Ingénieur Bio-informatique Opérations

PathoQuest; Paris; Sur place; EUR 60 000 - 90 000; Plein temps

Résumé du poste

PathoQuest, entreprise du groupe Charles River, cherche un Ingénieur Bio-informatique à Paris pour assurer le suivi et l’exécution des analyses bio-informatiques des données issues des plates-formes de séquençage, notamment celles liées à la sécurité virale et à la caractérisation génétique.

Vous participez à la validation d’outils et à l’amélioration des pipelines, au maintien des standards qualité et au transfert des méthodes en GMP, tout en assurant une veille technologique et la formation du

Qualifications

• Formation en bio-informatique et expérience pratique exigée.
• Compétences solides en analyses bio-informatiques sur plateformes de séquençage.
• Connaissance des pipelines et outils de validation et de transfert GMP.

Responsabilités

• Réaliser les analyses bio-informatiques des données des plateformes de séquençage.
• Participer à la validation d’outils et pipelines analytiques.
• Contribuer à la qualité documentaire et à la traçabilité des analyses (spécifications, cahier de tests).
• Maintenir les pipelines et outils et participer à leur transfert en GMP.
• Participer à la veille technologique et à la formation du personnel.

Connaissances

Python

R

Linux

NGS

Formation

Bio-informatique (formation)

Outils

Illumina

Nanopore

Description du poste

PathoQuest, entreprise du groupe Charles River, est une organisation de recherche sous contrat (CRO) d'envergure mondiale spécialisée dans le contrôle qualité en matière de biosécurité basé sur le séquençage de nouvelle génération (NGS) grâce à sa plateforme d'analyse iDTECT®, qui permet la mise sur le marché rapide et sûre de biothérapies destinées aux patients. Nous proposons des tests validés conformes aux bonnes pratiques de fabrication (BPF) pour les essais de sécurité virale et la caractérisation génétique des matières premières, des thérapies cellulaires et géniques, des anticorps monoclonaux et des vaccins. Nos services d'analyse sont disponibles dans nos sites situés à Paris, en France, et à Wayne, en Pennsylvanie.

Nous recherchons actuellement un Ingénieur Bio-informatique h/f au sein de notre département Opérations.

Votre mission

Au sein du département Opérations, sous la responsabilité du Responsable Pole BFX opérations et avec le support scientifique et technique du Head of Bioinformatics, vous assurez le suivi, l'exécution et le rendu dans les délais des analyses bio-informatiques des données produites par les plates-formes de séquençage de la société, principalement celles qui concernent les prestations de sécurité virale et de caractérisation génétique ainsi que les études client à façon (« custom »). Vous pouvez être amené à participer à la validation d’outils bio-informatiques (logiciels, pipelines d’analyses…).

• Participer aux activités de production de l’entreprise et à leurs évolutions
• Réaliser les analyses clients internes et externes (incluant les analyses complémentaires et les analyses à façon)
• Participer au nettoyage des données présentes sur les serveurs
• Participer à la formation du personnel sur les pipelines maîtrisés et au maintien des supports de formation.
• Participer à l’optimisation des pipelines et outils bio-informatiques et permettre leur transfert en GMP
• Suivre la démarche qualité de l’entreprise lors des phases de conception, de développement et de déploiement des produits logiciels (bio)informatiques, notamment en rédigeant les documents associés (spécifications fonctionnelles, cahier de tests)
• Participer à la rédaction de procédures et modes opératoires relatifs à l’activité Bio-informatique
• Participer à la réalisation d’analyses dans le cadre de la validation de nouvelles méthodes
• Assurer une veille technologique efficace en (bio)informatique
• Participer à l’assurance qualité des produits selon le référentiel des Bonnes pratiques de Fabrication (BPF)

Capacité à travailler en équipe et à l’interface entre plusieurs disciplines

De formation en bio-informatique, vous avez une expérience sur une fonction similaire sur Illumina ou Nanopore.

Vous maîtrisez les langages de développement bio-informatique tels que Python et R.

Vous êtes à l’aise de travailler dans un environnement Linux et sur des serveurs de calcul haute performance.

Vous savez analyser des données de séquençage haut-débit et en interpréter les résultats.

Compétences techniques : Assemblage De Novo & Guidé, Mapping, Linux, NCBI, NGS, Blast, Variant calling .

Connaissance en biologie (biologie moléculaire et cellulaire, génomique et génétique).

Connaissance des normes qualité de type BPF.

Un bon niveau d’anglais est un plus.

• Excellente rigueur dans le suivi des processus
• Curiosité et intérêt pour des domaines en forte évolution
• Qualités relationnelles et faculté d’adaptation
• Autonomie et sens de l’initiative

Localisation

• Ce poste est basé près du bureau de Paris (13e arrondissement) en France.

Rémunération

• En fonction de l’expérience du candidat

Les avantages du projet

• Environnement en pleine croissance, scale-up dynamique, innovante et ambitieuse
• Une entreprise à la pointe de la génétique, de la bio-informatique et de la biologie moléculaire
• Portefeuille de clients attrayant et d'envergure mondiale