Bioinformaticien - H/F

LIMAGRAIN EUROPE; Chappes; Sur place; EUR 42 000 - 62 000; Plein temps

Résumé du poste

Limagrain, coopérative agricole internationale, recrute un Bioinformaticien pour rejoindre la plateforme Génomique Appliquée du département Traits & Technologies, sur un contrat à durée déterminée de 12 mois.

Vous piloterez la migration vers une infrastructure HPC, développerez et optimiserez des pipelines bioinformatiques, et participerez au déploiement d’interfaces graphiques facilitant l’analyse par les équipes scientifiques.

Qualifications

• Diplôme de niveau Bac+5 en bioinformatique ou domaine équivalent.
• Première expérience en analyse de données omiques.
• Solides connaissances en analyse de données génomiques/omiques.
• Maîtrise de Python ou R.
• Bonne pratique des environnements Linux/Unix.
• Expérience du calcul haute performance (HPC) et des ordonnanceurs (Slurm, LSF).
• Connaissance des outils de gestion de versions (Git).

Responsabilités

• Migration des outils et données vers une infrastructure HPC.
• Développement, optimisation et maintenance de pipelines d’analyse bioinformatique.
• Déploiement d’interfaces graphiques facilitant l’utilisation par les équipes scientifiques.
• Accompagnement des chercheurs et experts dans leurs analyses de données.
• Documentation des outils, codes et procédures pour pérennité et évolution.
• Formation des utilisateurs sur les nouvelles solutions de calcul déployées.
• Partage des résultats et avancées avec les équipes concernées.

Connaissances

Python

R

Linux/Unix

HPC

Git

Formation

Master en bioinformatique

Outils

Nextflow

Galaxy

Docker

Singularity/Apptainer

Description du poste

Limagrain est une coopérative agricole internationale créée et dirigée par des agriculteurs français. Chaque jour, nos équipes innovent pour répondre aux défis de l'agriculture et de l'alimentation de demain grâce à la création de semences de grandes cultures et potagères, ainsi qu'à nos activités céréalières et de boulangerie-pâtisserie.

Au sein de la Division Grandes Cultures, vous intégrerez pour un contrat à durée déterminée de 12 mois la plateforme Génomique Appliquée du département Traits & Technologies. Notre mission : transformer les données issues du séquençage haut débit en solutions innovantes au service de la création variétale.

Vous souhaitez évoluer dans un environnement scientifique de pointe, contribuer à des projets à fort impact et travailler au croisement de la biologie, de la data et du calcul intensif ? Rejoignez-nous !

En tant que Bioinformaticien, vous jouerez un rôle clé dans l'évolution de nos infrastructures et outils d'analyse génomique.

• Contribuerez activement à la migration de nos outils et données vers une nouvelle infrastructure de calcul haute performance (HPC).
• Développerez, optimiserez et maintiendrez des pipelines d'analyse bioinformatique robustes et performants.
• Participerez au développement et au déploiement d'interfaces graphiques facilitant l'utilisation de nos solutions par les équipes scientifiques.
• Accompagnerez les chercheurs et experts du département dans leurs analyses de données complexes.
• Documenterez les outils, codes et procédures afin d'assurer leur pérennité et leur évolution.
• Contribuerez à la formation des utilisateurs sur les nouvelles solutions de calcul déployées.
• Partagerez régulièrement vos résultats et avancées auprès des équipes concernées.

Formation et expérience

• Diplôme de niveau Bac+5 (Master) en bioinformatique, biologie computationnelle ou domaine équivalent.
• Première expérience ou expérience confirmée en analyse de données omiques.
• Solides connaissances en bioinformatique appliquée aux données génomiques ou omiques.
• Maîtrise d'au moins un langage de programmation scientifique tel que Python ou R.
• Bonne pratique des environnements Linux/Unix.
• Expérience du calcul haute performance (HPC) et des ordonnanceurs de tâches tels que Slurm, LSF ou équivalent.
• Connaissance des outils de gestion de versions (Git).

Les atouts qui feront la différence

• Connaissance de Nextflow, Galaxy ou outils similaires.
• Expérience des technologies de conteneurisation (Docker, Singularity/Apptainer...).
• Connaissances en génomique, génétique et analyse de données végétales.
• Des projets scientifiques et technologiques à fort impact pour l'agriculture de demain.
• Un environnement collaboratif réunissant bioinformaticiens, généticiens, biologistes et data scientists.
• L'opportunité de travailler sur des volumes de données importants et des infrastructures de calcul de pointe.
• Une culture d'entreprise coopérative qui place l'innovation, l'expertise et le travail d'équipe au cœur de son développement.
• Des perspectives d'évolution dans un groupe international reconnu pour son excellence scientifique