Bioinformaticien HPC & Génomique - Pipelines & Outils

Limagrain; Chappes; Sur place; EUR 42 000 - 58 000; Plein temps

Résumé du poste

Limagrain recrute un Bioinformaticien pour intégrer la plateforme de Génomique Appliquée du département Traits & Technologies, en CDD 12 mois à Chappes.

Vous contribuerez à migrer nos outils vers une infrastructure HPC, développerez des pipelines d'analyse et des interfaces graphiques, et accompagnerez les chercheurs dans leurs analyses.

Profil Bac+5 en bioinformatique, expérience en données omiques, maîtrise de Python ou R, Linux/Unix et expérience HPC souhaitée.

Qualifications

• Diplôme de niveau Bac+5 (Master) en bioinformatique, biologie computationnelle ou domaine équivalent.
• Première expérience ou expérience confirmée en analyse de données omiques.
• Solides connaissances en bioinformatique appliquée aux données génomiques ou omiques.
• Maîtrise d'au moins un langage de programmation scientifique tel que Python ou R.
• Bonne pratique des environnements Linux/Unix.
• Expérience du calcul haute performance (HPC) et des ordonnanceurs de tâches tels que Slurm, LSF ou équivalent.
• Connaissance des outils de gestion de versions (Git).

Responsabilités

• Contribuerez activement à la migration de nos outils et données vers une nouvelle infrastructure de calcul haute performance (HPC).
• Développerez, optimiserez et maintiendrez des pipelines d'analyse bioinformatique robustes et performants.
• Participerez au développement et au déploiement d'interfaces graphiques facilitant l'utilisation de nos solutions par les équipes scientifiques.
• Accompagnerez les chercheurs et experts du département dans leurs analyses de données complexes.
• Documenterez les outils, codes et procédures afin d'assurer leur pérennité et leur évolution.
• Contribuerez à la formation des utilisateurs sur les nouvelles solutions de calcul déployées.
• Partagerez régulièrement vos résultats et avancées auprès des équipes concernées.

Connaissances

Python

R

Formation

Master en bioinformatique

Outils

Linux/Unix

Slurm

LSF

Git

Nextflow

Galaxy

Docker

Singularity/Apptainer

Description du poste

Limagrain recrute un Bioinformaticien pour intégrer la plateforme de Génomique Appliquée du département Traits & Technologies, en CDD 12 mois à Chappes.

Vous contribuerez à migrer nos outils vers une infrastructure HPC, développerez des pipelines d'analyse et des interfaces graphiques, et accompagnerez les chercheurs dans leurs analyses.

Profil Bac+5 en bioinformatique, expérience en données omiques, maîtrise de Python ou R, Linux/Unix et expérience HPC souhaitée.