Ingénieur Analyse Transcriptomique – Single-Cell

Centre Lasers Intenses et Applications; Saclay; On-site; EUR 28,000 - 42,000; Full time

Benefits offered by this job

Congés et RTT 44 jours

Indemnisation TT

Transport 75%

Forfait mobilité 300€

Job summary

Le CNRS recrute un ingénieur en analyse de données transcriptomiques à Saclay, au sein de l’équipe dirigée par Julien Bouvier. Vous rejoindrez une équipe mixte de chercheurs et d’ingénieurs, et contribuerez à des projets de biologie computationnelle et de neurosciences.

Vous serez autonome en analyse et programmation (R, Python, Seurat), réaliserez des analyses single-cell RNA-seq, des graphes et des figures, et participerez à la rédaction de protocoles, de rapports et d’articles scientifiques.

Qualifications

• Formation initiale en Master 2 Bio-informatique, Biologie des Systèmes, Génomique, ou Neurosciences avec une forte composante en analyse de données.
• Connaître le principe du séquençage d'ANRm en noyaux ou cellules isolé.es.
• Bioinformatique et biostatistiques : analyse de données single-cell/single-nucleus RNA-seq, tests statistiques, visualisation des données.
• Programmation : maîtrise de R et idéalement Seurat et Python.
• Plateformes de dissémination des codes informatiques (ex Github).

Responsibilities

• Préparer les librairies et assurer le contrôle qualité des données (doublets, contamination, intégrité des ARNs).
• Réaliser analyses et statistiques avec Seurat : normalisation, réduction de dimension, clustering et annotation.
• Identifier les gènes différentiellement exprimés entre conditions et intégrer des jeux de données multiples.
• Illustrer les résultats par graphiques (barplots, dotplots, heatmaps, UMAP).
• Collaborer avec l'équipe pour interpréter les résultats et rédiger protocoles et rapports.

Skills

R

Python

Seurat

Single-cell RNA-seq

Education

Master 2 Bio-informatique

Tools

GitHub

Job description

Le CNRS recrute un ingénieur en analyse de données transcriptomiques à Saclay, au sein de l’équipe dirigée par Julien Bouvier. Vous rejoindrez une équipe mixte de chercheurs et d’ingénieurs, et contribuerez à des projets de biologie computationnelle et de neurosciences.

Vous serez autonome en analyse et programmation (R, Python, Seurat), réaliserez des analyses single-cell RNA-seq, des graphes et des figures, et participerez à la rédaction de protocoles, de rapports et d’articles scientifiques.