Ingénieur Bioinformatique – RNA-seq et Multi-Omics

Cnrs Inc; Lyon; On-site; EUR 42,000 - 62,000; Full time

Job summary

CNRS, IGFL à Lyon, recherche un ingénieur·e bioinformatique chargé·e d’analyser des données bulk RNA-seq et scRNA-seq/scATAC-seq pour caractériser des populations cellulaires chez la souris et comprendre les mécanismes de régulation. Vous travaillerez avec l’équipe Histoires développementale et évolutive des vertébrés, au sein de l’IGFL.

Vous définirez les plans d’étude, sélectionnerez les outils adaptés et réaliserez les analyses avec les pipelines existants, en veillant à la reproductibilité

Qualifications

• Licence en sciences de la vie et Master en bioinformatique ou équivalent.
• Connaissances en biologie, génomique fonctionnelle et développement/évolution des vertébrés.
• Maîtrise des langages R et Python et capacité à écrire du code reproductible.
• Environnement Linux/Unix et ligne de commande maîtrisés.
• Connaissance des outils d’analyse pour données bulk RNA-seq et single-cell multi-omiques.
• Expérience avec pipelines multi-omiques (alignement Cell Ranger ARC, inférence de réseaux SCENIC+, CellOracle, ICELLNET).
• Intérêt pour la déontologie, la sécurité et la confidentialité des données.

Responsibilities

• Définir le plan d’étude adapté au problème biologique avec l’équipe.
• Identifier les outils bio-informatiques adaptés pour exploiter les données.
• Réaliser les analyses et mettre en place des pipelines analytiques.
• Compléter les données avec des sources publiques de la littérature.
• Développer et/ou adapter des outils pour diffuser les données à la communauté scientifique.
• Diffuser et valoriser les résultats via rapports, publications ou présentations.

Skills

R

Python

Linux/Unix

Ligne de commande

Bioinformatique

RNA-seq

scRNA-seq

scATAC-seq

Pipelines multi-omics

Anglais scientifique

Git

SLURM

Education

Licence en sciences de la vie

Master en bioinformatique

Tools

Cell Ranger ARC

SCENIC+

CellOracle

ICELLNET

Shiny (ou équivalent)

Job description

CNRS, IGFL à Lyon, recherche un ingénieur·e bioinformatique chargé·e d’analyser des données bulk RNA-seq et scRNA-seq/scATAC-seq pour caractériser des populations cellulaires chez la souris et comprendre les mécanismes de régulation. Vous travaillerez avec l’équipe Histoires développementale et évolutive des vertébrés, au sein de l’IGFL.

Vous définirez les plans d’étude, sélectionnerez les outils adaptés et réaliserez les analyses avec les pipelines existants, en veillant à la reproductibilité