Bioinformaticien HPC & Pipelines Génomiques

LIMAGRAIN EUROPE; Chappes; Sur place; EUR 42 000 - 62 000; Plein temps

Résumé du poste

Limagrain, coopérative agricole internationale, recrute un Bioinformaticien pour rejoindre la plateforme Génomique Appliquée du département Traits & Technologies, sur un contrat à durée déterminée de 12 mois.

Vous piloterez la migration vers une infrastructure HPC, développerez et optimiserez des pipelines bioinformatiques, et participerez au déploiement d’interfaces graphiques facilitant l’analyse par les équipes scientifiques.

Qualifications

• Diplôme de niveau Bac+5 en bioinformatique ou domaine équivalent.
• Première expérience en analyse de données omiques.
• Solides connaissances en analyse de données génomiques/omiques.
• Maîtrise de Python ou R.
• Bonne pratique des environnements Linux/Unix.
• Expérience du calcul haute performance (HPC) et des ordonnanceurs (Slurm, LSF).
• Connaissance des outils de gestion de versions (Git).

Responsabilités

• Migration des outils et données vers une infrastructure HPC.
• Développement, optimisation et maintenance de pipelines d’analyse bioinformatique.
• Déploiement d’interfaces graphiques facilitant l’utilisation par les équipes scientifiques.
• Accompagnement des chercheurs et experts dans leurs analyses de données.
• Documentation des outils, codes et procédures pour pérennité et évolution.
• Formation des utilisateurs sur les nouvelles solutions de calcul déployées.
• Partage des résultats et avancées avec les équipes concernées.

Connaissances

Python

R

Linux/Unix

HPC

Git

Formation

Master en bioinformatique

Outils

Nextflow

Galaxy

Docker

Singularity/Apptainer

Description du poste

Limagrain, coopérative agricole internationale, recrute un Bioinformaticien pour rejoindre la plateforme Génomique Appliquée du département Traits & Technologies, sur un contrat à durée déterminée de 12 mois.

Vous piloterez la migration vers une infrastructure HPC, développerez et optimiserez des pipelines bioinformatiques, et participerez au déploiement d’interfaces graphiques facilitant l’analyse par les équipes scientifiques.