Ingénieur Bio-informatique: Pipelines Automatisés & Cloud - Lyon

CONSULTYS; Lyon; Sur place; EUR 39 000 - 46 000; Plein temps

Avantages offerts par ce poste

Mobilité soutenue par l’employeur

Participation aux frais de repas

Mutuelle santé 60 % financiée

Intégration et formations continues

Engagement RSE

Résumé du poste

Consultys, filiale du groupe Vulcain Engineering, cherche un ingénieur en bio-informatique pour rejoindre l’équipe lyonnaise. Vous contribuerez au développement et à l’industrialisation de pipelines bioinformatiques automatisés et à l’optimisation de leurs performances dans un contexte multi-disciplinaire et international.

Le poste requiert une maîtrise de Python, Snakemake/Nextflow et des compétences Cloud (AWS), ainsi qu’une expérience en environnement Linux et dans la gestion de données de

Qualifications

• Diplôme d’Ingénieur ou Bac+5 dans le domaine bio-informatique ou équivalent.
• Expérience en bio-informatique, développement ou industrialisation de pipelines.
• Bonne maîtrise de Python.
• Expérience avec Snakemake et/ou Nextflow.
• Connaissance d’un environnement Cloud, notamment AWS.
• Connaissance des outils Git, Docker et Conda.
• Anglais professionnel à l’écrit comme à l’oral.

Responsabilités

• Concevoir, développer et maintenir des pipelines bioinformatiques automatisés.
• Automatiser et industrialiser les pipelines bioinformatiques.
• Mettre en œuvre des workflows avec Snakemake et Nextflow.
• Développer des scripts Python pour le prétraitement et l’analyse des données de séquençage.
• Automatiser les étapes de traitement des données (démultiplexage, contrôle qualité).
• Identifier et intégrer les outils bioinformatiques adaptés.
• Optimiser les pipelines en termes de performance et ressources.
• Documenter les flux de données et rédiger les SOP associées.
• Assurer la documentation et le versioning du code avec Git.

Connaissances

Python

Snakemake

Nextflow

AWS

Git

Docker

Conda

Linux

Formation

Bac+5 ingénieur ou universitaire

Outils

Benchling

Description du poste

Consultys, filiale du groupe Vulcain Engineering, cherche un ingénieur en bio-informatique pour rejoindre l’équipe lyonnaise. Vous contribuerez au développement et à l’industrialisation de pipelines bioinformatiques automatisés et à l’optimisation de leurs performances dans un contexte multi-disciplinaire et international.

Le poste requiert une maîtrise de Python, Snakemake/Nextflow et des compétences Cloud (AWS), ainsi qu’une expérience en environnement Linux et dans la gestion de données de