Lead Pipelines Bioinformatiques Nextflow

HOSPICES CIVILS DE LYON; Bron; Hybride; EUR 70 000 - 95 000; Plein temps

Avantages offerts par ce poste

Télétravail possible

Rémunération selon grille FPH

Résumé du poste

Hospices Civils de Lyon recherche un bioinformaticien(ne) expérimenté(e) pour rejoindre la Cellule Bioinformatique du Laboratoire de Biologie Médicale Multi Site. Vous développerez des pipelines Nextflow, assurerez leur qualité et collaborerez avec les équipes pour l’intégration dans l’application web des HCL.

Vous avez au moins 5 ans d’expérience en bioinformatique, maîtrise des outils standard et des langages de script.

Qualifications

• Diplôme bac+5 en bioinformatique ou domaine connexe, avec 5 ans d'expérience dans le développement de pipelines.

Responsabilités

• Définition d'un cadre précis pour le développement des nouveaux pipelines (standardisation, documentation, tests).
• Formation des bioinformaticien(ne)s de l’équipe aux pratiques définies.
• Mise en conformité des pipelines existants en collaboration avec les développeurs.
• Développement de nouveaux pipelines et intégration dans l'application web des HCL.
• Participation à l'activité de routine diagnostique et support utilisateur.

Connaissances

Nextflow

Bonnes pratiques développement

Tests logiciels

Bioinformatique

Scripts (bash/perl/python)

R

Linux/Unix

Git

Singularity

Docker

SLURM

Formation

Master 2 en bioinformatique ou domaine connexe

Outils

Singularity

Docker

Git

SLURM

Description du poste

Hospices Civils de Lyon recherche un bioinformaticien(ne) expérimenté(e) pour rejoindre la Cellule Bioinformatique du Laboratoire de Biologie Médicale Multi Site. Vous développerez des pipelines Nextflow, assurerez leur qualité et collaborerez avec les équipes pour l’intégration dans l’application web des HCL.

Vous avez au moins 5 ans d’expérience en bioinformatique, maîtrise des outils standard et des langages de script.