Ingénieur d’étude en bioinformatique (H/F)

Cnrs Inc; Lyon; On-site; EUR 42,000 - 62,000; Full time

Job summary

CNRS, IGFL à Lyon, recherche un ingénieur·e bioinformatique chargé·e d’analyser des données bulk RNA-seq et scRNA-seq/scATAC-seq pour caractériser des populations cellulaires chez la souris et comprendre les mécanismes de régulation. Vous travaillerez avec l’équipe Histoires développementale et évolutive des vertébrés, au sein de l’IGFL.

Vous définirez les plans d’étude, sélectionnerez les outils adaptés et réaliserez les analyses avec les pipelines existants, en veillant à la reproductibilité

Qualifications

• Licence en sciences de la vie et Master en bioinformatique ou équivalent.
• Connaissances en biologie, génomique fonctionnelle et développement/évolution des vertébrés.
• Maîtrise des langages R et Python et capacité à écrire du code reproductible.
• Environnement Linux/Unix et ligne de commande maîtrisés.
• Connaissance des outils d’analyse pour données bulk RNA-seq et single-cell multi-omiques.
• Expérience avec pipelines multi-omiques (alignement Cell Ranger ARC, inférence de réseaux SCENIC+, CellOracle, ICELLNET).
• Intérêt pour la déontologie, la sécurité et la confidentialité des données.

Responsibilities

• Définir le plan d’étude adapté au problème biologique avec l’équipe.
• Identifier les outils bio-informatiques adaptés pour exploiter les données.
• Réaliser les analyses et mettre en place des pipelines analytiques.
• Compléter les données avec des sources publiques de la littérature.
• Développer et/ou adapter des outils pour diffuser les données à la communauté scientifique.
• Diffuser et valoriser les résultats via rapports, publications ou présentations.

Skills

R

Python

Linux/Unix

Ligne de commande

Bioinformatique

RNA-seq

scRNA-seq

scATAC-seq

Pipelines multi-omics

Anglais scientifique

Git

SLURM

Education

Licence en sciences de la vie

Master en bioinformatique

Tools

Cell Ranger ARC

SCENIC+

CellOracle

ICELLNET

Shiny (ou équivalent)

Job description

Missions:
L’ingénieur·e sera chargé·e de l’analyse bioinformatique de données de bulk RNA-seq et de single-cell multi-omiques issues des nouvelles technologies de séquençage NGS (scRNA-seq, scATAC-seq) , pour caractériser, chez la souris, les populations cellulaires, leurs états et les mécanismes de régulation associés.
Activités:

• Définir, en interaction avec les membres de l’équipe, le plan d'étude le mieux adapté au problème biologique posé
• Identifier les outils de bio-calcul adaptés aux questions posées permettant d'exploiter les données obtenues
• Réaliser les analyses de données biologiques de l’équipe, en utilisant les outils actuels de bioinformatique, biostatistique et bioanalyse, y compris la mise en œuvre de pipelines analytiques
• Compléter les données de l’équipe avec des données publiques disponibles dans la littérature
• Développer et/ou adapter des outils pour diffuser et mettre à disposition de la communauté scientifique locale, nationale et internationale, les données acquises par l’équipe
• Diffuser et valoriser les résultats sous forme de rapports techniques, de publications ou de présentations orales

Contexte de travail:
L'Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL) est une unité mixte multi-tutelle (CNRS, École Normale Supérieure de Lyon, Université Lyon 1, INRAe) qui comprend plus de 120 personnes, une cellule de support en bioinformatique, et 12 équipes de recherche utilisant toutes des données issues de nouvelles technologies de séquençage dans leurs thématiques de recherche. Il est situé au sein de l'ENS de Lyon dans le quartier de Gerland.

L'ingénieur·e sera rattaché·e à l'équipe « Histoires développementale et évolutive des vertébrés » et travaillera en étroite collaboration avec les membres de l'équipe, depuis la définition des stratégies d'analyse jusqu'à la présentation des résultats.

Conditions particulières d'exercice

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde: 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers) , en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Profil recherché

Competences:

• Licence en sciences de la vie (par exemple, biologie, génétique, bioinformatique) . Diplôme d'études supérieures (Master) en bioinformatique de préférence
• Connaissances théoriques générales dans le domaine des sciences de la vie (développement et évolution) et si possible dans le domaine de la génomique fonctionnelle
• Connaissances approfondies des langages de programmation R, Python et capacité à écrire du code lisible et reproductible
• Connaissances approfondies d’un environnement Linux/Unix et des outils de ligne de commande
• Connaissances approfondies des outils d'analyse courants pour les données de bulk RNA-seq et de single-cell multi-omiques (scRNA-seq + scATAC-seq)
• Une expérience des pipelines de traitement multi-omiques pour l’alignement (Cell Ranger ARC) et l’inférence de réseaux de régulation (SCENIC+, CellOracle) et de communication intercellulaire (ICELLNET) serait appréciée
• Connaître la déontologie, l'éthique, la loi et la réglementation concernant le domaine de recherche (en particulier sur la confidentialité, sécurité informatique, sauvegarde et protection des données…)
• Capacité à travailler en interaction, savoir discuter et vulgariser, à la fois avec des biologistes expérimentaux et des bioinformaticiens
• Maîtrise de l'anglais scientifique (oral, écrit)
• Disposer d'excellentes qualités relationnelles
• Intérêt pour les outils de visualisation interactive (ex: Shiny et/ou équivalent)
• Intérêt pour le contrôle de version (Git) et le travail sur clusters de calcul (SLURM)

Contraintes et risques:

Présentation de Cnrs

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.