Ingénieur.e en modélisation de processus biologique

Université de Nantes; Nantes; On-site; EUR 42,000 - 56,000; Full time

Job summary

L'équipe ComBi du LS2N à Nantes recrute un ingénieur(e) en modélisation de processus biologiques pour reconstruire et valider des métaboliques à l'échelle du génome des cyanobactéries et modéliser leur métabolisme et leurs interactions avec l'environnement.

Vous collecterez et annoterez des données génomiques (KEGG, MetaCyc, UniProt), identifierez les réactions et gènes, puis construirez les réseaux métaboliques avec RAVEN, CarveMe ou COBRApy et intégrerez ces GEMs dans des analyses FBA/FVA afin

Qualifications

• Diplôme Bac+5 ingénieur(e) généraliste avec compétence en biologie numérique et environnement marin.
• Expérience en modélisation métabolique et analyse de réseaux.
• Maîtrise des outils de reconstruction et de simulation (FBA/FVA) apprécié.

Responsibilities

• Reconstituer et valider des métodés métaboliques à l'échelle du génome pour des cyanobactéries.
• Collecter et annoter les données génomiques à partir de bases de référence (KEGG, MetaCyc, UniProt) et identifier les réactions et gènes.
• Construire les réseaux métaboliques avec outils dédiés (RAVEN, CarveMe, COBRApy) et vérifier la cohérence.
• Intégrer ces métédés dans des analyses de flux (FBA, FVA) pour simuler le comportement métabolique.
• Présenter les résultats à la communauté scientifique et documenter les modèles.
• Participer à la diffusion et à la veille méthodologique sur les outils de reconstruction.

Skills

Modélisation métabolique

Biologie numérique

Environnement marin

Education

Bac+5 ingénieur généraliste

Tools

RAVEN

CarveMe

COBRApy

KEGG

MetaCyc

UniProt

Job description

Léquipe ComBi fait partie du Laboratoire des Sciences du Numérique de Nantes (LS2N, UMR CNRS 6004), unité de recherche commune à Nantes Université, l'École Centrale de Nantes, IMT Atlantique, le CNRS et Inria. Elle est dirigée par Damien Eveillard. ComBi développe des méthodes informatiques et mathématiques (algorithmique, combinatoire, théorie des graphes, optimisation combinatoire, probabilités) au service de la biologie et de la génomique, en particulier :

• De la comparaison de génomes aux graphes : modélisation des objets biologiques (ADN, ARN, protéines) sous forme de séquences ou de graphes ; analyse comparative de génomes (calcul de distances, recherche de variants structuraux) ; méthodes adaptées aux données de séquençage à haut débit (génomes non assemblés, RNA-seq, données single-cell/DGE-seq).
• De la modélisation des processus biologiques à la modélisation des communautés microbiennes : métédés mathématiques et informatiques du métabolisme et de sa régulération, de l'échelle de la cellule aux interactions entre micro-organismes au sein de microbiomes.
• Extraction de biomarqueurs : outils d'aide à la décision permettant d'identifier des biomarqueurs pertinents à partir des métédés multi-échelles étudiés par l'équipe.
• Développements bioinformatiques : conception d'outils et d'applications pour les biologistes, notamment via la plateforme de bioinformatique BiRD, partagée avec l'Institut du Thorax. L'équipe s'inscrit également dans des projets à fort ancrage territorial et interdisciplinaire, comme le programme Tara Océan, illustrant l'usage de l'informatique pour l'étude des écosystèmes marins et des enjeux climatiques. Le poste permet d’accompagner l'implication de l'équipe ComBi dans le projet ANR TAXCY.

Missions à Au sein de l'équipe ComBi du LS2N (Nantes Université), qui développe des méthodes combinatoires et bioinformatiques pour l'étude du vivant, notamment dans le cadre de projets liés l'étude des écosystèmes marins (programme Tara Océan), l'ingénieurée reconstruit et valide des métédés métaboliques à l'échelle du génome pour des cyanobactéries afin de modéliser leur métabolisme et leurs interactions avec l'environnement.

Ce poste vise à doter l'équipe d'outils de modélisation robustes pour mégler comprendre le rôle fonctionnel des cyanobactéries dans les écosystèmes marins et contribuer aux enjeux scientifiques liés à l'océan et au changement climatique.

Activités principales L'ingénieurée reconstruit des métédés métaboliques à l'échelle du génome (GEMs) pour différentes espécies de cyanobactéries.

• Il/elle collectera et annotera les données génomiques disponibles, identifiera les réactions métaboliques et les gènes associés à partir des bases de données de référence (KEGG, MetaCyc, UniProt), puis construirè il les réseaux métaboliques correspondants à l'aide d'outils dédiés (ex. : RAVEN, CarveMe, COBRApy).
• Il/elle vérifiera et corrigera la cohérence stoéchiométrique et thermodynamique des métédés, comblera les lacunes (gap-filling) du réseau métabolique, et validera les métédés par comparaison aux données expérimentales (croissance, flux métaboliques, phénotypes) disponibles pour les souches étudiées.
• Il/elle intégrera ces métédés dans des analyses de flux (FBA, FVA) afin de simuler le comportement métabolique des cyanobactéries dans différentes conditions environnementales, et contribuerá à l'interprétation biologique des résultats en lien avec les biologistes du projet.
• Il/elle présentera les résultats scientifiques à une communauté experte.
• Enfin, il/elle documentera les métédés produits, participerà à leur diffusion (dépôt dans des bases publiques, publications) et assurerá une veille méthodologique sur les outiils de reconstruit et d'analyse de réseaux métaboliques.

Retrouver l'offre complète ici :

https://www.univ-nantes.fr/universite/recrutement/nantes-universite-recrute-un-e-ingenieur-e-en-modelisation-de-processus-biologique-ls2n

Formation et/ou qualification : Bac + 5 ingénieur.e généraliste avec une compétence en biologique numérique et environnement marin.