. En parallèle de ces travaux et prestations dédiés au RNA-seq sur lectures longues et courtes, notre plateforme propose des services de séquençage de transcriptomes.
Pour l’ensemble de ces services, nous avons développé différents outils modulaires permettant d’automatiser le traitement et l’analyse des données brutes produites par les séquenceurs pour fournir aux biologistes des résultats interprétables (Aozan: http://outils.genomique.biologie.ens.fr/aozan et Eoulsan: http://outils.genomique.biologie.ens.fr/eoulsan ).