Ingénieur Génomique – Pipelines Long Reads

SFBI; Paris; On-site; EUR 29,000 - 43,000; Full time

Job summary

GenomiqueENS recrute un(e) Ingénieur·e en génomique pour développer des pipelines d’analyse de transcriptomique longue lecture sur la plateforme GenomiqueENS à Paris. CDD de 12 mois renouvelable, prise de poste au 1 février 2027.

Maîtrise Python/Java, R (Bioconductor), gestionnaires de workflows (Nextflow, Snakemake, Eoulsan) et Git. Expérience Docker/Singularity et Linux est un plus; anglais apprécié, travail en équipe dans un cadre de recherche.

Qualifications

• Master GenomiqueENS ou équivalent requis.
• Maîtrise Python/Java et R (Bioconductor).
• Expérience avec des gestionnaires de workflows et outils de conteneurisation souhaitée.

Responsibilities

• Développer des pipelines pour l’analyse de transcriptomique longue lecture (Nanopore).
• Évaluer outils IA pour l’annotation structurelle et fonctionnelle des génomes.
• Participer à l’analyse de projets RNA-seq et présenter les avancements en réunions.

Skills

Python

Java

R

Shell

Git

Anglais

Education

Master GenomiqueENS ou équivalent

Tools

Nextflow

Snakemake

Eoulsan

Docker

Singularity

Podman

Conda

Job description

GenomiqueENS recrute un(e) Ingénieur·e en génomique pour développer des pipelines d’analyse de transcriptomique longue lecture sur la plateforme GenomiqueENS à Paris. CDD de 12 mois renouvelable, prise de poste au 1 février 2027.

Maîtrise Python/Java, R (Bioconductor), gestionnaires de workflows (Nextflow, Snakemake, Eoulsan) et Git. Expérience Docker/Singularity et Linux est un plus; anglais apprécié, travail en équipe dans un cadre de recherche.