Ingénieur d’étude en bioinformatique (H/F)

CNRS; Lyon; Hybrid; EUR 26,000 - 31,000; Full time

Benefits offered by this job

44 jours RTT

Indemnisation TT

Forfait mobilité durable 300€

Job summary

L’Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL), unité CNRS, recherche un ingénieur bioinformaticien pour analyser des données bulk RNA-seq et scRNA/ATAC multi-omiques chez la souris, caractérisant populations cellulaires et mécanismes de régulation.

Vous définirez avec l’équipe le plan d’étude, identifierez les outils adaptés, réaliserez les analyses et développez des outils pour diffuser les données à la communauté scientifique, avec publication et présentations à l’appui.

Qualifications

• Licence en sciences de la vie et Master en bioinformatique requis ou équivalent.
• Connaissances solides en R et Python.
• Expérience avecRNA-seq et multi-omics.
• Connaissance des pipelines bioinformatiques et de l'analyse de données.
• Maîtrise Linux/Unix et scripting.

Responsibilities

• Définir le plan d'étude avec l'équipe.
• Identifier les outils de bioinformatique adaptés.
• Réaliser les analyses de données RNA-seq et multi-omics.
• Intégrer des données publiques et vulgariser les résultats.
• Développer et diffuser des outils pour la communauté.
• Rédiger des rapports et présentations.

Skills

Master en bioinformatique

R et Python

Linux/Unix CLI

RNA-seq multi-omics

Pipelines multi-omics

Anglais scientifique

Git versioning

Shiny visualization

SLURM

Esprit d'équipe

Education

Licence en sciences de la vie

Master en bioinformatique

Tools

Cell Ranger ARC

SCENIC+

CellOracle

ICELLNET

Git

SLURM

Shiny

Linux/Unix CLI

Job description

Cette offre est ouverte aux personnes disposant d’un titre leur reconnaissant la qualité de travailleur handicapé ou travailleuse handicapée.

L'offre en un coup d'oeil

L'unité

Institut de génomique fonctionnelle de Lyon

Type de Contrat

Temps de Travail

Lieu de Travail

Durée du contrat

12 mois

Date d'Embauche

Rémuneration

à partir de 2521€ bruts mensuel selon expérience

Description du Poste

Les Missions

L’ingénieur·e sera chargé·e de l’analyse bioinformatique de données de bulk RNA-seq et de single-cell multi-omiques issues des nouvelles technologies de séquençage NGS (scRNA-seq, scATAC-seq), pour caractériser, chez la souris, les populations cellulaires, leurs états et les mécanismes de régulation associés.

L'Activité

• - Définir, en interaction avec les membres de l’équipe, le plan d'étude le mieux adapté au problème biologique posé
• - Identifier les outils de bio-calcul adaptés aux questions posées permettant d'exploiter les données obtenues
• - Réaliser les analyses de données biologiques de l’équipe, en utilisant les outils actuels de bioinformatique, biostatistique et bioanalyse, y compris la mise en œuvre de pipelines analytiques
• - Compléter les données de l’équipe avec des données publiques disponibles dans la littérature
• - Développer et/ou adapter des outils pour diffuser et mettre à disposition de la communauté scientifique locale, nationale et internationale, les données acquises par l’équipe
• - Diffuser et valoriser les résultats sous forme de rapports techniques, de publications ou de présentations orales

Votre Profil

Compétences

• - Licence en sciences de la vie (par exemple, biologie, génétique, bioinformatique). Diplôme d'études supérieures (Master) en bioinformatique de préférence
• - Connaissances théoriques générales dans le domaine des sciences de la vie (développement et évolution) et si possible dans le domaine de la génomique fonctionnelle
• - Connaissances approfondies des langages de programmation R, Python et capacité à écrire du code lisible et reproductible
• - Connaissances approfondies d’un environnement Linux/Unix et des outils de ligne de commande
• - Connaissances approfondies des outils d'analyse courants pour les données de bulk RNA-seq et de single-cell multi-omiques (scRNA-seq + scATAC-seq)
• - Une expérience des pipelines de traitement multi-omiques pour l’alignement (Cell Ranger ARC) et l’inférence de réseaux de régulation (SCENIC+, CellOracle) et de communication intercellulaire (ICELLNET) serait appréciée
• - Connaître la déontologie, l'éthique, la loi et la réglementation concernant le domaine de recherche (en particulier sur la confidentialité, sécurité informatique, sauvegarde et protection des données…)
• - Capacité à travailler en interaction, savoir discuter et vulgariser, à la fois avec des biologistes expérimentaux et des bioinformaticiens
• - Maîtrise de l'anglais scientifique (oral, écrit)
• - Disposer d'excellentes qualités relationnelles
• - Intérêt pour les outils de visualisation interactive (ex: Shiny et/ou équivalent)
• - Intérêt pour le contrôle de version (Git) et le travail sur clusters de calcul (SLURM)

Votre Environnement de Travail

L'Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL) est une unité mixte multi-tutelle (CNRS, École Normale Supérieure de Lyon, Université Lyon 1, INRAe) qui comprend plus de 120 personnes, une cellule de support en bioinformatique, et 12 équipes de recherche utilisant toutes des données issues de nouvelles technologies de séquençage dans leurs thématiques de recherche. Il est situé au sein de l'ENS de Lyon dans le quartier de Gerland.
L'ingénieur·e sera rattaché·e à l'équipe « Histoires développementale et évolutive des vertébrés » et travaillera en étroite collaboration avec les membres de l'équipe, depuis la définition des stratégies d'analyse jusqu'à la présentation des résultats.

Rémunération et avantages

Rémunération

à partir de 2521€ bruts mensuel selon expérience

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

Référence de l’offre

Secteur d’activité

Secteur d’activité Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement

Emploi type

Emploi type Ingenieur biologiste en traitement de donnees (H/F)

Expérience souhaitée

Expérience souhaitée 1 à 4 années

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.