Ingénieur(e) en Bio-informatique - Lyon

CONSULTYS; Lyon; Sur place; EUR 39 000 - 46 000; Plein temps

Avantages offerts par ce poste

Mobilité soutenue par l’employeur

Participation aux frais de repas

Mutuelle santé 60 % financiée

Intégration et formations continues

Engagement RSE

Résumé du poste

Consultys, filiale du groupe Vulcain Engineering, cherche un ingénieur en bio-informatique pour rejoindre l’équipe lyonnaise. Vous contribuerez au développement et à l’industrialisation de pipelines bioinformatiques automatisés et à l’optimisation de leurs performances dans un contexte multi-disciplinaire et international.

Le poste requiert une maîtrise de Python, Snakemake/Nextflow et des compétences Cloud (AWS), ainsi qu’une expérience en environnement Linux et dans la gestion de données de

Qualifications

• Diplôme d’Ingénieur ou Bac+5 dans le domaine bio-informatique ou équivalent.
• Expérience en bio-informatique, développement ou industrialisation de pipelines.
• Bonne maîtrise de Python.
• Expérience avec Snakemake et/ou Nextflow.
• Connaissance d’un environnement Cloud, notamment AWS.
• Connaissance des outils Git, Docker et Conda.
• Anglais professionnel à l’écrit comme à l’oral.

Responsabilités

• Concevoir, développer et maintenir des pipelines bioinformatiques automatisés.
• Automatiser et industrialiser les pipelines bioinformatiques.
• Mettre en œuvre des workflows avec Snakemake et Nextflow.
• Développer des scripts Python pour le prétraitement et l’analyse des données de séquençage.
• Automatiser les étapes de traitement des données (démultiplexage, contrôle qualité).
• Identifier et intégrer les outils bioinformatiques adaptés.
• Optimiser les pipelines en termes de performance et ressources.
• Documenter les flux de données et rédiger les SOP associées.
• Assurer la documentation et le versioning du code avec Git.

Connaissances

Python

Snakemake

Nextflow

AWS

Git

Docker

Conda

Linux

Formation

Bac+5 ingénieur ou universitaire

Outils

Benchling

Description du poste

Votre Carrière ? Notre Mission !

Job Description

QUI SOMMES NOUS ?

Consultys, filiale du groupe Vulcain Engineering, société d’ingénierie et de conseil spécialisée dans les Life Sciences (pharma, biotech, cosmétique et dispositifs médicaux), en France et à l’International.

Depuis 2005, nous accompagnons les industries grâce à notre ancrage régional et à l’expertise de nos équipes. Nous contribuons à des projets utiles et durables, avec une mission commune : «The Energy to Transform». Chez Consultys, nous prouvons qu’il est possible d’accorder Humain et Performance.

Nous plaçons l’esprit d’équipe, l’entraide et la bienveillance au cœur de notre collectif et proposons à nos collaborateurs des parcours évolutifs adaptés à leurs ambitions.

Nous contribuons à la mise sur le marché de produits de santé sûrs et innovants, tout en participant à la décarbonation, à l’optimisation des ressources et à la transformation numérique.

Dans le cadre d’un projet, nous recrutons en CDI un(e) Ingénieur(e) en bio-informatique.

VOS MISSIONS

• Concevoir, développer et maintenir des pipelines bioinformatiques automatisés.
• Automatiser, sécuriser et industrialiser (scale-up) les pipelines bioinformatiques.
• Mettre en œuvre des workflows robustes à l’aide de Snakemake et/ou Nextflow.
• Développer des scripts en Python pour le prétraitement et l’analyse primaire des données de séquençage.
• Automatiser les étapes de traitement des données, notamment le démultiplexage et le contrôle qualité.
• Identifier et intégrer les outils bioinformatiques les plus adaptés aux besoins.
• Optimiser les pipelines en termes de performance, ressources et temps de calcul.
• Contribuer à l’optimisation des processus de transfert, d’organisation, de suivi et de gestion des données de séquençage.
• Participer à l’amélioration de la qualité des métadonnées et du suivi des échantillons.
• Formaliser et documenter les flux de données et contribuer à la rédaction des SOP associées.
• Assurer la documentation et le versioning du code avec Git.
• Contribuer à l’amélioration continue des outils, pipelines et processus bioinformatiques.

LOCALISATION : Région Lyonnaise

Required Profile

VOTRE PROFIL

• Diplôme d’Ingénieur ou universitaire (Bac +5),
• Première expérience significative en bio-informatique, idéalement dans le développement ou l’industrialisation de pipelines.
• Bonne maîtrise de Python.
• Expérience avec Snakemake et/ou Nextflow.
• Connaissance d’un environnement Cloud, notamment AWS.
• Connaissance des outils Git, Docker et Conda.
• Une expérience avec Linux et/ou Benchling est un plus.
• Bon niveau d’anglais professionnel, à l’écrit comme à l’oral.

VOS COMPÉTENCES ET OUTILS

• Vous êtes à l'aise avec Python, Snakemake ou Nextflow, AWS / Cloud,Git, Docker, Conda,
• Les environnements et outils bioinformatiques liés aux données de séquençage.
• Autonome et force de proposition,
• Esprit d’analyse et votre capacité à résoudre des problèmes,
• Rigueur et votre sens de l’organisation,
• Capacité à travailler dans un environnement multidisciplinaire et international,
• Qualité rédactionnelle en français et en anglais.

VOS AVANTAGES

• Coup de pouce mobilité, avec une prise en charge partielle de vos déplacements,
• Savourez vos pauses, avec une participation aux frais de repas,
• Une couverture santé avantageuse avec une mutuelle financée à 60 %
• Un parcours d’intégration complet et des formations régulières pour booster votre carrière,
• Un engagement fort en matière de RSE pour contribuer à un impact positif et durable.
• Salaire : 39 000 € à 46 000 € bruts annuels selon profil

Engagés pour la diversité, le handicap et l’égalité professionnelle, nous construisons un environnement de travail ouvert et inclusif.