Ingénieur d’études en bioinformatique & phylogénomique

Cnrs Inc; Marseille; On-site; EUR 29,000 - 31,000; Full time

Benefits offered by this job

RTT annuels

Indemnisation du TT

Mobilité durable 300€

44 jours de congés

Job summary

Le CNRS, Laboratoire de chimie bactérienne à Marseille, recherche un ingénieur d’études pour travailler sur le projet ENHANCE (ANR PRC). Vous analyserez l’origine évolutive des complexes oxydoréductases associées à des protéines tubulaires chez les procaryotes et développerez des pipelines bioinformatiques.

Vous maîtrisez les bases de données génomiques, la phylogénomique, la programmation Python et l’utilisation de clusters HPC (SLURM).

Qualifications

• Maîtrise des bases de données génomiques (GTDB, NCBI) et requêtage (BLAST, HMMER).
• Maîtrise des outils de phylogénétique (Alignement multiple, trimming, inférence phylogénétique, réconciliation).
• Maîtrise des outils de génomique comparative (synténie, clusters d’orthologues).
• Maîtrise des outils d’analyse de séquence et de structure (Aliview, PyMOL, AF3).
• Maîtrise des outils statistiques (tests statistiques, analyse corrélation).
• Programmation Python (Biopython, scipy), Bash.
• Utilisation de clusters HPC (SLURM).
• Connaissance biologie évolutive, microbiologie et mécanismes moléculaires.
• Gestion de projet et collaboration: Travail en équipe pluridisciplinaire; autonomie; rigueur; rédaction de rapports; Anglais C1.
• Savoir‑être: curiosité intellectuelle, pragmatisme, adaptabilité, esprit d’initiative.

Responsibilities

• Identification d’homologues et nettoyage des jeux de données.
• Analyse phylogénétique.
• Analyse corrélative.
• Analyse structurale des complexes.
• Développement de scripts et pipelines.
• Documentation des pipelines et des résultats.
• Collaboration avec les autres tâches du projet et veille scientifique sur les méthodes en phylogénomique et aspects moléculaires.

Skills

Bioinformatique avancée

Python

HPC SLURM

Phylogénomique

Génomique comparative

Analyse de séquences et structures

Statistiques et corrélation

Rédaction et documentation

Anglais scientifique

Tools

GTDB

NCBI

BLAST

HMMER

Alignement multiple

Trimming

Inference phylogénétique

Réconciliation

Syntenie

Clusters d’orthologues

Aliview

PyMOL

AF3

Job description

Le CNRS, Laboratoire de chimie bactérienne à Marseille, recherche un ingénieur d’études pour travailler sur le projet ENHANCE (ANR PRC). Vous analyserez l’origine évolutive des complexes oxydoréductases associées à des protéines tubulaires chez les procaryotes et développerez des pipelines bioinformatiques.

Vous maîtrisez les bases de données génomiques, la phylogénomique, la programmation Python et l’utilisation de clusters HPC (SLURM).