070/BI/2026 - Fellowship for Masters

Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier ITQB NOVA; Portugal; Presencial; EUR 12.000 - 17.000; Jornada completa

Descripción de la vacante

O ITQB NOVA procura um Mestre para projeto EvaMobs, com foco no desenvolvimento de proteínas antivirais (nanobodies/miniproteínas) contra a proteína de fusão RSV. O candidato combinará desenho computacional, expressão em sistemas biológicos, e avaliação biofísica para identificar moléculas estáveis e de alta afinidade.

O projeto, financiado pela UE, envolve técnicas de biologia estrutural, purificação de proteínas, ensaios bioquímicos e estudos em modelos pré-clínicos, com início previsto para

Formación

• Mestrado em Bioquímica ou áreas afins com classificação de mestrado ≥ 18 valores.
• Experiência com pacotes de modelagem/m visualização molecular listados.
• Design computacional de proteínas com afinidade para alvos terapêuticos.
• Experiência em Windows, MacOS e Linux.
• Scripting em Bash e Python.
• Dinâmica molecular para proteínas virais de fusão.
• Expressão e purificação de proteínas recombinantes (incl. dic design).
• Técnicas de Western blot e ELISA.
• Cultura de células.
• Caracterização biofísica (CD, DLS, fluorimetria) e SPR.

Responsabilidades

• Desenvolver proteínas antivirais, incluindo nanobodies e miniproteínas, para RSV.
• Conduzir desenho computacional de proteínas e produção recombinante.
• Avaliar afinidade e neutralização de epítopos virais conservados.
• Optimizar moléculas com formatos multivalentes e estabilidade.
• Avaliar especificidade, segurança, imunogenicidade e eficácia antiviral em modelo animal.

Conocimientos

Motivação elevada

Dinamismo

Bash e Python

Windows, MacOS, Linux

Educación

Mestrado em Bioquímica

ou áreas afins (Biologia, Biomedicina, Biofísica, Química)

Herramientas

GROMACS

CharmGUI

PyMOL

ProteinMPNN

RFDiffusion

Rosetta

AlphaFold

Descripción del empleo

Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier – ITQB NOVA

Anúncio para atribuição de uma Bolsa de Mestre

no âmbito do projeto EvaMobs

Encontra-se aberta candidatura a uma bolsa de investigação para Mestre, no âmbito do projecto intitulado "EvaMobs - Evolvable and rapidly adaptable monobodies: a broad-spectrum antiviral platform", Ref. 101137419, financiada pelo HORIZON da Comissão Europeia HORIZON-HLTH-2023-DISEASE-03.

Formação Académica:

Procuramos candidatos com Mestrado em Bioquímica ou em áreas afins (como Biologia, Biomedicina, Biofísica, Química, entre outras), que possuam uma classificação final de licenciatura igual ou superior a 15 valores e de mestrado igual ou superior a 18 valores.

Outros requisitos:

• Experiência com os pacotes de software de modelação e visualização molecular GROMACS, CharmGUI, PyMOL, ProteinMPNN, RFDiffusion, Rosetta e AlphaFold;
• Experiência do design computacional de proteínas com afinidade para alvos terapêuticos;
• Experiência em sistemas operativos Windows, MacOS e LINUX;
• Experiência no desenvolvimento de scripts utilizando as linguagens de programação Bash e Python;
• Experiência na aplicação de simulações de dinâmica molecular para o estudo de proteínas viral de fusão;
• Experiência em expressão e purificação de proteínas recombinantes, incluindo proteínas desenhadas computacionalmente, expressas em sistemas bacterianos e células animais;
• Experiência em técnicas de Western blot e ELISA;
• Experiência em cultura de células;
• Experiência em técnicas de caracterização biofísica, nomeadamente dicroísmo circular, dispersão dinâmica de luz e fluorimetria de varrimento diferencial;
• Experiência em técnicas de análise de interações biomoleculares, nomeadamente Surface Plasmon Resonance;
• Estar inscrito ou inscrever-se, até à data do início do contrato, num doutoramento, conforme o Artº 6º do Regulamento de Bolsas de Investigação da Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.

Características a valorizar:

• Elevada motivação e dinamismo;
• Experiência em instalação, configuração e administração de ambientes Linux, nomeadamente Ubuntu;
• Experiência em montagem, diagnóstico e atualização de hardware (RAM, GPUs e armazenamento), e na implementação e manutenção de infraestruturas de clusters e redes, incluindo arquitetura e cablagem.

Plano de Trabalhos:

O candidato irá desenvolver proteínas antivirais, incluindo nanobodies e miniproteínas, contra a proteína de fusão do vírus sincicial respiratório (RSV). Através da combinação de desenho computacional de proteínas, produção recombinante e avaliação por métodos biofísicos, irá identificar proteínas estáveis e de elevada afinidade, capazes de reconhecer epítopos virais conservados. O candidato irá avaliar as moléculas mais promissoras quanto à sua capacidade de neutralizar os subtipos RSV A e B e de prevenir resistência viral. Irá ainda otimizar as moléculas selecionadas através do desenvolvimento de formatos multivalentes e que permitem o prolongamento do tempo de semi-vida em circulação, seguida de uma avaliação abrangente da especificidade, segurança, imunogenicidade e eficácia antiviral num modelo animal. O candidato irá contribuir para o desenvolvimento de novos candidatos antivirais com potencial de aplicação na prevenção e no tratamento da infeção pelo RSV.

Legislação e regulamentação aplicável:

Estatuto do Bolseiro de Investigação Científica, aprovado pela Lei nº 40/2004, de 18 de agosto, alterado e republicado pelo Decreto-Lei nº 202/2012, de 27 de agosto e alterado pelo Decreto-Lei nº 233/2012, de 29 de Outubro e pela Lei nº 12/2013, de 29 de Janeiro e pelo Decreto-Lei n.º 89/2013, de 9 de Julho, e pelo Decreto-Lei nº 123/2019, de 28 de Agosto, e pelo Decreto-Lei nº 65/2024, de 1 de Outubro.
Regulamento de Bolsas de Investigação da Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P., em vigor ( https://www.fct.pt/wp-content/uploads/2026/01/RBi_Republicado_2025.pdf ).

Local de trabalho:

O trabalho será desenvolvido nos laboratórios de Applied Protein Biochemistry e de Protein Modeling do Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier da Universidade Nova de Lisboa, sob a orientação científica de João B. Vicente e co-orientação de Cláudio M. Soares.

Duração da bolsa:

A bolsa terá a duração de seis meses, eventualmente renovável, com início previsto em janeiro de 2027, em regime de exclusividade, conforme Regulamento de Bolsas de Investigação da Fundação para a Ciência e a Tecnologia, I.P.

Métodos de selecção:

A seleção será efetuada por análise curricular de acordo com os critérios solicitados neste edital.

Composição do Júri de Seleção:

• Doutor João Vicente, ITQB NOVA (Presidente)
• Doutora Diana Lousa, ITQB NOVA (Vogal efetivo)
• Professor Cláudio M. Soares, ITQB NOVA (Vogal efetivo)
• Doctor Manuel N. Melo, ITQB NOVA (Vogal suplente)