H/F Ingénieur en analyse de données transcriptomiques

Centre Lasers Intenses et Applications; Saclay; On-site; EUR 28,000 - 42,000; Full time

Benefits offered by this job

Congés et RTT 44 jours

Indemnisation TT

Transport 75%

Forfait mobilité 300€

Job summary

Le CNRS recrute un ingénieur en analyse de données transcriptomiques à Saclay, au sein de l’équipe dirigée par Julien Bouvier. Vous rejoindrez une équipe mixte de chercheurs et d’ingénieurs, et contribuerez à des projets de biologie computationnelle et de neurosciences.

Vous serez autonome en analyse et programmation (R, Python, Seurat), réaliserez des analyses single-cell RNA-seq, des graphes et des figures, et participerez à la rédaction de protocoles, de rapports et d’articles scientifiques.

Qualifications

• Formation initiale en Master 2 Bio-informatique, Biologie des Systèmes, Génomique, ou Neurosciences avec une forte composante en analyse de données.
• Connaître le principe du séquençage d'ANRm en noyaux ou cellules isolé.es.
• Bioinformatique et biostatistiques : analyse de données single-cell/single-nucleus RNA-seq, tests statistiques, visualisation des données.
• Programmation : maîtrise de R et idéalement Seurat et Python.
• Plateformes de dissémination des codes informatiques (ex Github).

Responsibilities

• Préparer les librairies et assurer le contrôle qualité des données (doublets, contamination, intégrité des ARNs).
• Réaliser analyses et statistiques avec Seurat : normalisation, réduction de dimension, clustering et annotation.
• Identifier les gènes différentiellement exprimés entre conditions et intégrer des jeux de données multiples.
• Illustrer les résultats par graphiques (barplots, dotplots, heatmaps, UMAP).
• Collaborer avec l'équipe pour interpréter les résultats et rédiger protocoles et rapports.

Skills

R

Python

Seurat

Single-cell RNA-seq

Education

Master 2 Bio-informatique

Tools

GitHub

Job description

H/F Ingénieur en analyse de données transcriptomiques

• Contrat : IT en contrat CDD
• Durée : 6 mois
• Niveau : BAC+3/4
• Lieu de travail : 91400 SACLAY
• Date d'embauche : 01/01/2027
• Rémunération : Entre 2 466,98 € et 3 786,43 € bruts mensuels, selon expérience professionnelle et grille des salaires du CNRS.
• Date limite de candidature : lundi 26 octobre 2026 23:59

Activités à mener en autonomie

• Préparation des librairies
• Contrôle qualité (doublets, contamination, intégrité des ARNs,...)
• Analyse et statistiques avec Seurat : normalisation et réduction de dimension, clustering et annotation, détection des gènes différentiellement exprimés entre conditions, intégration de jeux de données multiples.
• Illustration des résultats : graphiques, barplots, dotplots, heatmaps, UMAPs...

Activités en collaboration avec l'équipe

• Interprétation biologique : comparaison de compositions cellulaires entre échantillons, hétérogénéité transcriptionnelle au sein d'une population neuronale
• Validation des résultats : croisement des marqueurs identifiés avec des bases de données anatomiques, ou des expériences d'immunomarquages ou in situ.
• Documentation et reproductibilité : rédaction de protocoles standardisés, archivage des scripts/données brutes/résultats (ex : GitHub).
• Présentation des résultats aux réunions d’équipe
• Participation à la rédaction d’articles scientifiques (ex : figures, tableaux, méthodes).

Compétences Générales

• Formation initiale en Master 2 Bio-informatique, Biologie des Systèmes, Génomique, ou Neurosciences avec une forte composante en analyse de données.

Compétences Spécifiques

• Connaître le principe du séquençage d'ANRm en noyaux ou cellules isolé.es.
• Bioinformatique et biostatistiques : analyse de données single-cell/single-nucleus RNA-seq, tests statistiques, visualisation des données.
• Programmation : maîtrise de R et idéalement Seurat et Python.
• Plateformes de dissémination des codes informatiques (ex Github).

Compétences Transversales

• Excellente autonomie en analyse et programmation : évolution dans une équipe de neurobiologiques sans forte expertise en programmation.
• Excellente communication, capacités didactiques et de synthèse, esprit d'équipe
• Anglais professionnel (présentations d'équipes et écriture en anglais impérativement).

Votre Environnement de Travail

Le/la candidat.e rejoindra l'équipe dirigée par Julien Bouvier, circuits neuronaux et contrôle moteur, (https://neuropsi.cnrs.fr/departements/icn/equipe-julien-bouvier/), composée d’un directeur de recherche, d'un maître de conférences, d’une ingénieure d’études, d’une assistante ingénieure, de 2 postdoctorants, de deux étudiants en thèse et de plusieurs étudiants en licence et master.

Contraintes et risques

Travail à l'ordinateur.

Rémunération et avantages

• Rémunération : Entre 2 466,98 € et 3 786,43 € bruts mensuels, selon expérience professionnelle et grille des salaires du CNRS.
• Congés et RTT annuels : 44 jours
• Pratique et indemnisation du TT : Pratique et indemnisation du TT
• Transport : prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

Référence de l’offre

UMR9197-JULBOU-033 Secteur d’activité Informatique, Statistiques et Calcul scientifique Emploi type Ingenieur statisticien (H/F)

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.